L’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay ou IPS2 a pour mission de comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (symbiotiques et pathogènes) et abiotique, notamment en relation avec le changement climatique. Cet institut héberge quatre plateformes (En savoir plus ?) regroupant ainsi différentes installations et différents savoir-faire dédiés aux plantes. Dans le présent FOCUS PLATEFORME… c’est au tour de la plateforme POPS (transcriptomique) de nous faire découvrir son expertise.   L’analyse de transcriptome est largement utilisée dans les projets de recherche. En offrant une vision exhaustive de l’activité des gènes d’un organisme, la transcriptomique permet d’explorer et d’identifier les mécanismes expliquant les phénotypes observés. Cette approche peut s’appliquer à n’importe quel échantillon (tissu ou espèce), cependant son utilisation reste souvent cantonnée à des questions relevant des designs expérimentaux relativement simples. Il y a probablement 2 raisons à cela. La première est la masse très importante de données générées qui nécessite une analyse complexe et experte. D’aucuns pensent que l’intelligence artificielle et les réseaux de neurones pourront lever ce verrou mais ces approches nécessitent une quantité énorme de mesures pour espérer identifier les structures explicatives et prédictives parmi les dizaines de milliers de transcrits analysés dans chaque échantillon. De même, les problématiques de l’agroécologie exigent des analyses faites au champ dans des conditions bien plus complexes (multiples espèces, multiples facteurs) et hétérogènes qu’au laboratoire. Cela nécessite là encore l’analyse d’un très grand nombre d’échantillons.   Afin d’apporter la puissance et la sensibilité de la transcriptomique à ces problématiques majeures, il faut donc la rendre accessible au plus grand nombre et en réduire drastiquement les coûts. La plateforme transcriptomique POPS offre un service de screening de transcriptome végétal à très haut débit (plusieurs centaines d’échantillons par projet) et à prix très réduit grâce à la technologie BRB-Seq et à l’automatisation de toutes les étapes (extraction d’ARN, fabrication des banques, dosages et multiplexage). Nos équipements nous permettent également de réduire les volumes réactionnels.   Par ce travail qui se poursuit encore actuellement avec l’étude du développement de ces espèces, la plateforme POPS démontre sa capacité à accompagner ses collaborateurs dans des projets « hors du laboratoire » depuis le design expérimental jusqu’à l’interprétation des données produites.   -> Contact : [email protected] Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI   Enfin, en février 2020, juin 2023 et juillet 2024, POPS publiait ses premiers FOCUS PLATEFORME… Redécouvrez- les ! FOCUS PLATEFORME : L'analyse transcriptomique passe au naturel ! FOCUS PLATEFORME : IPS2 / POPS : Au cœur de la défense des plantes contre les bactéries ! FOCUS PLATEFORME : Chez les orchidées, la triche a un coût   IPS2 / Plateforme de transcriptomique (POPS). La Plateforme de Transcriptomique des Plantes de Paris-Saclay (POPS) propose aux laboratoires académiques ou privés des outils d'analyse du transcriptome par séquençage à haut débit de l'ARN ou RNA-seq. Nous sommes spécialisés dans l'analyse des plantes qu'elles soient modèles ou de culture. Le service proposé inclut la génération des données de RNA-seq, les analyses bio-informatiques et statistiques ainsi que des conseils sur l'interprétation des résultats. Nous accompagnons donc nos collaborateurs depuis le design expérimental jusqu'à l'interprétation des données. La plateforme est certifiée pour l'ensemble de ses activités selon les exigences de la norme ISO 9001 depuis 2012. Afin d'offrir à chaque collaborateur l'analyse la plus adaptée à ses questions biologiques, nous disposons des équipements et des outils d'analyses bio-informatiques et statistiques permettant la construction de transcriptome de novo, l'analyse d'accumulation des ARNs poly-adenylés ou non, des petits ARNs (miRNAs, siRNAs, ribo-seq..) et des ARN poly-adénylés de très petite quantité de départ (jusqu'à 50 pg). Pour les analyses d'expression tissu-spécifiques, nous offrons également des analyses de transcriptome après micro-dissection laser ou en cellule unique grâce à la technologie Chromium (10x Genomics, Rhapsody et scaleBiosciences). Par ailleurs, nous pouvons offrir à nos collaborateurs de sessions de formation sur une semaine à l'analyse statistique des données RNA-seq.   A propos de l’IPS2. L’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay ou IPS2 a pour mission de comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (symbiotiques et pathogènes) et abiotique, notamment en relation avec le changement climatique. L’analyse de ces mécanismes est effectuée de manière intégrée à l’échelle de la cellule, de l’organe jusqu’à la plante entière. L’IPS2 applique une approche multidisciplinaire en combinant la génomique/epigénomique, la biologie cellulaire, la bio-informatique, la biochimie, la génétique, et la physiologie, développe des outils de modélisation indispensables pour une biologie prédictive, et facilite la recherche translationnelle des espèces modèles aux espèces cultivées.

La platefome Protéomique-Gif (SICaPS) de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, Gif-sur-Yvette, Institut Joliot, CEA, Saclay), propose un ensemble d’analyses protéomiques dédiées à l’analyse en profondeur et la comparaison de protéomes, d’interactomes et de modifications post-traductionnelles. Parmi ses équipements de spectrométrie de masse, le timsTOF Pro de Bruker (acquis grâce à des financements SESAME Santé IdF, Plan Cancer, IBiSA, Université Paris-Saclay et CNRS) permet d'identifier plusieurs milliers de protéines à partir de petites quantités d’extraits protéiques totaux (50 à 200 ng de protéines). Combinée à des méthodes de préparation des échantillons adaptées et à des analyses statistiques multivariées innovantes, la technologie timsTOF Pro offre une profondeur d’analyse qui permet d’étudier finement l'expression normale ou altérée des protéines de différentes souches en fonction de conditions biologiques telles que la composition du milieu de culture, la durée de la culture ou autre paramètre clé. Ces approches offrent des perspectives prometteuses pour accéder à une compréhension globale/systémique des processus moléculaires qui sous-tendent un fonctionnement cellulaire normal ou altéré/pathologique.   Qu’est-ce que la technologie timsTOF Pro ? Dans le spectromètre de masse timsTOF Pro, la technologie « Trapped Ion Mobility Spectrometry » (TIMS) permet de séparer et concentrer par mobilité ionique les ions de même rapport masse-sur-charge mais de conformations différentes. Combiné à un analyseur hybride composé d’un quadripôle de sélection ultra-rapide et un analyseur à temps-de-vol, d’excellente résolution, il permet d’acquérir les spectres de fragmentation en mode PASEF (Parallel Accumulation & Serial Fragmentation) avec des vitesses d’acquisition MS/MS, sensibilités et sélectivités élevées. Alors qu’une analyse protéomique classique de type bottom-up, par nanoLC-MS/MS, permet de caractériser chaque peptide protéolytique par son temps de rétention en chromatographie liquide de phase inverse, son rapport masse-sur-charge et son spectre de fragmentation MS/MS, la séparation par mobilité ionique dans la cellule TIMS permet d’augmenter encore la sélectivité des analyses ce qui ajoute une quatrième dimension aux analyses protéomiques. Ainsi le timsTOF Pro permet de réaliser des analyses protéomiques 4D et d’identifier et quantifier un grand nombre de protéines, même peu abondantes, à partir d’échantillons complexes.   Un exemple d’application ? Regard sur le protéome de Streptomyces et l’analyse en profondeur d’un très grand jeu de données aux multiples variables ! Dans le cadre d’un projet collaboratif avec l’équipe « Métabolisme Energétique des Streptomyces » (MES) de l’I2BC dirigée par Marie-Joelle Virolle ([email protected]), le timsTOF Pro a permis de comparer les protéomes de 3 souches de Streptomyces avec une combinaison de variables (souches sauvages ou mutantes, temps de culture, milieu de culture carencé ou non en phosphate). Chez les Streptomyces, la biosynthèse des antibiotiques est déclenchée en condition de limitation nutritionnelle en phosphate qui est généralement corrélée à un déficit en ATP (stress énergétique). Deux souches de Streptomyces, S. coelicolor et S. lividans, phylogénétiquement très proches, présentent des capacités très différentes à produire les mêmes métabolites spécialisés bio-actifs (antibiotiques). Dans cette étude, les différentes conditions et variables ont été analysées en quadruplicats pour un total de 48 échantillons. La profondeur de l’analyse protéomique réalisée en mode Data-Dependent Acquisition sur le système nanoLC-timsTOF Pro a permis d’identifier et quantifier plus de 4000 protéines de Streptomyces, soit plus de la moitié des protéines prédites in silico. Au-delà de l’analyse sensible par spectrométrie de masse, c’est l’analyse statistique de l’énorme jeu de données protéomiques comportant de nombreuses variables (type de souches, temps et milieu de culture, etc..) qui a été un des principaux défis pour aboutir à une analyse en profondeur, robuste et fiable, des données protéomiques de quantification relatives entre les réplicats de plusieurs conditions expérimentales. L’exploitation de ces données quantitatives multivariées et corrélées a ainsi été rendue possible par le développement d’une approche statistique reposant en partie sur l’utilisation d’un modèle linéaire généralisé à effets fixes (souches, temps et milieu de culture). D’une manière intéressante, la richesse des données générées et ainsi analysées a permis d’établir le profil métabolique et physiologique d’une souche fortement productrice d’antibiotiques (S. coelicolor), par rapport à une souche phylogénétiquement très proche mais faiblement productrice des mêmes antibiotiques (S. lividans).   En savoir plus ? Cette étude protéomique combinant les performances du spectromètre de masse timsTOF Pro à une analyse statistique multivariée innovante des données a permis de générer une quantité inédite d’information et de mener une analyse protéomique comparative en profondeur de trois souches de Streptomyces, en fonction de la disponibilité en phosphate, en collaboration avec l’équipe de Marie-Joelle Virolle. L’ensemble des résultats a donné lieu à 3 publications : Lejeune et al., Production Int J Mol Sci 2022 ; Lejeune et al., Front Microbiol 2022 ; Lejeune et al., Res Microbiol 2024.   Cette étude illustre l’intérêt et le potentiel des approches de protéomique ultra sensibles en profondeur sur des protéomes totaux et l’expertise de la plateforme Protéomique-Gif non seulement pour l’obtention de données de protéomiques de qualité mais aussi pour l’adaptation de l’analyse des données de protéomiques à des plans expérimentaux complexes. Les nouvelles performances du timsTOF Pro a ainsi permis d’accéder à une profondeur d’analyse des protéomes jamais atteinte et l’arrivée prochaine d’un spectromètre de masse encore plus sensible devrait permettre d'accroitre encore la profondeur des analyses.   Si les analyses de protéomes ou d’interactomes complexes vous intéressent, n’hésitez pas à nous contacter et à nous soumettre vos demandes. Nous élaborerons ensemble la stratégie la plus adaptée à votre projet. -> Contacts : Laila Sago ([email protected]), David Cornu ([email protected]) et Virginie Redeker ([email protected])   Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI   Aussi, en 2021, la plateforme publiait son premier FOCUS PLATEFORME. Le relire ? FOCUS PLATEFORME : Protéomique-Gif (SICaPS) : une plateforme dédiée à l'exploration des protéomes et de leurs modifications (27-sept.-21)   Protéomique-Gif (SICaPS), La plateforme Protéomique-Gif (SICaPS), labellisée IBiSA, est ouverte à l'ensemble de la communauté scientifique. La plateforme propose des méthodologies de protéomique et des technologies de spectrométrie de masse de pointe pour identifier, caractériser et quantifier les protéines et leurs modifications à partir d'échantillons plus ou moins complexe. Une technologie de dernière génération permet l'identification et la quantification relative de protéines peu abondantes dans des échantillons protéiques très complexes. Des méthodes analytiques adaptées permettent de caractériser des modifications co- , post-traductionnelles ou chimiques des protéines (phosphorylations, lipides, pontages covalents, …). La plateforme dispose d'une solide expertise dans la préparation d'échantillons protéiques de nature variée, leur analyse par spectrométrie de masse et le traitement des données. Elle optimise et développe des méthodes analytiques pour réponse aux besoins des utilisateurs. La plateforme propose une variété de services sous forme de prestations : i) standards : préparations d'échantillons, mesures de masse exacte, identification de protéines, contrôle-qualités de protéines recombinantes ; ii) collaboratives : quantification relative des protéines, comparaisons approfondies de protéomes, interactomes, caractérisation de déterminants structuraux et de modifications des protéines.   A propos de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC - UMR 9198). L’I2BC est une Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay), accueillant une soixantaine d’équipes de recherche et hébergeant 17 plateformes technologiques, réparties en 6 pôles. 2025 est aussi une année clé pour l’I2BC : cette unité fête ses 10 ans cette année.

Une expertise en cytométrie en flux par fluorescence pour la recherche fondamentale et clinique, à destination des communautés scientifiques publiques et privées.

Caractérisation des macromolécules biologiques, de leurs interactions et de leurs dynamiques, avec contrôle de la qualité des échantillons complexes et visualisation à différentes échelles.

Garder l’élevage au frais, pour ne rien perdre du vivant. Semences, embryons, tissus… Les CRB du réseau CRB-Anim conservent dans le froid le patrimoine génétique et génomique d'une multitude d'animaux de ferme et de compagnie de France. Cette mission encouragée par le GIS IBiSA est tout aussi indispensable pour la recherche que pour l'élevage. Lire l'article.   Les INBS se sont réunies à Sète. Le 18 et 19 mars 2025, le domaine du Lazaret, à Sète, a accueilli les représentants de la plupart des infrastructures nationales en biologie et santé (INBS). Thème du séminaire : la communication. Cet évènement a été organisé par le Club des INBS avec le soutien financier du GIS IBiSA. Plus d’infos sur les INBS.   Les INBS, bientôt sur le site d'IBiSA. A l'issue des journées de Sète, le GIS IBiSA a entrepris la création de nouvelles pages pour introduire les INBS sur son site internet. Ces pages comprendront une cartographie des plateformes de cœur à l'origine des infrastructures et des informations utiles pour bénéficier de leurs services. Plus d’infos sur les INBS.   Formation sur l’empreinte écologique des plateformes et CRB. Le GIS IBiSA propose une nouvelle session de formation sur l'empreinte écologique des plateformes et des CRB, le 20 et 21 novembre 2025 à Paris. La date limite d’inscription a été repoussée au 30 juin 2025.   A propos d’IBISA. Le GIS IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie. Placé sous la tutelle de 8 partenaires, il est l’unique instrument de financement commun à l’ensemble des établissements de recherche en sciences du vivant. Grâce à deux appels d’offres dédiés, les plateformes et centres de ressources biologiques (CRB) peuvent candidater à la labellisation IBiSA et accéder à des financements conséquents pour des investissements jugés nécessaires à leurs missions. Le GIS conditionne son soutien à une ouverture large à la communauté scientifique. Il encourage également la création de structures de pilotage, concertation et coopération, l'animation de réseaux thématiques et les démarches qualité. Plus d'infos sur le GIS IBiSA.   Vous souhaitez découvrir le potentiel de Paris-Saclay en termes de plateformes ? L’interface Plug In Labs Université Paris-Saclay recense et rend visible plus de 200 plateformes dans le domaine des sciences de la vie - des plateaux techniques, des plateformes technologiques, des infrastructures d’expérimentation, mais aussi des collections - en d’autres termes, des espaces de laboratoires dotés d’équipements, souvent uniques, ou de banques de ressources, associés à un fort potentiel humain, les opérant et les maintenant au meilleur niveau technologique.   A propos de Plug In Labs Université Paris-Saclay. Plug In Labs Université Paris-Saclay ou PILUPS pour les intimes, est le portail numérique unique retenu par l’Université Paris-Saclay pour la mise en valeur et promotions des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes technologiques de son territoire. Piloté par l’Université Paris-Saclay et la SATT Paris-Saclay, financé par l’IDEX et le Fonds national de valorisation, PILUPS est accessible à tous depuis 2017, partenaires académiques comme entreprises, en particulier les PME. Un seul site web : https://www.pluginlabs-universiteparissaclay.fr. Et une seule adresse mail : [email protected].

Intermédiaire et facilitateur de choix, IBiSA assure le lien entre l’ensemble des INBS, associées en club, et leurs tutelles nationales pour une recherche française toujours plus performante.

La plateforme « épigénomique et recherche translationnelle » de l’IPS2 (EPITRANS) est une infrastructure scientifique collective (ISC) de l’INRAE, labellisée IBISA et certifiée Iso9001. Elle a pour mission de développer et de mettre à disposition de la communauté scientifique des outils de génétique haut-débit, directe et inverse, chez les espèces cultivées. Elle propose d’identifier les gènes et les régulations épigénomiques majeurs contrôlant les caractères d’intérêts agronomiques puis à créer des allèles qui permettent d’améliorer la performance des plantes. Elle se positionne comme pierre angulaire entre la recherche fondamentale et la recherche appliquée, sur le territoire Paris-Saclay, mais aussi au niveau national et international. EPITRANS est intégrée à l’équipe de recherche FLOWER and CARPEL Developpement (FLOCAD, Dr. A. Bendahmane, IPS2) avec laquelle elle développe de fortes interactions scientifiques. Une illustration récente de cette association plateforme-équipe de recherche est le projet NectarGland, lauréat ERC, portant sur l’amélioration de l’attrait des fleurs pour leurs insectes pollinisateurs.   Les insectes pollinisateurs sont essentiels à la vie sur Terre. Alors que la population humaine ne cesse de croître, les populations de pollinisateurs diminuent, menaçant ainsi la sécurité alimentaire. En agriculture, les principaux insectes pollinisateurs sont, de loin, les abeilles. Le manque de connaissances sur la manière dont les plantes cultivées attirent et récompensent les abeilles a freiné la sélection de variétés améliorant les relations mutuellement bénéfiques entre les cultures et leurs pollinisateurs. NectarGland est un projet pluridisciplinaire visant à améliorer la compréhension du développement des nectaires et de la sécrétion nectarifère en relation avec le butinage des insectes pollinisateurs, ces caractères ayant un impact direct sur le rendement en fruits, sa stabilité et les ressources alimentaires des abeilles. L’équipe de recherche FLOCAD va étudier les interactions plante-insecte par l’analyse génétique moléculaire et le phénotypage en s’appuyant sur le système modèle du melon, culture strictement entomophile, qui présente toutes les morphologies sexuelles florales (fleurs mâles, femelles, hermaphrodites) nécessaires. Le but est d’identifier les allèles contrôlant les caractères liés au nectar (développement des glandes et production) et à l’attraction des abeilles ainsi que leurs régulateurs clés potentiels. Une fois les gènes et leurs régulateurs  identifiés ils seront validés génétiquement. Ce projet va utiliser différents outils proposés par la plateforme EPITRANS comme le clonage positionnel, le TILLING, le CRISPR, l’ATAC-seq et le DAP-seq.   À travers ce travail, l’association de la plateforme EPITRANS & de l’équipe de recherche FLOCAD vise à développer une boîte à outils pour les sélectionneurs permettant d’adapter la morphologie et la composition chimique des fleurs afin d’améliorer l’activité de butinage des abeilles en les récompensant pour les services de pollinisations.   En savoir plus sur NectarGland ? Une publication préliminaire ? Slavković et al., Trends Plant Sciences 2021   En savoir plus sur les activités d’EPITRANS ? Tous les ans, les 23 et 24 juin cette année, EPITRANS organise avec d’autres plateformes du plateau de Saclay les Journées Omiques Végétales. Lien pour le programme et l’inscription : https://ips2.u-psud.fr/fr/plateformes/spomics/colloque-spomics-2020.html   Enfin, en janvier 2020, mars 2023 et juin 2024, EPITRANS publiait ses premiers FOCUS PLATEFORME … Redécouvrez- les ! FOCUS PLATEFORME : EPITRANS : l'atelier haute-couture de l'amélioration génétique des plantes cultivées au service des modèles variétaux de demain; FOCUS PLATEFORME : Création de nouvelles ressources génétiques chez le soja pour le développement de variétés adaptées à une culture européenne et à une source de protéines locale et durable ; FOCUS PLATEFORME : EPITRANS s’équipe d’un trieur de cellule par cytométrie en flux : Le MACSQuant Tyto de Miltenyi Biotec.   -> Contact: [email protected] / [email protected]   Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI   IPS2 / EPITRANS. La plateforme EPIgénomique et recherche TRANSlationnelle (EPITRANS), Infrastructure Scientifique Collective (ISC) de l'INRAE, a pour missions de valoriser la recherche fondamentale en transformant les idées en produits et de faire le lien entre le chercheur et le secteur économique. Elle s'intéresse aux allèles et épi-allèles qui améliorent la performance des plantes dans un environnement de plus en plus contraint et plus particulièrement chez les espèces d'intérêt agronomique. Son activité consiste à développer et à mettre à disposition de la communauté scientifique des outils de génétique haut-débit, forward et reverse, chez les végétaux, notamment lorsque les études traditionnelles de génétiques ne peuvent s'appliquer (transformation génétique). Cinq outils sont ainsi proposés : le clonage positionnel par NGS, le TILLING (« targeted Induced Local Lesion IN Genome ») et l'ECO-TILLING, l'Epigénomique et le CRISPR. Le premier permet de cloner des gènes d'intérêts agronomiques pour ensuite étudier leur(s) fonction(s) par TILLING, par recherche de modifications épigénomiques, ou encore par édition du génome via le système CRISPR (selon les espèces). Le TILLING s'appuie sur la production de larges collections (<5000 lignées) de plantes mutées ou de collections de germoplasmes (ECOTILLING) combinée à une identification rapide et systématique des mutations dans les séquences cibles. Ces allèles, non génétiquement modifiés, sont proposés aux sélectionneurs pour améliorer leurs lignées élites en leur offrant une alternative aux collections limitées de germoplasmes. C'est pourquoi, la plateforme a des liens étroits et durables avec le secteur industriel dans différents domaines d'applications (Limagrain, Gautier Semence, Rijk Zwaan, Symrise). EPITRANS est leader en Europe dans le domaine de la recherche translationnelle de par la richesse de ses collections de mutants (260 000 lignées) et par la diversité des espèces cultivées disponibles (13 au total). La plateforme est labellisée par le GIS-IBISA (Infrastructures en Biologie Santé et Agronomie) et est certifiée Iso9001.   A propos de l’IPS2. L’Institute of Plant Sciences Paris-Saclay ou IPS2 a pour mission de comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires qui contrôlent la croissance de la plante et leurs régulations par les signaux endogènes et exogènes d’origine biotique (symbiotiques et pathogènes) et abiotique, notamment en relation avec le changement climatique. L’analyse de ces mécanismes est effectuée de manière intégrée à l’échelle de la cellule, de l’organe jusqu’à la plante entière. L’IPS2 applique une approche multidisciplinaire en combinant la génomique/epigénomique, la biologie cellulaire, la bio-informatique, la biochimie, la génétique, et la physiologie, développe des outils de modélisation indispensables pour une biologie prédictive, et facilite la recherche translationnelle des espèces modèles aux espèces cultivées.

Semences, embryons, tissus… Les CRB du réseau CRB-Anim conservent dans le froid le patrimoine génétique des animaux de rente et de compagnie de France. Pour la recherche et les éleveurs.

Créé en 2023 autour de 8 plateformes et fort de son dynamisme, le réseau CyPSay (pour Cytométrie Paris-Saclay) s’enrichit en accueillant 5 plateformes supplémentaires !   Ainsi, CyPSay fédère à présent 13 plateformes : Il y a 2 ans, ce réseau a réuni CYM (ex PLAIMMO, IPSIT / Plateforme de Cytométrie H. Moissan), SpICy (ICP / SpectroImageries et Cytométrie), FlowCyTech (IDMIT, Institut JACOB) et I2BC / Plateforme de cytométrie (IMAGERIE-GIF) au réseau des plateformes du biocluster GENOPOLE, nommé OCCIGEN. Ce réseau génopolitain regroupe des équipements complémentaires présents sur ImCy (Imagerie-Cytométrie, Généthon), sur la plateforme de bioproduction (cellulaire, automatisée) de l’I-Stem, au LGRK (Laboratoire de Génomique et Radiobiologie de la Kératinopoïèse, Institut F. Jacob) et sur la plateforme de tri et clonage de levures opérée par Hybrigenics Services.   S’y ajoutent aujourd’hui les plateformes CYMAGES (Plateforme de Cytométrie et Imagerie) de l’UVSQ, CurieCoreTech CYPIC de l’institut Curie (site Orsay), CyACT (Plateforme de Cytométrie Analyse Cellulaire et Tri /iRCM, Institut JACOB / CEA), @BRIDGe et le plateau de phénotypage de l’IERP à l’INRAE de Jouy-en-Josas qui étoffent l’offre de cytométrie du réseau.   CyPSay recense maintenant toute une panoplie d’équipements, tous complémentaires, dont : Fortessa et Fortessa X-20 (BD Biosciences) ; cytoFLEX S et cytoFLEX LX (Beckman Coulter) ; Partec (Sysmex) ; NovoCyte 3000 (Agilent), MACS Quant 10 et MACS Quant X (Miltenyi) ; SP6800 (Sony) ; ZE5 (Biorad) , Aurora (Cytek), HELIOS (Standard Biotools), très souvent situés à proximité de trieurs : SH800 (Sony), ARIA IIu, ARIA III SORP et ARIA Fusion (BD Biosciences) ; MoFlo AstriosEQ, cytoFLEX SRT (Beckman Coulter), Influx (BD Biosciences), ainsi qu’un COPAS FP1000 (Union-Biometrica), cytomètre original permettant l’analyse et le tri d’objets biologiques complexes (larves de poisson zèbre, organoïdes) et un cytomètre imageur en flux ISX (Cytek) .   A travers ce FOCUS PLATEFORME, nous souhaitons rappeler les trois principaux objectifs de ce réseau de proximité. A l’échelle des plateformes, il s’agit de partager les expertises respectives des partenaires lors de réunions régulières, de discuter des évolutions des technologies pour acquérir et analyser des données de cytométrie, d’identifier les besoins en investissements et de se fédérer pour des demandes de financement d’instruments et/ou de logiciels spécifiques. Pour chaque utilisateur, le réseau permet de proposer un accompagnement optimal dans tous types de projets en cytométrie. Enfin, à l’échelle de la communauté Paris-Saclay, le réseau vise à promouvoir la découverte de la cytométrie et de ses variantes à travers différentes journées de formation ou séminaires ouverts à tous.   Sur ce dernier axe, la deuxième journée de formation à la cytométrie en flux s’est déroulée le mardi 19 novembre 2024 à Henri Moissan et a regroupé 35 personnes autour de présentations, de tables rondes et d’un déjeuner financé par la GS Heads (Action workshop) et la société Standard Bio Tools. Cette journée a été l’occasion de présenter les différentes cytométries et quelques applications spécifiques proposées sur les plateformes du réseau (le FRET, la mesure du pH intracellulaire, la prolifération et étude du cycle cellulaire, l’analyse de la phosphorylation des protéines). Ce fut une très belle réussite que nous souhaitons renouveler très rapidement ! Le réseau CyPSay travaille maintenant à la mise en place de webinaires techniques au cours de l’année et à l’organisation d’une nouvelle journée le 5 novembre 2025 à laquelle vous serez prochainement invités. A cette occasion, nous espérons tous vous y retrouver très nombreux !   Pour tout renseignement complémentaire, n'hésitez pas à contacter la plateforme du réseau CyPSay la plus proche.   ->Contact : Marie-Laure Aknin ([email protected])   Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI   CYM, à l’origine du réseau CyPsay, a déjà publié plusieurs FOCUS PLATEFORME, n’hésitez-pas à les relire … FOCUS PLATEFORME : CYM, plateforme de cytométrie en flux, développe une nouvelle méthode de suivi de la viabilité des bactéries (11-nov.-24). FOCUS PLATEFORME : PLAIMMO devient CYM, et les plateformes de cytométrie de l’Université Paris-Saclay se mettent en réseau : CypSay ! (13-mai-2024). FOCUS PLATEFORME : Le tri de cellules infectées, humaines ou transfectées : de nouvelles possibilités offertes aujourd'hui par PLAIMMO ! (28-juin-21). FOCUS PLATEFORME : PLAIMMO met en service un nouveau lecteur haute performance : Un QuickPlex® SQ 120 (Meso Scale Discovery, MSD) ! (12-avr.-21). FOCUS PLATEFORME : PLAIMMO : une plateforme spécialisée en cytométrie de flux, à votre écoute ! (20-juil.-20).   IPSIT / Plateforme de Cytométrie H. Moissan (CYM). La plateforme de cytométrie en flux (CYM) de l'Unité Mixte de Service, Ingénierie et Plateformes au Service de l'Innovation Thérapeutique (UMS-IPSIT), située au rez-de-chaussée du bâtiment Recherche Henri Moissan (HM1) offre régulièrement ses services aux équipes de recherche académiques du territoire Paris-Saclay ainsi qu'aux industriels. Le personnel de la plateforme est à votre disposition pour vous aider à la réalisation de projets de recherche fondamentale, préclinique sur des modèles expérimentaux ainsi que pour des protocoles de recherche clinique. Son personnel est aussi à votre service pour la mise au point de nouvelles techniques utilisant la cytométrie en flux. Les équipements de cytométrie en flux de la plateforme permettent le phénotypage des cellules par la détection de molécules membranaires et intracellulaires (biomarqueurs) mais aussi des études fonctionnelles telles que la détection de phosphorylation des protéines, la prolifération cellulaire, la quantification de cytokines ou chimiokines excrétées ou la détection d'ARN. Enfin, des tris cellulaires à haut débit sont aussi proposés par la plateforme. Et en parallèle, elle étend maintenant son offre de service en mettant à votre disposition un nouvel appareil de mesure de haute technologie, le QuickPlex® SQ 120 (Meso Scale Discovery, MSD) permettant l’analyse en multiplex de biomarqueurs par electrochemiluminescence. Nos activités qui peuvent être en relations avec celle d'autres plateformes, permettent l'identification de nouveaux biomarqueurs pouvant être des cibles thérapeutiques.   A propos d’IPSIT. IPSIT (Ingénierie et Plateformes au Service de l’Innovation Thérapeutique) est une Unité Mixte de Service placée sous les tutelles conjointes de l’UPSaclay (UMS-IPSIT), l’Inserm (US31) et le CNRS (UAR3679). L’IPSIT regroupe 11 plateformes techniques, organisées en trois pôles technologiques (IMCELLF, OMICS et INTERACTIONS) et trois plateformes transverses. L’IPSIT se veut résolument à l’interface de la chimie, de la biologie et de la clinique en établissant le lien entre la cible pathologique et le médicament. L’IPSIT est adossée à une Structure Fédérative de Recherche (SFR) qui rassemble l’UMS et 25 équipes de recherche. Enfin, IPSIT participe à l’animation scientifique et à la formation des étudiants et des personnels tout en contribuant au rapprochement d’équipes d’horizons différents et à la transdisciplinarité des collaborations. Voir aussi leur FOCUS PLATEFORME décrivant toutes leurs expertises !

Production et utilisation de cellules souches pluripotentes humaines comme modèles cellulaires pour la recherche pharmacologique et comme produits pour la thérapie cellulaire.

Des instruments à la pointe de la technologie, un soutien expert et des formations de qualité en cytométrie spectrale et nanocytométrie pour la recherche et l’innovation.