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French Research Infrastructure in Bioinformatics from @inrae-france.bsky.social https://bioinfomics.inrae.fr
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Stage bioinfo (niveau M2) sur le centre INRAE Occitanie-Toulouse dans le cadre d'un projet entre BeeGEES (GenPhySE) et @bioinfo-genotoul.bsky.social (MIAT) sur la métagénomique fonctionnelle appliquée aux micro-organismes associés aux miels
🍯🐝 🧬🧑‍💻
+ d'infos: thibaultleroyfr.github.io/pdf/Proposit...
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Bienvenue à Emilie qui intègre notre équipe pour contribuer au développement de #Siduri, l'entrepôt de données du Grand Défi #Ferments_du_Futur 🎉
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Bienvenue à Edmond qui rejoint notre équipe pour contribuer au cas d'étude n°5 (agriculture) du projet MuDis4LS, en collaboration avec nos collègues de Rennes.
www.france-bioinformatique.fr/actualites/m...
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Nous vous partageons les dernières newsletters de deux de nos plateformes. Bonne lecture 📖
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📣 Les opérations annuelles de maintenance du centre de données INRAE-IdF étant terminées, l'infrastructure de la plateforme Migale est de nouveau opérationnelle et tous nos services sont de nouveau accessibles !
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We have made public the data from WP2 of the BreedWheat project. You can find this resources here wheat-urgi.versailles.inrae.fr/Projects/Bre... with the label WP2. You can find phenotyping data, genotyping data and association data.
BreedWheat - WHEAT URGI
Content Management System
wheat-urgi.versailles.inrae.fr
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bioinfo-genotoul.bsky.social
Yesterday at #jobim2025 we presented a poster outlining the services offered by the genotoul-bioinfo facility: computing and storage infrastructure, project support, training and tools development, etc. Thanks to everyone who came along to talk to us!
poster avec le nom des membres de la plateforme, un exemple de workflow développé, un exemple d'interface graphique développée et la BGES du cluster ainsi que de chiffres présentant notre activité (sur l'infrastructure, et les projets et les cycles d'apprentissage)
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L'unité MaIAGE via la plateforme #bioinformatique @inrae-migale.bsky.social participera au #JobFair de #JOBIM2025

Pensez à vous #inscrire via forms.gle/rFPD8aGKRSrW... pour participer aux #echanges❗
sfbi.fr
‼️ La #SFBI et @jebif.bsky.social organisent les 1ers #JobFair durant la conférence @jobim2025.bsky.social

Venez #rencontrer et #discuter avec des #professionnelles❗

📍 #inscriptions via forms.gle/rFPD8aGKRSrW... pour les #etudiants et forms.gle/fzVZAy6AN8VE... pour les #professionnels
Affiche des JobFair
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Meet Erwan Le Floch on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about Data stewardship strategy of the Ferments du Futur grand challenge
#fermentsdufutur
@vloux.bsky.social @sophieschbath.bsky.social
@inrae-migale.bsky.social
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inrae-maiage.bsky.social
Meet Agnès Barnabé on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis
#fermentsdufutur
@vloux.bsky.social @sophieschbath.bsky.social
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Il reste quelques jours pour postuler sur notre infra de Toulouse
bioinfo-genotoul.bsky.social
Nous recrutons en CDD niveau Ingénieur d'étude un ou une Administrateur.trice système DevOps sur un poste 80% IFB-core et 20% GenoToul-Bioinfo.
Les détails du poste et les modalités de candidature sont ici :
A très bientôt dans notre équipe !
Administrateur.trice système DevOps
Le profil s'inscrit dans le cadre du projet Equipex+MUDIS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences), porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) afin de contribuer au partage et à la mutualisation entre les plateformes constitutives du NNCR (Réseau national de ressources informatiques) et à l'administration de l'infrastructure de calcul de Genotoul-Bioinfo.L'IFB est une infrastructure nationale qui regroupe 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR3601).Ces plateformes offrent un ensemble de services à destination des chercheurs en biologie et santé : expertise en analyse de données scientifiques, formations et infrastructures de calcul (clusters et clouds).La task-force mutualisée NNCR est en charge de la gestion de l'infrastructure de calcul de l'IFB.Elle est composée des administrateurs systèmes des plateformes IFB qui consacrent une part de leur temps pour aider à améliorer collectivement les services et infrastructures de l’IFB.Vous serez hébergé·e sur la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’IFB), dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse. Cette unité développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l'environnement.A hauteur de 80% de votre temps, vous inscrirez vos travaux dans le projet PIA3 MUDIS4LS et l’équipe de l'action IFB M1 - Calcul et stockage (NNCR), composée de 19 membres (6,2 ETP) répartis sur plusieurs plateformes et sites du réseau IFB et sur les deux types d’infrastructure (Cloud et Cluster).Le NNCR (National Network for Computing Resources) regroupe en effet 18 infrastructures Cloud ou Cluster pour les sciences de la vie offrant au total environ 16 000 CPU, 160 To de RAM et 18 Po de stockage. Pour assurer le déploiement et la gestion de cette infrastructure, les administrateurs se portent sur les principes DevOps / Infrastructure-as-Code (IaC) : Git, GitLab-CI et Ansible.Vos missions principales seront de travailler à la mise en place de solutions mutualisées et portables entre les infrastructures comme une solution de transfert de données à grande échelle (de type Globus), un mécanisme d’authentification unifié des utilisateurs au travers du NNCR ou encore un système de déploiement d’outils de bioinformatique et de banques de données mutualisé.A hauteur de 20% de votre temps, vous travaillerez pour l’infrastructure de la plateforme Genotoul-Bioinfo, composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs, plusieurs Péta-octets de stockage), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bioinformatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs). Sur la plateforme Genotoul-Bioinfo, votre première mission sera de déployer et maintenir en condition opérationnelle le service Open OnDemand (OOD) par l’intégration d’applications existantes ou de nouvelles pour répondre aux besoins des utilisateurs.Votre lieu de travail sera situé à INRAE, Auzeville-Tolosane (31).Vous serez formé-e à votre arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique.
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Nous recrutons un-e administratreur-trice système #DevOps pour notre plateforme bioinformatique de Toulouse.
👉Plus d'info sur jobs.inrae.fr/ot-25976
Administrateur.trice système DevOps
Le profil s'inscrit dans le cadre du projet Equipex+MUDIS4LS (Mutualised Digital Spaces for FAIR Life and Health Sciences), porté par l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) afin de contribuer au partage et à la mutualisation entre les plateformes constitutives du NNCR (Réseau national de ressources informatiques) et à l'administration de l'infrastructure de calcul de Genotoul-Bioinfo.L'IFB est une infrastructure nationale qui regroupe 28 plateformes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UAR3601).Ces plateformes offrent un ensemble de services à destination des chercheurs en biologie et santé : expertise en analyse de données scientifiques, formations et infrastructures de calcul (clusters et clouds).La task-force mutualisée NNCR est en charge de la gestion de l'infrastructure de calcul de l'IFB.Elle est composée des administrateurs systèmes des plateformes IFB qui consacrent une part de leur temps pour aider à améliorer collectivement les services et infrastructures de l’IFB.Vous serez hébergé·e sur la plateforme Genotoul-Bioinfo (membre de l’IFB), dans l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT) d’INRAE Occitanie-Toulouse. Cette unité développe des recherches en mathématique, informatique et statistique, motivées par des applications en biologie, agronomie, écologie et science de l'environnement.A hauteur de 80% de votre temps, vous inscrirez vos travaux dans le projet PIA3 MUDIS4LS et l’équipe de l'action IFB M1 - Calcul et stockage (NNCR), composée de 19 membres (6,2 ETP) répartis sur plusieurs plateformes et sites du réseau IFB et sur les deux types d’infrastructure (Cloud et Cluster).Le NNCR (National Network for Computing Resources) regroupe en effet 18 infrastructures Cloud ou Cluster pour les sciences de la vie offrant au total environ 16 000 CPU, 160 To de RAM et 18 Po de stockage. Pour assurer le déploiement et la gestion de cette infrastructure, les administrateurs se portent sur les principes DevOps / Infrastructure-as-Code (IaC) : Git, GitLab-CI et Ansible.Vos missions principales seront de travailler à la mise en place de solutions mutualisées et portables entre les infrastructures comme une solution de transfert de données à grande échelle (de type Globus), un mécanisme d’authentification unifié des utilisateurs au travers du NNCR ou encore un système de déploiement d’outils de bioinformatique et de banques de données mutualisé.A hauteur de 20% de votre temps, vous travaillerez pour l’infrastructure de la plateforme Genotoul-Bioinfo, composée d’un cluster de calcul (+5000 cœurs, plusieurs Péta-octets de stockage), d’une centaine de serveurs et de machines virtuelles (sous Linux). Elle propose également plusieurs centaines de logiciels et de banques de données scientifiques accessibles en ligne de commande ainsi que différentes interfaces web proposant un accès simplifié à ces ressources.Cette infrastructure de production est dédiée et adaptée au traitement de données en bioinformatique et s’adresse à la communauté académique (éducation et recherche) en science du vivant (+1100 utilisateurs). Sur la plateforme Genotoul-Bioinfo, votre première mission sera de déployer et maintenir en condition opérationnelle le service Open OnDemand (OOD) par l’intégration d’applications existantes ou de nouvelles pour répondre aux besoins des utilisateurs.Votre lieu de travail sera situé à INRAE, Auzeville-Tolosane (31).Vous serez formé-e à votre arrivée aux outils et techniques mis en œuvre au sein d'une infrastructure de calcul scientifique.
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Vous avez les bases mais souhaitez aller plus loin dans la programmation #Python ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module avancé à Jouy-en-Josas sur 2 jours (15 et 16 sept).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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Vous codez en R et souhaitez adopter le package Tidyverse pour manipuler vos données de façon plus poussée ?
Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module de 2 jours à Jouy (16-17 juin).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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#Formations #bioinfo & #biostat 2025 !
(certaines déjà complètes)

R, Seurat, ggplot2, mixOmics, machine learning, ASTERICS, RNAseq... Modules IA pour la #génomique avec Python 🧬

☑️ Attestation fournie
☑️ Déj’ & café inclus
☑️ À partir de 150€/jour (académiques)

🔗 Pré-inscriptions : bit.ly/3ZvwHKd
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Notre plateforme de Jouy recrute pour contribuer au développement de Siduri, l'entrepôt de données de Ferments du Futur !
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Under the coordination of MIRRI-ERIC, MALDIBANK
is a new 4-year project funded by the Horizon Europe Framework Programme. #BioinfOmics is part of the adventure.

Its main goal is to conceptualize a global, cloud-based, open MALDI spectra databank.

More info : www.linkedin.com/company/mald...
sophieschbath.bsky.social
MALDIBANK EU Project is about to kick-off !

During these 2 days, we will discuss the project action plan on how to conceptualise an open databank comprising microbial categorisation as a way of easing studies ranging from ecosystem dynamics, environmental issues and health matters.
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Le challenge "Digital Cleanup" est toujours en cours sur nos plateformes GenoToul-Bioinfo et Migale.
Aidez-nous à maitriser l'empreinte carbone de nos infrastructures en contribuant à ce ménage numérique ;)
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Vous avez les bases mais souhaitez aller plus loin dans la programmation #Python ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose également ce module avancé à Jouy-en-Josas sur 2 jours (2 et 3 avril). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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You are looking for a postdoc position in bioinformatics and you are interested in understanding to what extent transposable elements contribute to the evolution of regulatory pathways in plants?
👇Have a look at this position in one of our teams.
urgi-inrae.bsky.social
🚨📢 We are hiring a postdoc position at URGI in bioinformatics genomics. All details are available here urgi.versailles.inrae.fr/About-us/New...
Postdoc position - URGI
Content Management System
urgi.versailles.inrae.fr
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Vous utilisez déjà Galaxy et souhaitez vous familiariser avec les méthodes&outils d’analyse de données NGS ? #mapping #assemblage
👉Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" propose ce module d’1 jour (21/03).
📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html
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📣 un 2e poste est ouvert aux concours INRAE pour notre infrastructure de recherche BioinfOmics. Il s’agit d’un-e IR en statistique pour données multi-omiques sur la plateforme GenoToul-Bionfo.
👉 Description du profil sur jobs.inrae.fr/concours/con...
📝 Candidature jusqu’au 20 mars