追加の調査で、消滅しているわけではなくてなぜか頂点グループが追加されていてアーマチュアモディファイアによって遠くに吹き飛んでいたことがわかりました…なんで…？

一部というか大半のfilepathが変わっていて、しかももう使ってないオブジェクトに紐づいてる画像とかでも不具合が起こるため、bpy.data.imagesから書き換えられたパスを元に戻すスクリプト書いて実行したらたぶん問題はなくなったはず…！

PC再起動でもダメ…だけど原因一部わかった！
5.0.0でクラッシュした時リスタートするとautosaveから読み込まれるのですけど、この時なぜか画像の参照が一部 tmp に置き換わっていて、そのファイルが見つからないのでエラーになっているという感じみたい。
UVエディタで該当の画像を開くと無になっているのでパスを元のファイルにすれば直りました！