We are very happy to see some nice international commentaries on our recent publication doi.org/10.3897/imaf...
For those of you who can read Spanish or Portuguese here are the links
www.embrapa.br/busca-de-not...
imbiv.conicet.unc.edu.ar/el-viaje-evo...

En este #HiloTesis habéis visto cómo estudiamos los suelos de cereal en busca de hongos productores de micotoxinas que puedan contaminar el cultivo y ponernos en riesgo. ¡Muchas gracias por leer! 🙌

@crueuniversidades.bsky.social @filarramendi.bsky.social @ucm.es @ucccomplutense.bsky.social

Conocer qué hongos toxígenos hay en los cultivos nos permite diseñar estrategias para frenar su crecimiento y evitar que las micotoxinas lleguen a la comida.

Pero no podemos bajar la guardia: el cambio climático está alterando la distribución de estos hongos. ¡Estad listos para el próximo caso! 🌍🕵️‍♂️

Tal y como esperábamos, la región EF-1α (las "huellas dactilares") han permitido identificar al culpable: Fusarium brachygibbosum, productor de micotoxinas como los tricotecenos ⚠️

Los otros dos sospechosos están limpios: son Fusarium solani, un hongo que no supone ningún peligro ✅

¡Yo soy bioinformático! ¡No está todo perdido!

Durante mi tesis he podido recopilar muchísimas secuencias de EF-1α con las que he entrenado un clasificador para identificar a los Fusarium rebeldes de una vez por todas.

Sólo hay que probarlo a ver si funciona... 🤞

¿Me acompañas a resolver el caso?

La comunidad científica lleva MUCHO TIEMPO usando la ITS2: a día de hoy tenemos clasificadores (programas que identifican las secuencias de ADN) entrenados para ITS2, pero no para EF-1α...

Para colmo, entrenar un clasificador desde cero lleva consigo mucho trabajo bioinformático...

Un momento... 🤔

Se ha demostrado en estudios recientes que EF-1α es tan variable en Fusarium que nos permite distinguir entre sus especies 😯

Es como si mirásemos las huellas dactilares de los sospechosos. De esta no se escapan 😤

Pero no cantes victoria tan pronto: tenemos un último problema que resolver... 🧩

¡La investigación peligra! ⚠️ ¿Qué podemos hacer?

Que no cunda el pánico. La ITS2 es, en general, una buena región marcadora... pero no es la única 🧬

Os presento al factor de elongación, o EF-1α para los amigos 💪

Que no te asuste la imagen, es una región de ADN como cualquier otra ⬇️

La región ITS2 no es tan variable en Fusarium como en otros hongos. Nos da lo justo para saber que es un Fusarium… y a veces ni eso 😬

¿Recordáis el ejemplo del principio? "El culpable lleva gafas y sombrero..." Pues para Fusarium, el ITS2 son las gafas y el sombrero 🕶️🎩, no nos sirve de nada 🤦

Fusarium no va a ponernos nada fácil este caso 🕵️‍♂️

Dentro del género Fusarium hay un montón de especies diferentes. Algunas producen micotoxinas, otras no.

Tú podrías pensar: “No hay problema, podemos usar el ITS2 para diferenciarlas”.

Y yo te diría: … ¿podemos? 🤨

El ITS2 es considerado el marcador universal para hongos. Permite diferenciar entre unos y otros porque cada hongo tiene un ITS2 único.

O bueno, casi todos... 😅

¿Recordáis a Fusarium?

Los seres vivos tienen (¡tenemos!) muchísimo ADN: no es eficiente gastarse un dineral en secuenciar todo lo que encontremos en el suelo de cultivo 💸

Tenemos que centrarnos en una región lo suficientemente variable como para distinguir entre hongos.

Una región como la ITS2 ⬇️

¡El ADN! Elemental, querido Watson 🔎

El ADN es diferente para cada organismo, así que usamos técnicas de secuenciación para "leer" todo el ADN de una muestra de suelo del cultivo 👀

Aquí entra en juego la Bioinformática, ya que obtenemos archivos de texto con las secuencias (A, C, G y T) 📑

Vamos a tener que utilizar nuestras dotes detectivescas 🕵️‍♂️

Pensemos: ¿qué tienen todos estos microorganismos que es diferente entre ellos?

...

¿Alguna idea?

Quizá la imagen os de una pista... 🧬

Pero, ¿y si el hongo aún sigue libre por el campo de cultivo? 🌾

Ya hablamos de que hay muchísimos organismos en el suelo, la mayoría invisibles a simple vista 👀. Entonces, ¿cómo encontramos al hongo culpable entre tanta multitud? 🤔

Aquí nuestra investigación se pone seria: ¿cómo de difícil es identificar a los hongos que producen micotoxinas? 🔬

Si tienes al hongo detenido en comisaría (es decir, en una placa de Petri en el laboratorio), la cosa es más o menos sencilla. Le hacemos preguntas (pruebas) hasta que confiese 👊

Para evitar que las micotoxinas entren a la cadena alimentaria hay dos opciones: destruirlas o evitar que el hongo las produzca.

Prevenir es más eficaz, pero requiere saber exactamente qué hongos las producen. No podemos eliminarlos a todos: también hay hongos buenos e inocentes en el suelo 😇

Las micotoxinas son compuestos tóxicos que, al ingerirse de forma continuada, pueden provocar fallos hepáticos, inmunodepresión… e incluso cáncer 😨

Algunos de los hongos que más las producen pertenecen al género Fusarium. Quédate con ese nombre: uno de ellos es nuestro principal sospechoso… 🕵️

Empecemos por el principio. La escena del crimen: los campos de cultivo 🌾

En estos suelos hay mucha vida: lombrices, insectos, bacterias... 🐛🦠

Y entre todos ellos, encontramos a nuestros sospechosos principales: los hongos.

Pero no todos ellos: sólo los que producen #micotoxinas ☣️

🕵️ Te propongo un juego.

Mira la imagen. Un grupo de sospechosos. El culpable llevaba gafas y un sombrero. ¿Lo identificas?

Difícil, ¿verdad? ¿Y si miramos sus huellas dactilares?

En mi tesis, uso estas pistas para resolver un caso.

Pero no va de personas. Va de hongos 🍄

Dentro #HiloTesis 🧵⬇️

🎉