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Migale is a French Bioinformatics Facilty from @inrae-france.bsky.social
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We're alive !
Migale is a core bionformatics facility from @inrae-france.bsky.social , part of @ifb-elixir-fr.bsky.social

Follow us for information on microbial bioinformatics, computing infrastructure, bioinformatics tutorials, details of our training courses and much more.
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Bienvenue à Edmond qui rejoint notre équipe pour contribuer au cas d'étude n°5 (agriculture) du projet MuDis4LS, en collaboration avec nos collègues de Rennes.
www.france-bioinformatique.fr/actualites/m...
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Bienvenue à Emilie qui intègre notre équipe pour contribuer au développement de #Siduri, l'entrepôt de données du Grand Défi #Ferments_du_Futur 🎉
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📣 Les opérations annuelles de maintenance du centre de données INRAE-IdF étant terminées, l'infrastructure de la plateforme Migale est de nouveau opérationnelle et tous nos services sont de nouveau accessibles !
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poster #115. Venez discuter aliments fermentés ;) ou Galaxy, pipeline, entrepôt de données, ...
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Meet Agnès Barnabé on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis
#fermentsdufutur
@vloux.bsky.social @sophieschbath.bsky.social
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L'unité MaIAGE via la plateforme #bioinformatique @inrae-migale.bsky.social participera au #JobFair de #JOBIM2025

Pensez à vous #inscrire via forms.gle/rFPD8aGKRSrW... pour participer aux #echanges❗
sfbi.fr
‼️ La #SFBI et @jebif.bsky.social organisent les 1ers #JobFair durant la conférence @jobim2025.bsky.social

Venez #rencontrer et #discuter avec des #professionnelles❗

📍 #inscriptions via forms.gle/rFPD8aGKRSrW... pour les #etudiants et forms.gle/fzVZAy6AN8VE... pour les #professionnels
Affiche des JobFair
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Present at #JOBIM2025?

Come and visit Agnès Barnabé’s poster (#115) “SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis and visualisation dedicated to fermentation”, a collaborative #FermentsDuFutur project led by Migale team.

📅 Wednesday 9/07 11:30-12:30
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bioinfomics.bsky.social
Nous recrutons un-e administratreur-trice système #DevOps pour notre plateforme bioinformatique de Toulouse.
👉Plus d'info sur jobs.inrae.fr/ot-25976
Administrateur.trice système DevOps
Le profil s'inscrit dans le cadre du projet Equipex+MUDIS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences), porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) afin de contribuer au partage et à la mutualisation entre les plateformes constitutives du NNCR (Réseau national de ressources informatiques) et à l'administration de l'infrastructure de calcul de Genotoul-Bioinfo.L'IFB est une infrastructure nationale qui regroupe 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR3601).Ces plateformes offrent un ensemble de services à destination des chercheurs en biologie et santé : expertise en analyse de données scientifiques, formations et infrastructures de calcul (clusters et clouds).La task-force mutualisée NNCR est en charge de la gestion de l'infrastructure de calcul de l'IFB.Elle est composée des administrateurs systèmes des plateformes IFB qui consacrent une part de leur temps pour aider à améliorer collectivement les services et infrastructures de l’IFB.Vous serez hébergé·e sur la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’IFB), dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse. Cette unité développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l'environnement.A hauteur de 80% de votre temps, vous inscrirez vos travaux dans le projet PIA3 MUDIS4LS et l’équipe de l'action IFB M1 - Calcul et stockage (NNCR), composée de 19 membres (6,2 ETP) répartis sur plusieurs plateformes et sites du réseau IFB et sur les deux types d’infrastructure (Cloud et Cluster).Le NNCR (National Network for Computing Resources) regroupe en effet 18 infrastructures Cloud ou Cluster pour les sciences de la vie offrant au total environ 16 000 CPU, 160 To de RAM et 18 Po de stockage. Pour assurer le déploiement et la gestion de cette infrastructure, les administrateurs se portent sur les principes DevOps / Infrastructure-as-Code (IaC) : Git, GitLab-CI et Ansible.Vos missions principales seront de travailler à la mise en place de solutions mutualisées et portables entre les infrastructures comme une solution de transfert de données à grande échelle (de type Globus), un mécanisme d’authentification unifié des utilisateurs au travers du NNCR ou encore un système de déploiement d’outils de bioinformatique et de banques de données mutualisé.A hauteur de 20% de votre temps, vous travaillerez pour l’infrastructure de la plateforme Genotoul-Bioinfo, composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs, plusieurs Péta-octets de stockage), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bioinformatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs). Sur la plateforme Genotoul-Bioinfo, votre première mission sera de déployer et maintenir en condition opérationnelle le service Open OnDemand (OOD) par l’intégration d’applications existantes ou de nouvelles pour répondre aux besoins des utilisateurs.Votre lieu de travail sera situé à INRAE, Auzeville-Tolosane (31).Vous serez formé-e à votre arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique.
jobs.inrae.fr
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Vous avez les bases mais souhaitez aller plus loin dans la programmation #Python ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module avancé à Jouy-en-Josas sur 2 jours (15 et 16 sept).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous codez en R et souhaitez adopter le package Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ?
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy (16-17 juin).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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@inrae-migale.bsky.social from ELIXIR-France is part of this MALDIBANK’s EU project.

#MALDIBANK ’s main goal is to conceptualize a
global, cloud-based, open MALDI spectra databank
for this revolutionary research in order to
promote identification of microorganisms.
sophieschbath.bsky.social
MALDIBANK EU Project is about to kick-off !

During these 2 days, we will discuss the project action plan on how to conceptualise an open databank comprising microbial categorisation as a way of easing studies ranging from ecosystem dynamics, environmental issues and health matters.
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Vous avez des bases en R et souhaitez vous-même
analyser statistiquement vos données RNAseq ?
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la
pratique" vous propose ce module de 2 jours à
Jouy-en-Josas (12-13 mai).
📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous avez des données métagénomiques à analyser et vous maîtrisez linux ?
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy-en-Josas (6-7 mai).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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📣 Dernier jour pour candidater sur le poste permanent d’IE en bioinformatique ouvert sur la plateforme. 📣
jobs.inrae.fr/concours/con...
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Le Challenge de ménage numérique sur l'infrastructure la plateforme Migale est lancé !
Plus d'infos sur migale.inrae.fr/node/18587
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Vous avez les bases mais souhaitez aller plus loin dans la programmation #Python ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose également ce module avancé à Jouy-en-Josas sur 2 jours (2 et 3 avril). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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📣 Un poste permanent d’IE en bioinformatique est ouvert sur la plateforme Migale.
👉 Description du profil sur jobs.inrae.fr/concours/con...
📝 Candidature jusqu’au 20 mars
Contactez-nous !
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Vous utilisez déjà Galaxy et souhaitez vous familiariser avec les méthodes&outils d’analyse de données NGS ? #mapping #assemblage
👉Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module d’1 jour (21/03).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous souhaitez vous initier aux bonnes pratiques pour la reproductibilité de vos analyses ?
💡 Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (4 avril).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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📣 Un poste permanent d’IE en bioinformatique est ouvert sur la plateforme Migale.
👉 Description du profil sur jobs.inrae.fr/concours/con...
📝 Candidature jusqu’au 20 mars
Contactez-nous !
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Besoin de manipuler vous-même votre jeu de
données #RNAseq, depuis les étapes de
bioinfo à l’analyse différentielle ?
Notre cycle de formation "Bioinformatique
par la pratique" vous propose ce module de 3
jours (17-19 mars).
📝 Inscriptions et programme sur
documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous pratiquez R et souhaitez créer votre 1e application web interactive à partir de scripts R ? #Shiny
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (14 mars).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous pratiquez R mais souhaitez faire des graphiques sophistiqués avec le package #ggplot2 ?
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (13 mars).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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📣 Prochaine rencontre en ligne "Migale&vous" pour échanger sur nos activités et notre offre de service en bioinfo.
Invitée : Nuria Mach (ENVT) nous présentera ses travaux "Symphonie du Microbiome"
📆 27 mars 14h-15h
📝 plus d'infos sur migale.inrae.fr/node/18585
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non, elle est en présentiel