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Camille Marchet ⚡

@camillemrcht.bsky.social

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Researcher in @BonsaiSeqBioinfo Lille, France. Bioinformatics, data-structures for DNA/RNA.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 3d

Ca n'est pas si souvent, un article publié dans Nature met ma communauté à l'honneur (la bioinformatique des séquences). Je vous raconte ?
www.nature.com/articles/d41...

‘Google for DNA’ brings order to biology’s big data

MetaGraph compresses vast data archives into a search engine for scientists, opening up new frontiers of biological discovery.

www.nature.com

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Legrugru @legrugru.fr · 1d

Nouvelle cagnotte pour l'Ukraine, pour des besoins en télécommunications dans la direction de Kupiansk !
Merci de votre générosité - chaque geste compte !
www.helloasso.com/associations...

Financement d'équipements électriques pour une station de télécommunication

Financement participatif organisé par Les convois solidaires - Financement et expédition d'équipements électriques pour une station de communication pour la Région de Kupiansk.

www.helloasso.com

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ServanneMarzin @servannemarzin.bsky.social · 1d

1/Pendant que Lecornu joue à coucou-caché, toustes les fonctionnaires de l'EN ont reçu au milieu de la nuit un mail leur confirmant la dégradation annoncée de leur rémunération durant leur congé maladie. A la 1ère journée de carence - ce qui représente entre 80 et 200 euros de perte environ-...

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Emmanuel Martin @emmanuelrmartin.bsky.social · 1d

Valérie Pecresse a fait voter, pour la seule année 2024, 1,3 million d'euros de subventions pour le lycée privé Stanislas, c'est-à-dire un ordre de grandeur 5 à 10 fois plus élevé que la dotation globale de fonctionnement d'un lycée public comme Marcelin Berthelot.

SNES-FSU 93 @snesfsu93.bsky.social · 1d

🔴 10 jours en immersion dans un lycée du 93 en situation d'urgence absolue. Cela devrait être un scandale national. Soutien sans faille aux personnels en lutte 👊

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 1d

Ah another update 🌛

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 6d

French govt did cargo +nightly build --release -Z unstable-options

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 1d

Oui mais bonus on n'est pas obligés de rouvrir la porte 😇

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 2d

Wat

a close up of a hamster 's face with its mouth open .

ALT: a close up of a hamster 's face with its mouth open .

media.tenor.com

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Adam Phillippy @aphillippy.bsky.social · 2d

Funny story, though, we found this gene in NCBI databases, but it was annotated in Streptococcus pneumoniae! This is surely human contamination in a bacterial strep sample that was not properly filtered. Lesson: use CHM13, or better yet a pangenome, when filtering for human contamination...

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Adam Phillippy @aphillippy.bsky.social · 2d

Last week we were in the Washington Post for our characterization of Robertsonian chromosomes. This week we are entering our 10th day of being shut down and all of our research is on hold. To help me feel not-so-bad, here is a thread of some studies we released right before the shutdown 🧵 [1/n]...

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 2d

Oui je pense que @fingels.bsky.social a travaillé sur ça ou tout proche en thèse

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 2d

@fingels.bsky.social les modèles 3D te disent un truc ?

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 2d

C'est la plante modèle par excellence ! Avec un génome plutôt petit.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 2d

Oui nous les bioinformaticiens on a plein de plantes dans nos bureaux :-)

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 2d

Oh 😍

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Ewan Birney @ewanbirney.bsky.social · 2d

I am hiring! - looking for a Staff Scientist to co-run my research group with me. Staff Scientist is a senior professional scientist role at EMBL. Please forward to people you might know who could be interested! embl.wd103.myworkdayjobs.com/en-US/EMBL/j...

Staff Scientist

About EMBL-EBI EMBL’s European Bioinformatics Institute is a data powerhouse, utilised on a global scale to advance scientific discovery through bioinformatics and solutions to some of the world’s mos...

embl.wd103.myworkdayjobs.com

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Dre. Alexandra Gros ⚛ 🧠 @agros.bsky.social · 6d

La saison 2025 des #NobelPrize est lancée. Compte de la parité :
♂️ 2
♀️ 1
Prix Nobel de physiologie/médecine à Mary Brunkow, Fred Ramsdell & Shimon Sakaguchi pour leurs découvertes concernant le contrôle du système immunitaire pour lutter contre les microbes tout en évitant les maladies auto-immunes.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 2d

Oh bien sûr des gens essaient. Mais ici pour stocker de manière très efficace, d'autres techniques fonctionnent très bien (avec pas ou peu de machine learning jusqu'ici). Si je ne me trompe pas, le projet de Pasteur intègre par contre un LLM pour faire assistant de requêtes.

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 2d

Les U un peu timides avancent masqués 😎

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David Ho @davidho.bsky.social · 3d

Hey US scientists, the NY Times wants to hear from you if you've had your funding cut. 🌊🧪

Has Your Scientific Work Been Cut? We Want to Hear.

www.nytimes.com

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 3d

@zaminiqbal.bsky.social !

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 3d

Mais aussi les collègues de Pasteur, ont un navigateur de l'amplitude de celui publié aujourd'hui, axé sur davantage de performances (ça se comprend vu les échelles !). Il existe sous forme de pré-publcation. Affaire à suivre ;-)

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 3d

Petit moment cocorico, sachez qu'en Europe et en France on se place bien dans ce créneau, avec des équivalents de navigateurs spécialisés pour des génomes bactériens, pour des données environnementales (à Rennes) et pour les ARNs (par bibi and colleagues).

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 3d

couplées à une bonne connaissance des spécificités de ces données, qui sont très différentes du texte produit par les humains (ça serait franchement bien plus facile sinon) qu'ils ont réussi ce tour de force.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 3d

C'est par des méthodes algorithmiques, de compression, de mise à disposition et de structuration des données, (pas de LLM là dedans je vous vois venir)

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 3d

Dix ans plus tard les collègues Suisses en mettent à disposition des millions !

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 3d

C'est le cœur du papier édité aujourd'hui. C'est une question qui a commencé à nous intéresser il y a dix ans, avec notamment une proposition de collègues de Pennsylvanie, qui à l'époque avaient réussi à rendre disponible à la requêtes un peu plus de 2000 jeux de données.

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