Kota Miura
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三浦耕太 フリーランスの生物画像解析研究者。「Imagejではじめる生物画像解析」共著者です。英語はkbias.bsky.social 自己紹介のインタビュー:https://doi.org/10.1242/jcs.261906 2017-2024の投稿は旧twitter(@kotapub)からの移行。
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生物画像解析の国際ミーティングGloBIAS2025神戸カンファレンスのシンポジウム登録締め切りが9/15に迫っています。 5月に宣伝文を書いたのですが、その後の準備状況やプログラムの詳細、全世界からの160名強の参加者のことなどを含め、以下に書きました。おもしろそう!と思ったら、まだ登録可です。
bit.ly/GloBIAS2025K...
blogtng:2025-09-10:globias2025_登録締切間近 [Bioimage Analysis Wiki ]
wiki.cmci.info
subpixelの日本語訳は「亜画素」ですな。すでに用例がある。もともと、LEDの副画素をサブピクセルと呼んでいたので、混乱を避けるために亜画素としたほうがよろしいであろう。
なお、羊土社の「型で実践する生物画像解析」https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758122801/ をご存知の方は、編者・著者の塚田さん(慶応)、大浪さん(理研)、京田さん(理研)、遠里さん(立命館)、河合さん(東大)、菅原さん(理研)、平塚さん(大阪がんセンター)がシンポジウムに参加するので、直接御本人たちと話せますよ!
特にcall4helpは参加者が直前まで、生物画像解析の質問の登録ができます。call4helpについては上のブログに特に詳しくどのような感じなのかを説明しました。call4helpの専用サイトは以下です。
call4help.let-your-data-speak.com
Call4help
This is a webpage used to present Image Analysis problems to the broader community.
call4help.let-your-data-speak.com
生物画像解析の国際ミーティングGloBIAS2025神戸カンファレンスのシンポジウム登録締め切りが9/15に迫っています。 5月に宣伝文を書いたのですが、その後の準備状況やプログラムの詳細、全世界からの160名強の参加者のことなどを含め、以下に書きました。おもしろそう!と思ったら、まだ登録可です。
bit.ly/GloBIAS2025K...
blogtng:2025-09-10:globias2025_登録締切間近 [Bioimage Analysis Wiki ]
wiki.cmci.info
採用、とはいえ、試行期間です。プロベーションですな。試行を経て、本格採用、という流れ。
引用:In practice, we will ask our authors to fill out a detailed reporting checklist for their light microscopy data at the first round of revision, which will then be assessed by reviewers during the second round of review. … 以下省略
Quarepで作った画像データ・解析の出版のためのチェックリスト、簡易化したものがNatureのジャーナル群で採用されました。ちとこれはマイルストーン。https://www.nature.com/articles/s41592-025-02738-8
生物画像解析の国際会議であるGloBIAS2025神戸の宣伝、断片的な連続投稿になってしまったので、以下にまとめました。ぜひ、関心のあるかたに転送してください。登録の締切は6/15です。

wiki.cmci.info/blogtng/2025...
blogtng:2025-05-19:globias神戸_2025 [Bioimage Analysis Wiki ]
wiki.cmci.info
登録者の数は今のところ順調に伸びていますが、日本国外からの登録が殆どで、日本国内からの登録がとても少なく、せっかく日本での生物画像解析のイベントなのでちと残念に思っています。私も関わっている東アジアの生物画像解析ネットワークEABIAS(eabias.github.io) の発表などもあるので、この機会にメンバーと知り合い、加入することもできます。
Bioimage Analysis Conference 2025 in Kobe
GloBIAS Bioimage Analysis Conference 2025 Oct 26, 2025 - Oct 31, 2025 | Kobe, Japan Venue: RIKEN BDR, Kobe, Japan Registration via Google Forms here: https://tinyurl.com/3dtajhh6 Please follow the l...
bit.ly
シンポジウムはトークが中心ですが、Open Source Software Loungeという、生物画像解析のさまざまなオープンソースのツールの開発者がラップトップを持ち込んで参加者と自由に交流する企画や、参加者が課題を持ち込んでその場で他の参加者(猛者多数)たちに解決のアドバイスを貰うcall4helpといったほかでは見られない企画もあります。
Bioimage Analysis Conference 2025 in Kobe
GloBIAS Bioimage Analysis Conference 2025 Oct 26, 2025 - Oct 31, 2025 | Kobe, Japan Venue: RIKEN BDR, Kobe, Japan Registration via Google Forms here: https://tinyurl.com/3dtajhh6 Please follow the l...
bit.ly
講習会はPython-napariを使った講習会になります。NEUBIASで恒例化したこうしたマルチプレックスな会議をヨーロッパの外でやるのは初の試みですが、理研の大浪研の方々を中心とするチームがとても頑張ってくれていて開催準備は順調にすすんでいます。
タガソンは、数年ぶりの開催になるので、その間に登場したさまざまな生物画像解析のツールやライブラリをBIII(https://biii.eu/)整理することが活動の中心になります。
ハッカソンとタガソンは自由に往来可能です。ハッカソンは2つのグループがあります。1) BIAFLOW(https://biaflows-sandbox.neubias.org/#/)とOmero-SSBD( ssbd.qbic.riken.jp )を繋げる。2) napariの開発(napariのコアチーム napari.org/%EF%BC%89
https://ssbd.qbic.riken.jp/)を繋げる。2
講習会に登録すると、後半のシンポジウムにも自動的に登録されます。通常は後半のシンポジウムにだけ登録になります。この場合、前半のハッカソンやタガソンに任意で参加することもできます。講習会の参加者は、時間的にかぶるのでハッカソンやタガソンには参加できません。
複数のイベントが組み合わさっているので、少し解説すると、10月26日から31日までの会議は前半と後半に別れています。前半(26-29)は講習会、ハッカソン、タガソンが並行して開催されます。後半(29-31)はトーク中心のシンポジウム。
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先月発行した書籍『型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari』の執筆者の多くが関わるGloBIASによる国際的な生物画像解析学会(トレーニングスクール,ハッカソン,シンポジウムなど)が,10月に理研神戸キャンパスで開催されます.詳細はリンク先をご覧ください.
www.globias.org/activities/b...
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トランプ政権の予算削減で、NIHの女性を対象にした大規模な医療プログラム「Women’s Health Initiative」が終了へ。30年以上前から取り組んできた薬剤の臨床試験や、乳がんや骨粗鬆症の予防研究など世界をリードしてきた女性の健康研究が軒並み続けられなくなるそうです💔

NIH cancels its first and largest study centered on women | Science | AAAS www.science.org/content/arti...
NIH cancels its first and largest study centered on women
The Women’s Health Initiative has produced numerous influential findings
www.science.org
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Programme in short:

13th June 2025

09:30 - 10:00 - Registration

10:00 - 10:30 - Welcome and self-introduction

10:30 - 12:00 - Technical session and tool showcase

12:00 - 13:00 - Lunch

13:00 - 14:00 - How to organise bioimage analysis workshops

6/n
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Do you train people in bioimage analysis? Check out this great “train the trainers” workshop and sign up!
The Royal Microscopical Society @royalmicrosoc.bsky.social Data Analysis in IMaging (RMS DAIM), with the support of the @crick.ac.uk Crick and Partners Networking Fund, is organising a “Train the Trainers in Bioimage Analysis” workshop.

1/n
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Ready to step into bioimage analysis in Python? The course mastermind 🧠 has just launched a new course:
This summer, we are running a one-week intensive workshop on Python-based BioImage Analysis.
Are there better ways to spend 6 days in mid-July in Boston?Probably.
Would you learn as much as you will here? Probably not.

Apply here:
iac.hms.harvard.edu/bobiac/2025
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In this week’s preprint list, we focus on the latest research in bioimage analysis and data management.
Let us know if we are missing any recent preprints that you enjoyed.
#bioimageanalysis #datamanagement
focalplane.biologists.com