最新のCloneDrive2でやったら何の問題もなくクローン完了しました
自分の使ってたやつのバージョンみたら2016年のやつでおまえはバカ

もう一回クローニング試したらまた失敗したけど、クローン先のディスクを外して再起動したら今度は起動失敗しなかった
CloneDrive2の実行でブート領域が破損したんじゃなくて、半端にクローニングされたディスクを繋げたままPC再起動したから破損したのかも...？
CloneDrive2新しいバージョンが出てるらしいので、最新版落としてきて後でもっかい試す