Camille Marchet ⚡
@camillemrcht.bsky.social
Researcher in @BonsaiSeqBioinfo
Lille, France. Bioinformatics, data-structures for DNA/RNA.
Lille, France. Bioinformatics, data-structures for DNA/RNA.
Pinned
‘Google for DNA’ brings order to biology’s big data
MetaGraph compresses vast data archives into a search engine for scientists, opening up new frontiers of biological discovery.
www.nature.com
Ca n'est pas si souvent, un article publié dans Nature met ma communauté à l'honneur (la bioinformatique des séquences). Je vous raconte ?
www.nature.com/articles/d41...
www.nature.com/articles/d41...
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We are excited that our paper "Cleanifier: Contamination removal from microbial sequences using spaced seeds of a human pangenome index" is now published at Bioinformatics (doi.org/10.1093/bioi...).
You can find it at gitlab (gitlab.com/rahmannlab/c...) or install it via PyPI or Bioconda.
You can find it at gitlab (gitlab.com/rahmannlab/c...) or install it via PyPI or Bioconda.
Cleanifier: Contamination removal from microbial sequences using spaced seeds of a human pangenome index
AbstractMotivation. The first step when working with DNA data of human-derived microbiomes is to remove human contamination for two reasons. First, many co
doi.org
November 27, 2025 at 11:27 AM
We are excited that our paper "Cleanifier: Contamination removal from microbial sequences using spaced seeds of a human pangenome index" is now published at Bioinformatics (doi.org/10.1093/bioi...).
You can find it at gitlab (gitlab.com/rahmannlab/c...) or install it via PyPI or Bioconda.
You can find it at gitlab (gitlab.com/rahmannlab/c...) or install it via PyPI or Bioconda.
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Okay, #SeqBim is over, let's get crackin' and speak about our recent preprint (joint work with @imartayan.bsky.social, Lucas Robidou, @camillemrcht.bsky.social and @npmalfoy.bsky.social)
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November 27, 2025 at 10:18 AM
Okay, #SeqBim is over, let's get crackin' and speak about our recent preprint (joint work with @imartayan.bsky.social, Lucas Robidou, @camillemrcht.bsky.social and @npmalfoy.bsky.social)
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Optimized k-mer search across millions of bacterial genomes on laptops https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.11.23.690050v1
November 26, 2025 at 4:47 PM
Optimized k-mer search across millions of bacterial genomes on laptops https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.11.23.690050v1
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Comme le changement climatique. Ou l’accès aux soins. Les mecs sont tellement allergique au plus basique des socialismes, à la plus minuscule pensée écologiste, qu’ils investissent des milliards dans une chimère qui précipite tous nos malheurs.
November 25, 2025 at 10:59 AM
Comme le changement climatique. Ou l’accès aux soins. Les mecs sont tellement allergique au plus basique des socialismes, à la plus minuscule pensée écologiste, qu’ils investissent des milliards dans une chimère qui précipite tous nos malheurs.
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J'aimerais également comprendre comment on a pu envoyer un courrier officiel comprenant, sur un sujet sensible, un renvoi via Google vers un formulaire hébergé chez Amazon, alors qu'on nous parle sans cesse de PPST et qu'il faut des mois de procédures FSD pour recruter un stagiaire.
November 25, 2025 at 10:27 AM
J'aimerais également comprendre comment on a pu envoyer un courrier officiel comprenant, sur un sujet sensible, un renvoi via Google vers un formulaire hébergé chez Amazon, alors qu'on nous parle sans cesse de PPST et qu'il faut des mois de procédures FSD pour recruter un stagiaire.
En pleine désillusion sur les réalités des écoles d'ingénieur, je me dis qu'en fait j'aime bien la biologie au détour d'une sortie ornithologique à Guérande.
November 24, 2025 at 9:32 AM
En pleine désillusion sur les réalités des écoles d'ingénieur, je me dis qu'en fait j'aime bien la biologie au détour d'une sortie ornithologique à Guérande.
I'm feeling very grateful to welcome two new women computer scientists in the lab, Klára Sladeckova who was previously at Comenius Univ and Lore Depuydt from Ghent. They will work as PhD student and postdoc in projects co-led by Simon Puglisi. Europe at its best 👌🏻
November 24, 2025 at 9:19 AM
I'm feeling very grateful to welcome two new women computer scientists in the lab, Klára Sladeckova who was previously at Comenius Univ and Lore Depuydt from Ghent. They will work as PhD student and postdoc in projects co-led by Simon Puglisi. Europe at its best 👌🏻
Colored graphs (+abundances), low density minimizers and quick sequence parse 🚀
#SEQBIM2025 is about to start, Bonsai presents 4 works this year in Nantes seqbim.cnrs.fr/seqbim-2025/...
seqbim.cnrs.fr
November 24, 2025 at 9:14 AM
Colored graphs (+abundances), low density minimizers and quick sequence parse 🚀
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#SEQBIM2025 is about to start, Bonsai presents 4 works this year in Nantes seqbim.cnrs.fr/seqbim-2025/...
seqbim.cnrs.fr
November 24, 2025 at 9:10 AM
#SEQBIM2025 is about to start, Bonsai presents 4 works this year in Nantes seqbim.cnrs.fr/seqbim-2025/...
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I knew early on I wanted to work with computers, but because of dyslexia I ended up in a lower-tier German school. The career office said a tech job wasn’t realistic. I ignored that, took a convoluted path into university, discovered bioinformatics, got hooked on algorithms&proteins, and became a PI
November 24, 2025 at 2:42 AM
I knew early on I wanted to work with computers, but because of dyslexia I ended up in a lower-tier German school. The career office said a tech job wasn’t realistic. I ignored that, took a convoluted path into university, discovered bioinformatics, got hooked on algorithms&proteins, and became a PI
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Ça traque les arrêts maladie jusqu’à chez eux pour instaurer des jours de carence, ça flique les chômeurs même sur leurs réseaux sociaux, ça piste les bénéficiaires du RSA pour 600€ mais surtout faut arrêter de stigmatiser quand ils sèchent les séances sur l’avenir du pays
November 20, 2025 at 2:46 PM
Ça traque les arrêts maladie jusqu’à chez eux pour instaurer des jours de carence, ça flique les chômeurs même sur leurs réseaux sociaux, ça piste les bénéficiaires du RSA pour 600€ mais surtout faut arrêter de stigmatiser quand ils sèchent les séances sur l’avenir du pays
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Scandale MGEN ! Je lance un appel à témoignages.
Vous êtes personnel de l’éducation nationale, confronté aux conséquences de l’adhésion obligatoire à la complémentaire santé MGEN : témoignez en remplissant ce bref formulaire afin que je puisse interpeler le ministre de l'Éducation nationale.
Vous êtes personnel de l’éducation nationale, confronté aux conséquences de l’adhésion obligatoire à la complémentaire santé MGEN : témoignez en remplissant ce bref formulaire afin que je puisse interpeler le ministre de l'Éducation nationale.
November 18, 2025 at 6:57 PM
Scandale MGEN ! Je lance un appel à témoignages.
Vous êtes personnel de l’éducation nationale, confronté aux conséquences de l’adhésion obligatoire à la complémentaire santé MGEN : témoignez en remplissant ce bref formulaire afin que je puisse interpeler le ministre de l'Éducation nationale.
Vous êtes personnel de l’éducation nationale, confronté aux conséquences de l’adhésion obligatoire à la complémentaire santé MGEN : témoignez en remplissant ce bref formulaire afin que je puisse interpeler le ministre de l'Éducation nationale.
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Honoured and quite blown-over to receive this award. I have been, and continue to be, very lucky - first with great mentors, and then really prodigious students, postdocs and collaborators. Working with them has been a joy.
Congratulations to @zaminiqbal.bsky.social from @milnerevolution.bsky.social on being awarded the 2026 Mary Lyon Medal!
November 14, 2025 at 12:55 PM
Honoured and quite blown-over to receive this award. I have been, and continue to be, very lucky - first with great mentors, and then really prodigious students, postdocs and collaborators. Working with them has been a joy.
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Another example: Stanford RNA folding competitions (Rhiju Das) - www.kaggle.com/competitions...
AI models still lag far behind the level of protein prediction. The best scores rely on old-school templates. Human intuition still matters. 7/8
AI models still lag far behind the level of protein prediction. The best scores rely on old-school templates. Human intuition still matters. 7/8
Stanford RNA 3D Folding
Solve RNA structure prediction, one of biology's remaining grand challenges
www.kaggle.com
November 15, 2025 at 6:08 AM
Another example: Stanford RNA folding competitions (Rhiju Das) - www.kaggle.com/competitions...
AI models still lag far behind the level of protein prediction. The best scores rely on old-school templates. Human intuition still matters. 7/8
AI models still lag far behind the level of protein prediction. The best scores rely on old-school templates. Human intuition still matters. 7/8
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I've done a lot of work in Python this fall, and it hasn't endeared me to the language at all. Why does stuff have to be so complicated when you're doing it in Python?
blog.genesmindsmachines.com/p/python-is-...
blog.genesmindsmachines.com/p/python-is-...
Python is not a great language for data science. Part 1: The experience
It may be a good language for data science, but it’s not a great one.
blog.genesmindsmachines.com
November 13, 2025 at 4:16 PM
I've done a lot of work in Python this fall, and it hasn't endeared me to the language at all. Why does stuff have to be so complicated when you're doing it in Python?
blog.genesmindsmachines.com/p/python-is-...
blog.genesmindsmachines.com/p/python-is-...
On est le 12 novembre j'habite à Lille et j'ai mangé dehors sous un grand soleil à midi 😎
November 12, 2025 at 1:41 PM
On est le 12 novembre j'habite à Lille et j'ai mangé dehors sous un grand soleil à midi 😎
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Avec une com dans Nature des chercheurs ayant identifié les failles www.nature.com/articles/s41...
La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.
La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.
November 12, 2025 at 12:17 PM
Avec une com dans Nature des chercheurs ayant identifié les failles www.nature.com/articles/s41...
La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.
La question de la sécurité doit être au coeur des developpements, y compris en bioinformatique. Au dela du cas d'ONT, cela pose la question des formations ciblées "devs scientifique"et des moyens.
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Le colloque est maintenu. Il se déplace hors des murs du Collège de France. En outre, le colloque sera diffusé en direct et intégralement enregistré.
Bravo aux organisateurs et intervenants !
carep-paris.org/annonce/comm...
Bravo aux organisateurs et intervenants !
carep-paris.org/annonce/comm...
Communiqué n°2 : Notre colloque se tiendra, comme prévu, les 13 et 14 novembre prochains.
Le colloque « La Palestine et l’Europe » se tiendra les 13 et 14 novembre, réaffirmant la liberté académique et le partage du savoir.
carep-paris.org
November 11, 2025 at 9:44 PM
Le colloque est maintenu. Il se déplace hors des murs du Collège de France. En outre, le colloque sera diffusé en direct et intégralement enregistré.
Bravo aux organisateurs et intervenants !
carep-paris.org/annonce/comm...
Bravo aux organisateurs et intervenants !
carep-paris.org/annonce/comm...
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Metagenomics colleagues!
I'm looking for studies where both Illumina and ONT sequencing were performed on the same samples from soil, human, ruminent, and other sample types for comparison. Bonus if those studies include PacBio data.
Please help and share!
I'm looking for studies where both Illumina and ONT sequencing were performed on the same samples from soil, human, ruminent, and other sample types for comparison. Bonus if those studies include PacBio data.
Please help and share!
November 11, 2025 at 8:21 PM
Metagenomics colleagues!
I'm looking for studies where both Illumina and ONT sequencing were performed on the same samples from soil, human, ruminent, and other sample types for comparison. Bonus if those studies include PacBio data.
Please help and share!
I'm looking for studies where both Illumina and ONT sequencing were performed on the same samples from soil, human, ruminent, and other sample types for comparison. Bonus if those studies include PacBio data.
Please help and share!
Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...
Portable Genetic Sequencer Security Vulnerabilities Could Endanger Personal
Portable genetic sequencers, particularly those manufactured by Oxford Nanopore Technologies, have revolutionized the field of genomics, making DNA sequencing more accessible and practical across the
bioengineer.org
November 12, 2025 at 7:44 AM
Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...
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Je voudrais m'acheter une tablette tactile pour :
1) regarder des flims dans le train
2) lire des PDF
3) prendre des notes manuscrites (typiquement pour le boulot)
1) regarder des flims dans le train
2) lire des PDF
3) prendre des notes manuscrites (typiquement pour le boulot)
November 11, 2025 at 6:28 PM
Je voudrais m'acheter une tablette tactile pour :
1) regarder des flims dans le train
2) lire des PDF
3) prendre des notes manuscrites (typiquement pour le boulot)
1) regarder des flims dans le train
2) lire des PDF
3) prendre des notes manuscrites (typiquement pour le boulot)
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When I was in graduate school my life and carreer were completely transformed by a seminar I attended at Stanford by Dr. Hamilton Smith. In the talk he discussed how TIGR was sequencing whole genomes of organisms. Here is a scan of P1 of my notes. 1/n
November 11, 2025 at 5:42 AM
When I was in graduate school my life and carreer were completely transformed by a seminar I attended at Stanford by Dr. Hamilton Smith. In the talk he discussed how TIGR was sequencing whole genomes of organisms. Here is a scan of P1 of my notes. 1/n
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Je suis d'accord avec France Universités : « l’annulation du colloque scientifique porte atteinte à la liberté académique ».
Franchement ça me fait tout bizarre d'être d'accord avec France Universités. C'est dire si les pressions de notre ministre (et la décision du CDF) sont inquiétantes.
Franchement ça me fait tout bizarre d'être d'accord avec France Universités. C'est dire si les pressions de notre ministre (et la décision du CDF) sont inquiétantes.
France Universités exprime sa vive inquiétude après l’annulation d’un colloque scientifique au Collège de France.
franceuniversites.fr/actualite/fr...
#LibertéAcadémique
franceuniversites.fr/actualite/fr...
#LibertéAcadémique
November 10, 2025 at 4:24 PM
Je suis d'accord avec France Universités : « l’annulation du colloque scientifique porte atteinte à la liberté académique ».
Franchement ça me fait tout bizarre d'être d'accord avec France Universités. C'est dire si les pressions de notre ministre (et la décision du CDF) sont inquiétantes.
Franchement ça me fait tout bizarre d'être d'accord avec France Universités. C'est dire si les pressions de notre ministre (et la décision du CDF) sont inquiétantes.
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[ #VeilleESR #CancelCulture ] Suite à des pressions politiques, dont un message du Ministre sur X (le réseau de désinformation du suprémaciste Elon Musk), le Collège de France a été contraint d'annuler un colloque sur la Palestine.
Le Collège de France annule un colloque sur la Palestine « en réaction à la polémique entourant » l’événement
Le Collège de France « ne prône, ni n’encourage, ni ne soutient aucune forme de militantisme », a affirmé l’établissement qui assure de sa « stricte neutralité (…) au regard des questions de nature po...
www.lemonde.fr
November 10, 2025 at 7:30 AM
[ #VeilleESR #CancelCulture ] Suite à des pressions politiques, dont un message du Ministre sur X (le réseau de désinformation du suprémaciste Elon Musk), le Collège de France a été contraint d'annuler un colloque sur la Palestine.
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Third day of Genome Informatics #GI2025 began with an exciting session on “AI, ML and Integrative Genomics” chaired by Irene Kaplow & Thomas Pierrot.
The first talk, by Irene Kaplow, focused on Challenges in Predicting Enhancer Activity Differences Between Species
doi.org/10.1186/s12864-022-08450-7
The first talk, by Irene Kaplow, focused on Challenges in Predicting Enhancer Activity Differences Between Species
doi.org/10.1186/s12864-022-08450-7
![OCR Ortholog Open Chromatin Status Prediction Framework Overview. a We trained a convolutional neural network (CNN) for predicting brain open chromatin using sequences underlying brain open chromatin region (OCR) orthologs in a small number of species and used the CNN to predict brain OCR ortholog open chromatin status across the species in the Zoonomia Consortium. Specifically, we used the sequences underlying the orthologs for which we have brain open chromatin data to train a CNN for predicting open chromatin. Then, we used the CNN to predict the probability of brain open chromatin for all brain OCR orthologs; predictions are illustrated on the right. Animals for which we do not have open chromatin data are in dark gray instead of black to indicate that their brain open chromatin is imputed. While we cannot evaluate the accuracy of most of our predictions, obtaining open chromatin data from most tissues in most species is infeasible, so predictions might be the best OCR annotations that we can obtain. b To demonstrate that our models can accurately predict whether sequence differences between species are associated with open chromatin differences, in addition to the evaluations described in previous work [57], we evaluated our performance on species-specific open chromatin for a species not used in model training and clade-specific open and closed chromatin for clades not used in model training. Since such regions often comprise a minority of OCR orthologs, models could obtain good overall performance while obtaining poor performance on such regions. We also evaluated our performance on tissue-specific open and closed chromatin for a tissue not used in model training, where we expect models to predict 0 if model learns sequence signatures related to the tissue used in training. c Full mouse test set and lineage-specific OCR accuracy evaluations for mouse sequence-only brain model, illustrating that, even for the best of these models,](https://cdn.bsky.app/img/feed_thumbnail/plain/did:plc:jkd2l647lviezhenqed454lh/bafkreicgkhegfuippjqhdt2tkku6dr74stuf5znohmtovfk5zojt5w7xkq@jpeg)
November 7, 2025 at 2:28 PM
Third day of Genome Informatics #GI2025 began with an exciting session on “AI, ML and Integrative Genomics” chaired by Irene Kaplow & Thomas Pierrot.
The first talk, by Irene Kaplow, focused on Challenges in Predicting Enhancer Activity Differences Between Species
doi.org/10.1186/s12864-022-08450-7
The first talk, by Irene Kaplow, focused on Challenges in Predicting Enhancer Activity Differences Between Species
doi.org/10.1186/s12864-022-08450-7