カイセキリュウ
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生き物の名前の話題が多いです。
https://twitter.com/kaisekiriu
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考え直してみた結果、この一連の考察は誤りだということで落ち着きそう。おそらく正しくは、トータルグループの定義には2種類の定式化が存在し、それらは概ね重複しているものの完全に一致するわけではない、みたいなことなのだと思われる。
December 18, 2025 at 11:54 AM
考え直してみた結果、この一連の考察は誤りだということで落ち着きそう。おそらく正しくは、トータルグループの定義には2種類の定式化が存在し、それらは概ね重複しているものの完全に一致するわけではない、みたいなことなのだと思われる。
ステムグループ、そしてその前提となるトータルグループの定義には現生のexternal specifierが必要不可欠だが、“生物のトータルグループ”にはexternal specifierが存在しないため定義不能だということになる。
December 15, 2025 at 11:00 AM
ステムグループ、そしてその前提となるトータルグループの定義には現生のexternal specifierが必要不可欠だが、“生物のトータルグループ”にはexternal specifierが存在しないため定義不能だということになる。
「現生種すべての最終共通祖先に至る前に分岐したすべての種」という定義だと、たとえば“哺乳類のステムグループ”とは「現生の哺乳類を除いた生物すべて」となり、一般的な用法とは大きくかけ離れたものになってしまう。
December 15, 2025 at 10:54 AM
「現生種すべての最終共通祖先に至る前に分岐したすべての種」という定義だと、たとえば“哺乳類のステムグループ”とは「現生の哺乳類を除いた生物すべて」となり、一般的な用法とは大きくかけ離れたものになってしまう。
たとえば更科さんのこの記事では“現生生物のステムグループ”という表現が出てきているけれど、採用されているステムグループの定義「現生種すべての最終共通祖先に至る前に分岐したすべての種」には欠陥がある。
全生物の「共通祖先」は「地球最初の生物」ではなかったかもしれない
https://gendai.media/articles/-/68823
全生物の「共通祖先」は「地球最初の生物」ではなかったかもしれない
https://gendai.media/articles/-/68823
全生物の「共通祖先」は「地球最初の生物」ではなかったかもしれない（更科 功） | ブルーバックス | 講談社
長い生物の進化において、化石などの記録が残らなかった生物はたくさんいる。それでも、彼らは名は残さずとも、確かに地球で生きていた。そして地球の生物や環境に、何らかの影響を与えてきた。そのような影響の総合的な結果として、私たちを含めた現在の生命がある。今回は、そんな忘れられそうな"名を残さなかった生物"のことを、少しだけ思い出してみよう。
gendai.media
December 15, 2025 at 10:50 AM
たとえば更科さんのこの記事では“現生生物のステムグループ”という表現が出てきているけれど、採用されているステムグループの定義「現生種すべての最終共通祖先に至る前に分岐したすべての種」には欠陥がある。
全生物の「共通祖先」は「地球最初の生物」ではなかったかもしれない
https://gendai.media/articles/-/68823
全生物の「共通祖先」は「地球最初の生物」ではなかったかもしれない
https://gendai.media/articles/-/68823
“表現することが可能”というのはつまり、たとえば『ティラノサウルスとマンモスの最新共通祖先とその子孫すべて』と定義されていたとしても、それは現在有力な系統仮説の下で『イエスズメとヒトの最新共通祖先とその子孫すべて』とも表現可能なのでクラウングループだよね、みたいなこと。
December 10, 2025 at 3:07 PM
“表現することが可能”というのはつまり、たとえば『ティラノサウルスとマンモスの最新共通祖先とその子孫すべて』と定義されていたとしても、それは現在有力な系統仮説の下で『イエスズメとヒトの最新共通祖先とその子孫すべて』とも表現可能なのでクラウングループだよね、みたいなこと。
ただこのPhyloCodeの説明だと「2つ以上の現生種ってどれのこと？」みたいになるかもしれないので、私としてはこれに手を加えて、クラウングループとは「『現生生物Aと現生生物Bの最新共通祖先に起源をもつクレード』と表現することが可能なグループ」である、みたいにするのが良いんじゃないかなと思っている。
December 9, 2025 at 3:10 PM
ただこのPhyloCodeの説明だと「2つ以上の現生種ってどれのこと？」みたいになるかもしれないので、私としてはこれに手を加えて、クラウングループとは「『現生生物Aと現生生物Bの最新共通祖先に起源をもつクレード』と表現することが可能なグループ」である、みたいにするのが良いんじゃないかなと思っている。
前提グループは説明において必ずしも必要ではなく、たとえばPhyloCodeではクラウンクレードについて「2つ以上の現生種（または生物個体）の最新共通祖先に起源をもつクレード」と説明している。
http://phylonames.org/code/glossary/
http://phylonames.org/code/glossary/
PhyloCode: Glossary
phylonames.org
December 9, 2025 at 2:46 PM
前提グループは説明において必ずしも必要ではなく、たとえばPhyloCodeではクラウンクレードについて「2つ以上の現生種（または生物個体）の最新共通祖先に起源をもつクレード」と説明している。
http://phylonames.org/code/glossary/
http://phylonames.org/code/glossary/
PrometheaとDispariaの違いをあえて見出すならば、前者は最小クレード定義であることが明記されている一方で、後者はおそらく最大クレード定義だと解釈するのが妥当となる。
November 27, 2025 at 8:09 AM
PrometheaとDispariaの違いをあえて見出すならば、前者は最小クレード定義であることが明記されている一方で、後者はおそらく最大クレード定義だと解釈するのが妥当となる。
Supplementary Discussion 1の“Included phyla”の内容がミスってる。Disparia phyl. nov.は正しくはCaelestes phyl. nov.のはず。
November 27, 2025 at 7:59 AM
Supplementary Discussion 1の“Included phyla”の内容がミスってる。Disparia phyl. nov.は正しくはCaelestes phyl. nov.のはず。
Dispariaの方も出版されてた。
https://doi.org/10.1038/s41586-025-09750-0
https://doi.org/10.1038/s41586-025-09750-0
Rare microbial relict sheds light on an ancient eukaryotic supergroup | Nature
The discovery of an unusual protist named Solarion arienae, which has a mitochondrial genome with some intriguing features, provides insight into the early radiation of eukaryotic groups.
doi.org
November 27, 2025 at 7:56 AM
Dispariaの方も出版されてた。
https://doi.org/10.1038/s41586-025-09750-0
https://doi.org/10.1038/s41586-025-09750-0
さらに言えば、現在の生物学では進化学・系統学的な文脈の箇所において「植物（Plantae/plants）」という単語は単独ではあまり使われなくなってきているよね、とか。
November 25, 2025 at 3:07 PM
さらに言えば、現在の生物学では進化学・系統学的な文脈の箇所において「植物（Plantae/plants）」という単語は単独ではあまり使われなくなってきているよね、とか。
意地の悪い見方をすれば、「緑藻や紅藻はアーケプラスチダ、つまり“植物”なので原生生物ではない」というのは、「緑藻や紅藻はアーケプラスチダである」「アーケプラスチダは植物のシノニムである」「植物は原生生物ではない」という3つの別個の考えをぞんざいに繋げてしまったものなのでは、と私は思わなくもない。
November 25, 2025 at 3:00 PM
意地の悪い見方をすれば、「緑藻や紅藻はアーケプラスチダ、つまり“植物”なので原生生物ではない」というのは、「緑藻や紅藻はアーケプラスチダである」「アーケプラスチダは植物のシノニムである」「植物は原生生物ではない」という3つの別個の考えをぞんざいに繋げてしまったものなのでは、と私は思わなくもない。
読み返すたびに「“非存在説”じゃなくて“不在説”でよかっただろ」と思う。
November 21, 2025 at 3:30 PM
読み返すたびに「“非存在説”じゃなくて“不在説”でよかっただろ」と思う。
別の表現をするならば、「〇〇科の担名タイプ標本」という表現の場合、その解釈は「〇〇科に属する（任意の）種の担名タイプ標本」という意味であって「〇〇科のタイプ属である〇〇属のタイプ種である〇〇種の担名タイプ標本」という意味ではないですよね、とか。
November 15, 2025 at 3:01 PM
別の表現をするならば、「〇〇科の担名タイプ標本」という表現の場合、その解釈は「〇〇科に属する（任意の）種の担名タイプ標本」という意味であって「〇〇科のタイプ属である〇〇属のタイプ種である〇〇種の担名タイプ標本」という意味ではないですよね、とか。
国際藻類・菌類・植物命名規約では属名に由来するタクソン名の場合にはその属が自動的にタイプになる（10.10条）。
国際動物命名規約では科階級群タクソンの担名タイプは属である（条63; 用語集「タイプ属」）。
国際動物命名規約では科階級群タクソンの担名タイプは属である（条63; 用語集「タイプ属」）。
November 15, 2025 at 2:41 PM
国際藻類・菌類・植物命名規約では属名に由来するタクソン名の場合にはその属が自動的にタイプになる（10.10条）。
国際動物命名規約では科階級群タクソンの担名タイプは属である（条63; 用語集「タイプ属」）。
国際動物命名規約では科階級群タクソンの担名タイプは属である（条63; 用語集「タイプ属」）。
この問題意識が分かりやすい例は国際原核生物命名規約におけるタイプで、目のタイプは属であるのに対して綱のタイプは目である（Rule 15, Table 2）というように、必ずしもタクソン名の語幹の元になった属がタイプとなるわけではない。
https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005585
https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005585
International Code of Nomenclature of Prokaryotes. Prokaryotic Code (2022 Revision) | Microbiology Society
Microbiology Society journals contain high-quality research papers and topical review articles. We are a not-for-profit publisher and we support and invest in the microbiology community, to the benefit of everyone. This supports our principal goal to develop, expand and strengthen the networks available to our members so that they can generate new knowledge about microbes and ensure that it is shared with other communities.
doi.org
November 15, 2025 at 2:23 PM
この問題意識が分かりやすい例は国際原核生物命名規約におけるタイプで、目のタイプは属であるのに対して綱のタイプは目である（Rule 15, Table 2）というように、必ずしもタクソン名の語幹の元になった属がタイプとなるわけではない。
https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005585
https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005585