「タカネヒカゲ」
イネ科（イワノガリヤス）、カヤツリグサ科（イワスゲ、ヒメスゲ）

「ベニヒカゲ」
イネ科（イワノガリヤス、スズメノカタビラなど）、カヤツリグサ科（ヒメカンスゲ、ショウジョウスゲなど）

「クモマベニヒカゲ」
イネ科（イワノガリヤス、タカネノガリヤス）、カヤツリグサ科（ホンモンジスゲ、タカネショウジョウスゲなど）

「タカネキマダタセセリ」
イネ科（イワノガリヤス）

「天然記念物（種指定）」
ヒシクイ、マガン、カラスバト、シラコバト、ヤンバルクイナ、オジロワシ、オオワシ、イヌワシ、シマフクロウ、クマゲラ、ルリカケス、アカコッコ、アカヒゲなど

「天然記念物（繁殖地指定）」
オオハクチョウ、コハクチョウ、オオミズナギドリ、ウミネコ、イヌワシ、ブッポウソウ、チョウゲンボウなど

「琵琶湖固有種」
ニゴロブナ、ビワヒガイ、ホンモロコ、イワトコナマズ、ビワコオオナマズなど

「四国のみ」
ヒナイシドジョウ

「中国のみ」
サンヨウコガタスジシマドジョウ、ゴギ、イシドンコ

「九州のみ」
ヒナモロコ、アリアケスジシマドジョウ、ヤマノカミ、ムツゴロウなど

「沖縄のみ」
ヒョウモンドジョウ、リュウキュウアユ、ヤエヤマノコギリハゼ、ミナミトビハゼなど