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Valentin Loux

@vloux.bsky.social

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Bioinformatics at @inrae-france.bsky.social

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Biology 55%

Agriculture 15%

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Ryan Wick @rrwick.bsky.social · 12d

Happy to share that the paper describing Autocycler is now 100% up:
doi.org/10.1093/bioi...
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Autocycler: long-read consensus assembly for bacterial genomes

AbstractMotivation. Long-read sequencing enables complete bacterial genome assemblies, but individual assemblers are imperfect and often produce sequence-l

doi.org

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Heng Li @lh3lh3.bsky.social · 29d

New blog post – A quick look at Roche's SBX
lh3.github.io/2025/09/11/a...

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Stephen Turner @stephenturner.us · Sep 10

New blog post: In Google's new paper, "An AI system to help scientists write expert-level empirical software" an AI supposedly "invents" new methods in bioinformatics and infectious disease modeling & forecasting. doi.org/10.59350/ymj... 🧬🖥️🧪

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Science Ouverte UPSaclay @so-upsaclay.bsky.social · Sep 10

✨ Résolument engagée dans la #scienceouverte, l' @univparissaclay.bsky.social lance, en 2026, ses presses universitaires en accès libre et gratuit.

📢L' #appel à candidature est ouvert pour son comité d'expertise scientifique.

🗓️ Date limite : 01/10/2025

En savoir plus : tinyurl.com/ms568zkn

Appel à candidature pour le Comité d'expertise scientifique des presses de l'Université

La diffusion des connaissances est au cœur des missions de notre université pour le développement de la recherche. Résolument engagée dans la science ouverte, l'Université Paris-Saclay a fait du libre...

www.universite-paris-saclay.fr

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France Génomique @fr-genomics.bsky.social · Sep 8

🚨PLEASE SHARE!
France Génomique and the National network GREEN-omics are pleased to inform you of their upcoming Symposium on Environmental and Agronomical Genomics!
📍Paris, France, Feb 18 to 20, 2026.
➡️ eags2026.sciencesconf.org
➡️ Registration and call for abstracts are now open!

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Rayan Chikhi @rayanchikhi.bsky.social · Sep 3

One year after our initial preprint, we're excited to post a major update to Logan.

At its heart, Logan is the assembly of 27 million samples (50 Pbp) using a 6-day cloud-compute peaking at 2.2M vCPUs. This compresses the SRA 140x compared to raw FASTQs.

github.com/IndexThePlan...

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Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 22

magnifique ! Ça donne envie

Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 9

c’est pas mal. bien équilibré. je vais essayer d’en rapporter une bouteille

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Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 9

Dégustation de boissons fermentées en Pologne. Classique Komboucha et plus local buza (boulgour, raisin). Les deux produits localement. #fermentsdufutur

Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 3

Bravo à @auschwitzmemorial.bsky.social de faire vivre ce lieu de mémoire, si iomportant à visiter pour lutter contre la répétition des horreurs de l’histoire.

Valentin Loux @vloux.bsky.social · Aug 3

Visite du mémorial d’Auschwitz-Birkenau. Un moment d’émotions et de recueillement mémoriel vécu en famille, accompagné par une guide d’une exceptionnelle justesse.

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Auschwitz Memorial @auschwitzmemorial.bsky.social · Aug 3

3 August 1911 | A Frenchman, Jean Berthout, was born in Limoges.

In #Auschwitz from 8 July 1942.
No. 45230
He perished in the camp on 13 August 1942.

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Reposted by Philippe Meirieu, Valentin Loux, Constance Bantman , and 1 more Philippe Meirieu, Valentin Loux, Constance Bantman, Bernard Davasse

Libération @liberation.fr · Jul 17

Reportage dans le massif du Mont-Blanc : ceci était la Mer de Glace

C'est la une de Libération ce vendredi

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Institut Pasteur | 130 years of biomedical research @pasteur.fr · Jul 24

Congratulations to Rayan Chiki, (Institut Pasteur) head of the “Sequence Bioinformatics” unit, for securing the ERC Proof of Concept 2025 for his project ENZYMINER! 👏

‪@rayan.chiki.bsky.social

#Bioinformatics

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Sophie Schbath @sophieschbath.bsky.social · Jul 22

www.lemonde.fr/economie/art...

Mistral AI parie sur la transparence en rendant public son impact environnemental

La start-up française d’intelligence artificielle publie avec l’Ademe et Carbone 4 une étude sur l’impact, notamment sur les émissions de CO₂, de l’entraînement et l’usage de ses modèles. Et appelle s...

www.lemonde.fr

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Melaine Le Roy @subfossilguy.bsky.social · Jul 17

Mer de Glace depuis le Signal Forbes 😰
1890 | 2013 | 2021

Et c'est bien pire maintenant (2025), car depuis 2021 on a connu les deux pires années de fonte de l'histoire (2022 et 2023) qui a elles seules ont fait fondre 10% de l'ensemble de la glace alpine... en 2 ans! 🔥🥵

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Cameron Thrash @jcamthrash.bsky.social · Jul 17

Distribution Patterns of rRNA Copy Number Repeats in Prokaryotic Genomes www.biorxiv.org/content/10.1... #jcampubs

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La Pelle @lapellecrew.bsky.social · Jul 16

On a accueilli @ketrus.bsky.social et Marid du Chimérarium pour parler de leur projet de Jdr Papier Néo-Lutèce. Mais surtout on y a joué !

Un super moment pour un super projet, n'hésitez pas à regarder la vidéo mais aussi sur leur Gamefound (lien dans le message suivant)

youtu.be/OKXWvg7Oono

On découvre Néo-Lutèce, le JDR hybride du Chimérarium avec Ketrus et Marid !

YouTube video by La Pelle Crew

youtu.be

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JOBIM 2025 @jobim2025.bsky.social · Jul 11

👏 Ca y est, #JOBIM2025 est officiellement fini !

Au nom de toute l'équipe, merci pour votre participation, et pour toutes ces discussions scientifiques intenses et stimulantes.
Merci aussi pour votre enthousiasme, votre bienveillance et tous ces rires échangés pendant la conférence.

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Photo de groupe prise avec les participants et participantes à JOBIM 2025.

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Mariène Wan @marienewan.bsky.social · Jul 10

Venez découvrir #REPET, un outil de détection, de classification et d'annotation d'éléments transposables en live avec Etienne Bardet en amphi E @jobim2025.bsky.social

@urgi-inrae.bsky.social

#JOBIM2025 #URGI #INRAE

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Mariène Wan @marienewan.bsky.social · Jul 10

Venez me voir au poster 2, pour découvrir l'URGI, une plateforme bio-informatique @urgi-inrae.bsky.social
@jobim2025.bsky.social
#JOBIM2025 #URGI #INRAE

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Unité INRAE MaIAGE @inrae-maiage.bsky.social · Jul 8

Meet Erwan Le Floch on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about Data stewardship strategy of the Ferments du Futur grand challenge
#fermentsdufutur
@vloux.bsky.social @sophieschbath.bsky.social
@inrae-migale.bsky.social

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Unité INRAE MaIAGE @inrae-maiage.bsky.social · Jul 8

Meet Agnès Barnabé on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis
#fermentsdufutur
@vloux.bsky.social @sophieschbath.bsky.social
@inrae-migale.bsky.social

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Société Française de BioInformatique @sfbi.fr · Jul 7

‼️ La #SFBI et @jebif.bsky.social organisent les 1ers #JobFair durant la conférence @jobim2025.bsky.social

Venez #rencontrer et #discuter avec des #professionnelles❗

📍 #inscriptions via forms.gle/rFPD8aGKRSrW... pour les #etudiants et forms.gle/fzVZAy6AN8VE... pour les #professionnels

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Unité INRAE MaIAGE @inrae-maiage.bsky.social · Jul 7

🎉 Vendredi dernier, l'unité #maiage était en #fete‼️
#barbecue, #tournoi de #tennisdetable, #cupcakechallenge, #animations en tous genres pour fêter les #10ans de notre unité🎂
Un beau moment de #partage‼️

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IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · Jul 7

📣J-1✨ Rendez-vous à @jobim2025.bsky.social du 8 au 11 juillet à @univbordeaux.bsky.social ‬ pour retrouver les équipes de l’IFB ! 🎉

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IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · Jul 2

@jobim2025.bsky.social - Épisode 12/13
🚀 Venez découvrir notre présentation « The Microbiology Galaxy Lab: A community-driven hub for reproducible and FAIR microbial data analysis », par Engy Nasr, MicroGalaxy Community, Paul Zierep et @bebatut.bsky.social

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Société Française de BioInformatique @sfbi.fr · Jul 1

‼️ Le programme détaillé des #JOBIM2025 est en ligne ‼️

📍Rendez-vous sur jobim2025.labri.fr/detailed_pro...

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IFB/ELIXIR-Fr @ifb-elixir-fr.bsky.social · Jun 23

@jobim2025.bsky.social - Épisode 7/13
🚀 Venez découvrir notre poster « Data modeling in agroecology, a first schema to characterize plant holobiont and environmental data », qui sera présenté par Alice Montaigne, Marie Lahaye, Fabrice Legeai , Olivier Dameron , Olivier Rué et @vloux.bsky.social !

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Reposted by Jean-Paul Delahaye, Dominique Meurs, Valentin Loux , and 2 more Jean-Paul Delahaye, Dominique Meurs, Valentin Loux, Michel Naepels, Émilie Lavie

Christophe Cassou @cassouman40.bsky.social · Jun 20

Qques mots forts que j'ai prononcés avec émotion @franceinfo.fr
C'est un mensonge de laisser croire que l'on s'adaptera sans casse irréversible dans une France à 4°C. On ne s'adapte pas a un effondrement de la biodiversité; on meurt avec!
Les régressions actuelles sont irresponsables & suicidaires.

Mathieu Lehot-Couette @math-lehot.bsky.social · Jun 20

"Ce qu’on est en train de vivre aujourd’hui, c’est les trajectoires qu’on avait imaginées il y a 20 ans. La communauté des climatologues n’est pas du tout surprise par la vague de chaleur qui arrive. Elle est effrayée." @cassouman40.bsky.social ce matin sur @franceinfo.fr #VagueDeChaleur #DontLookUp

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