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Camille Marchet ⚡

@camillemrcht.bsky.social

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Researcher in @BonsaiSeqBioinfo Lille, France. Bioinformatics, data-structures for DNA/RNA.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 20h

Ca n'est pas si souvent, un article publié dans Nature met ma communauté à l'honneur (la bioinformatique des séquences). Je vous raconte ?
www.nature.com/articles/d41...

‘Google for DNA’ brings order to biology’s big data

MetaGraph compresses vast data archives into a search engine for scientists, opening up new frontiers of biological discovery.

www.nature.com

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 20m

Oui je pense que @fingels.bsky.social a travaillé sur ça ou tout proche en thèse

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 38m

@fingels.bsky.social les modèles 3D te disent un truc ?

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 48m

C'est la plante modèle par excellence ! Avec un génome plutôt petit.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 55m

Oui nous les bioinformaticiens on a plein de plantes dans nos bureaux :-)

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 57m

Oh 😍

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Reposted by Camille Marchet ⚡

Ewan Birney @ewanbirney.bsky.social · 3h

I am hiring! - looking for a Staff Scientist to co-run my research group with me. Staff Scientist is a senior professional scientist role at EMBL. Please forward to people you might know who could be interested! embl.wd103.myworkdayjobs.com/en-US/EMBL/j...

Staff Scientist

About EMBL-EBI EMBL’s European Bioinformatics Institute is a data powerhouse, utilised on a global scale to advance scientific discovery through bioinformatics and solutions to some of the world’s mos...

embl.wd103.myworkdayjobs.com

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Reposted by Camille Marchet ⚡

Dre. Alexandra Gros ⚛ 🧠 @agros.bsky.social · 3d

La saison 2025 des #NobelPrize est lancée. Compte de la parité :
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Prix Nobel de physiologie/médecine à Mary Brunkow, Fred Ramsdell & Shimon Sakaguchi pour leurs découvertes concernant le contrôle du système immunitaire pour lutter contre les microbes tout en évitant les maladies auto-immunes.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 5h

Oh bien sûr des gens essaient. Mais ici pour stocker de manière très efficace, d'autres techniques fonctionnent très bien (avec pas ou peu de machine learning jusqu'ici). Si je ne me trompe pas, le projet de Pasteur intègre par contre un LLM pour faire assistant de requêtes.

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 14h

Les U un peu timides avancent masqués 😎

Reposted by Camille Marchet ⚡

David Ho @davidho.bsky.social · 18h

Hey US scientists, the NY Times wants to hear from you if you've had your funding cut. 🌊🧪

Has Your Scientific Work Been Cut? We Want to Hear.

www.nytimes.com

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 16h

@zaminiqbal.bsky.social !

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

Mais aussi les collègues de Pasteur, ont un navigateur de l'amplitude de celui publié aujourd'hui, axé sur davantage de performances (ça se comprend vu les échelles !). Il existe sous forme de pré-publcation. Affaire à suivre ;-)

Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

Petit moment cocorico, sachez qu'en Europe et en France on se place bien dans ce créneau, avec des équivalents de navigateurs spécialisés pour des génomes bactériens, pour des données environnementales (à Rennes) et pour les ARNs (par bibi and colleagues).

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

couplées à une bonne connaissance des spécificités de ces données, qui sont très différentes du texte produit par les humains (ça serait franchement bien plus facile sinon) qu'ils ont réussi ce tour de force.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

C'est par des méthodes algorithmiques, de compression, de mise à disposition et de structuration des données, (pas de LLM là dedans je vous vois venir)

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

Dix ans plus tard les collègues Suisses en mettent à disposition des millions !

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

C'est le cœur du papier édité aujourd'hui. C'est une question qui a commencé à nous intéresser il y a dix ans, avec notamment une proposition de collègues de Pennsylvanie, qui à l'époque avaient réussi à rendre disponible à la requêtes un peu plus de 2000 jeux de données.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

Ici on ne chercherait pas "chat" mais par exemple "ACTCTTGTGAGTGTCCCCAGTGTTGCAGAGGCAGGGCCATCAGGCACCAA", et on aimerait bien savoir dans quels échantillons, et donc quelles espèces, peut-être quelles conditions, ce "mot" apparaît.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

Quelque chose que vous ne pouvez *pas* faire sur ce site, c'est chercher dans tous ces échantillons un "mot", comme vous chercheriez "chat" dans un moteur de recherche.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

(j'en profite pour faire passer le message que ces structures sont abondamment subventionnées et pourraient évidemment tomber un jour sous la menace de politiques publiques périlleuses et aveuglées, c'est arrivé pour de plus petits serveurs)

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

Vous pouvez aller voir vous même : www.ebi.ac.uk/ena/browser/... Vous y trouverez des séquençage humains, de la bactérie E coli sous toutes ces formes, de levures, de molécules d'ARN, même d'extraits d'eau de mer

ENA Browser

www.ebi.ac.uk

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

Pour le dire autrement, ce sont des dizaines de Pétabases qui sont stockés, environ un ordre de grandeur seulement de moins que les flux vidéos de Youtube, et beaucoup plus que tout le texte indexé sur internet !

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

La diminution des coûts, couplée à une volonté -remarquable je voudrais quand même le dire- de science ouverte, aujourd'hui nous disposons de centaines de millions de milliards de ces bases A,C,G,T sur des serveurs publics comme SRA ou l'ENA en Europe.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

C'est du même séquençage que vous avez entendu parler avec le Covid-19. Il en existe un grand nombre de raffinements.

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Camille Marchet ⚡ @camillemrcht.bsky.social · 19h

Depuis, les techniques ont beaucoup progressé, dans le sens où on peut séquencer à relativement bas coût un génome humain "en routine" aujourd'hui (c'est tout de même un peu plus de 3 milliards de A,C,G,T).

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