Pierre Poulain
@pierrepo.bsky.social
Associate prof Univ Paris Cité & Laboratory of Theoretical Biochemistry
#bioinformatics #python #unix
#openscience Software Heritage ambassador
#pedagogy
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#openscience Software Heritage ambassador
#pedagogy
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Find all the details and links to the databases in the preprint manuscript (doi.org/10.1101/2025...)
Uncovering the flexibility of CDR loops in antibodies and TCRs through large-scale molecular dynamics
Antibody structures are composed of framework regions that adopt a conserved fold and complementarity determining regions (CDR) loops which are far more variable. Flexibility of CDR loops has been lin...
doi.org
November 12, 2025 at 9:21 PM
Find all the details and links to the databases in the preprint manuscript (doi.org/10.1101/2025...)
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My first full contribution from my time in @opig.stats.ox.ac.uk is now out! Together with @fspoendlin.bsky.social (and with contributions from King Ifashe), we created FlAbDab and FTCRDab: two large-scale, open molecular dynamics datasets to study flexibility in immune receptors.
November 12, 2025 at 9:21 PM
My first full contribution from my time in @opig.stats.ox.ac.uk is now out! Together with @fspoendlin.bsky.social (and with contributions from King Ifashe), we created FlAbDab and FTCRDab: two large-scale, open molecular dynamics datasets to study flexibility in immune receptors.
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New diamond open access journal Replication Research welcomes reports of replication of previous works. #academicchatter
https://www.uni-muenster.de/Ejournals/index.php/replicationresearch/index
https://www.uni-muenster.de/Ejournals/index.php/replicationresearch/index
Replication Research
Replication Research is a diamond open-access and researcher-led journal that publishes reproductions, replications, and conceptual articles on repetitive research
www.uni-muenster.de
November 12, 2025 at 9:54 AM
New diamond open access journal Replication Research welcomes reports of replication of previous works. #academicchatter
https://www.uni-muenster.de/Ejournals/index.php/replicationresearch/index
https://www.uni-muenster.de/Ejournals/index.php/replicationresearch/index
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Code decays. How do you save a 1989 video game or digital-native art? Conservator Nika Maltar explains her strategy for integrating community-driven FOSS preservation tools (like #SWHAP) into a museum workflow.
November 11, 2025 at 7:23 PM
Code decays. How do you save a 1989 video game or digital-native art? Conservator Nika Maltar explains her strategy for integrating community-driven FOSS preservation tools (like #SWHAP) into a museum workflow.
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Bonjour à tous ! Je recherche un nouveau poste et vous serais reconnaissant de m‘apporter votre aide. Si vous entendez parler d’une opportunité ou si vous souhaitez simplement en discuter, envoyez-moi un message ou laissez un commentaire ci-dessous. J‘aimerais reprendre contact. #OpenToWork
#opentowork #data #bigdata #dataengineer #datastewart #datamanager #datascientist | Gabriel 🐱 Chandesris
Bonjour à tous ! Je recherche un nouveau poste et vous serais reconnaissant(e) de m‘apporter votre aide. Si vous entendez parler d’une opportunité ou si vous souhaitez simplement en discuter, envoyez-...
www.linkedin.com
November 11, 2025 at 3:48 PM
Bonjour à tous ! Je recherche un nouveau poste et vous serais reconnaissant de m‘apporter votre aide. Si vous entendez parler d’une opportunité ou si vous souhaitez simplement en discuter, envoyez-moi un message ou laissez un commentaire ci-dessous. J‘aimerais reprendre contact. #OpenToWork
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📅 Le prochain tuto@mate c'est déjà lundi 17 novembre prochain à 14h
Au programme, Lucie Loubère nous expliquera comment "Entre[r] dans la lexicométrie avec le logiciel IRaMuTeQ". Le texte, oui, mais avec des chiffres ✏️🧮 !
ℹ️ mate-shs.cnrs.fr/actions/tuto...
Au programme, Lucie Loubère nous expliquera comment "Entre[r] dans la lexicométrie avec le logiciel IRaMuTeQ". Le texte, oui, mais avec des chiffres ✏️🧮 !
ℹ️ mate-shs.cnrs.fr/actions/tuto...
Entrez dans la lexicométrie avec le logiciel IRaMuTeQ - MATE-SHS
Lundi 17 novembre 2025, de 14h00 à 16h00 Par Lucie Loubère IRaMuTeQ est un logiciel libre d’analyse statistique de données textuelles. Développé par Pierre Ratinaud (Lerass), il s’appuie sur le logiciel R pour proposer des outils de textométrie comme le calcul de spécificités, les distances de Labbé et la classification hiérarchique descendante de type Reinert. … Continuer la lecture de Entrez dans la lexicométrie avec le logiciel IRaMuTeQ →
mate-shs.cnrs.fr
November 10, 2025 at 3:17 PM
📅 Le prochain tuto@mate c'est déjà lundi 17 novembre prochain à 14h
Au programme, Lucie Loubère nous expliquera comment "Entre[r] dans la lexicométrie avec le logiciel IRaMuTeQ". Le texte, oui, mais avec des chiffres ✏️🧮 !
ℹ️ mate-shs.cnrs.fr/actions/tuto...
Au programme, Lucie Loubère nous expliquera comment "Entre[r] dans la lexicométrie avec le logiciel IRaMuTeQ". Le texte, oui, mais avec des chiffres ✏️🧮 !
ℹ️ mate-shs.cnrs.fr/actions/tuto...
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I’m excited to share that I’m embarking on a new chapter: after 9 years working in open science nonprofits, including most recently at @asterainstitute.bsky.social , I’m transitioning to a new effort in the open education space - more on that soon!
November 7, 2025 at 7:40 PM
I’m excited to share that I’m embarking on a new chapter: after 9 years working in open science nonprofits, including most recently at @asterainstitute.bsky.social , I’m transitioning to a new effort in the open education space - more on that soon!
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Describing large systems with DFT accuracy without increasing computational cost? That's the work of Laetitia Kantin at LBT @upcite.bsky.social,supervised by @elisedd.bsky.social #JTMS2025
November 5, 2025 at 2:16 PM
Describing large systems with DFT accuracy without increasing computational cost? That's the work of Laetitia Kantin at LBT @upcite.bsky.social,supervised by @elisedd.bsky.social #JTMS2025
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Congratulations Laetitia for winning the best oral presentation award ! 🎉👏🏅
Describing large systems with DFT accuracy without increasing computational cost? That's the work of Laetitia Kantin at LBT @upcite.bsky.social,supervised by @elisedd.bsky.social #JTMS2025
November 6, 2025 at 8:27 AM
Congratulations Laetitia for winning the best oral presentation award ! 🎉👏🏅
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Nous recrutons ! N’hésitez pas à me contacter pour plus d’infos
📢🚨Recrutement d’un·e ngénieur-e d'études en conception et diffusion de ressources pédagogiques pour la gestion et l'analyse des données de microbiomes et de santé !
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
November 6, 2025 at 11:50 AM
Nous recrutons ! N’hésitez pas à me contacter pour plus d’infos
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📢👩💻✍️ Inscription - Ecole thématique en bioinformatique intégrative (ETBII) du 29/03 au 3/04/2026, organisée par l’IFB !
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
November 4, 2025 at 8:43 AM
📢👩💻✍️ Inscription - Ecole thématique en bioinformatique intégrative (ETBII) du 29/03 au 3/04/2026, organisée par l’IFB !
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
🎯 Au programme : Combiner et analyser des données biologiques multi-omiques issues de différentes sources afin d’obtenir une compréhension globale des systèmes biologiques
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Dans le docx (license payée sur crédits propres), puis imprimer, signer, scanner et envoyer par pièce jointe en .jpeg. Merci
November 3, 2025 at 7:46 AM
Dans le docx (license payée sur crédits propres), puis imprimer, signer, scanner et envoyer par pièce jointe en .jpeg. Merci
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Ouverture sur Callisto d'un nouveau module de la formation @inrae-france.bsky.social sur la #ScienceOuverte :
🖥️ Gestion et partage des algorithmes, codes et logiciels
Ce module vous aidera à gérer, ouvrir, partager, archiver et valoriser vos productions.
⤵️ science-ouverte.inrae.fr/fr/actualite...
🖥️ Gestion et partage des algorithmes, codes et logiciels
Ce module vous aidera à gérer, ouvrir, partager, archiver et valoriser vos productions.
⤵️ science-ouverte.inrae.fr/fr/actualite...
Venez vous former à la gestion, au partage et à la valorisation des productions logicielles avec OSCAR !
Scientifique, développeur, développeuse, personnel d’appui à la recherche, que vous soyez novice ou déjà familier, le nouveau module « gestion et partage des algorithmes, codes et logiciels » de la fo...
science-ouverte.inrae.fr
November 3, 2025 at 12:53 PM
Ouverture sur Callisto d'un nouveau module de la formation @inrae-france.bsky.social sur la #ScienceOuverte :
🖥️ Gestion et partage des algorithmes, codes et logiciels
Ce module vous aidera à gérer, ouvrir, partager, archiver et valoriser vos productions.
⤵️ science-ouverte.inrae.fr/fr/actualite...
🖥️ Gestion et partage des algorithmes, codes et logiciels
Ce module vous aidera à gérer, ouvrir, partager, archiver et valoriser vos productions.
⤵️ science-ouverte.inrae.fr/fr/actualite...
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Want to learn uv?
uv has taken the #Python world by storm. But using it isn't just about learning a few commands.
That's where my new, free, 12-part "uv crash course" comes in. Every day, you'll get detailed e-mail with info about using uv.
Sign up: uvcrashcourse.com
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November 3, 2025 at 1:11 PM
Want to learn uv?
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Sign up: uvcrashcourse.com
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Join our workshop to tell us your expectations for a sophisticated #recommendation engine! Help us design a LUMEN system that uses #machinelearning!
Secure your spot and register: https://ow.ly/YnAl50XlAkG
Secure your spot and register: https://ow.ly/YnAl50XlAkG
November 3, 2025 at 10:15 AM
Join our workshop to tell us your expectations for a sophisticated #recommendation engine! Help us design a LUMEN system that uses #machinelearning!
Secure your spot and register: https://ow.ly/YnAl50XlAkG
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#womeninSTEM #womeninscience #starterpack
The world needs science and science needs women
1️⃣ go.bsky.app/TBEzKC
The world needs science and science needs women
1️⃣ go.bsky.app/TBEzKC
November 2, 2025 at 11:56 AM
#womeninSTEM #womeninscience #starterpack
The world needs science and science needs women
1️⃣ go.bsky.app/TBEzKC
The world needs science and science needs women
1️⃣ go.bsky.app/TBEzKC
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Just tried q.e.d. by @odedrechavi.bsky.social et al. with a few papers including by myself & others where I knew a claim within was flawed based on a misunderstanding of the signal.
1) it was impressive. I see what the hype is about.
2) it hallucinated.
www.qedscience.com
Overly long #SciPub🧵 1/n
1) it was impressive. I see what the hype is about.
2) it hallucinated.
www.qedscience.com
Overly long #SciPub🧵 1/n
q.e.d Science
Critical Thinking AI for constructive criticism and science evaluation
www.qedscience.com
November 1, 2025 at 12:15 PM
Just tried q.e.d. by @odedrechavi.bsky.social et al. with a few papers including by myself & others where I knew a claim within was flawed based on a misunderstanding of the signal.
1) it was impressive. I see what the hype is about.
2) it hallucinated.
www.qedscience.com
Overly long #SciPub🧵 1/n
1) it was impressive. I see what the hype is about.
2) it hallucinated.
www.qedscience.com
Overly long #SciPub🧵 1/n
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Petite question pour les chercheuses RT chercheurs. #ESR
Sur les serveurs de #preprints, y a un champ pour indiquer dans la référence de la revue où l'article a été publié (Journal-ref dans #arXiv)
Vous allez souvent, systématiquement, jamais, renseigner ce champ après publication dans une revue ?
Sur les serveurs de #preprints, y a un champ pour indiquer dans la référence de la revue où l'article a été publié (Journal-ref dans #arXiv)
Vous allez souvent, systématiquement, jamais, renseigner ce champ après publication dans une revue ?
November 1, 2025 at 7:36 AM
Petite question pour les chercheuses RT chercheurs. #ESR
Sur les serveurs de #preprints, y a un champ pour indiquer dans la référence de la revue où l'article a été publié (Journal-ref dans #arXiv)
Vous allez souvent, systématiquement, jamais, renseigner ce champ après publication dans une revue ?
Sur les serveurs de #preprints, y a un champ pour indiquer dans la référence de la revue où l'article a été publié (Journal-ref dans #arXiv)
Vous allez souvent, systématiquement, jamais, renseigner ce champ après publication dans une revue ?
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Hypothèse: les chercheurs des organismes ont le temps de fignoler leurs dossiers ERC, les enseignants-chercheurs sont sous l'eau.
Quand notre ministre de tutelle nous insulte devant la représentation nationale. "Bande de nuls" "complètement à la ramasse".
Nous reprocher des taux de réussite faible à Horizon Europe et ERC, quand manquent les moyens pour assurer nos missions de service public. Surtout changez rien!👌
Nous reprocher des taux de réussite faible à Horizon Europe et ERC, quand manquent les moyens pour assurer nos missions de service public. Surtout changez rien!👌
October 31, 2025 at 8:59 AM
Hypothèse: les chercheurs des organismes ont le temps de fignoler leurs dossiers ERC, les enseignants-chercheurs sont sous l'eau.
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Quand un jeune me dit que les règles admins sont débiles et qu'en plus les personnes en charge de les faire appliquer ne les comprennent pas toujours. #ESR
October 31, 2025 at 2:40 PM
Quand un jeune me dit que les règles admins sont débiles et qu'en plus les personnes en charge de les faire appliquer ne les comprennent pas toujours. #ESR
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Quand notre ministre de tutelle nous insulte devant la représentation nationale. "Bande de nuls" "complètement à la ramasse".
Nous reprocher des taux de réussite faible à Horizon Europe et ERC, quand manquent les moyens pour assurer nos missions de service public. Surtout changez rien!👌
Nous reprocher des taux de réussite faible à Horizon Europe et ERC, quand manquent les moyens pour assurer nos missions de service public. Surtout changez rien!👌
October 31, 2025 at 8:55 AM
Quand notre ministre de tutelle nous insulte devant la représentation nationale. "Bande de nuls" "complètement à la ramasse".
Nous reprocher des taux de réussite faible à Horizon Europe et ERC, quand manquent les moyens pour assurer nos missions de service public. Surtout changez rien!👌
Nous reprocher des taux de réussite faible à Horizon Europe et ERC, quand manquent les moyens pour assurer nos missions de service public. Surtout changez rien!👌
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I'm really excited to welcome BIDS as our founding premier member organization for 2i2c. It has been one a key strategic partner ever since our creation and I look forward to many more years of impact!
We're thrilled to announce that the Berkeley Institute for Data Science (@ucbids.bsky.social) has joined as 2i2c's first premier member organization!
👉 2i2c.org/blog/2025/bi...
👉 2i2c.org/blog/2025/bi...
2i2c.org
October 30, 2025 at 8:11 PM
I'm really excited to welcome BIDS as our founding premier member organization for 2i2c. It has been one a key strategic partner ever since our creation and I look forward to many more years of impact!
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Handy : application Open Source de reconnaissance vocale entièrement hors‑ligne
👉 Le projet : github.com/cjpais/Handy
👉 En savoir plus : https://handy.computer/
👉 Le projet : github.com/cjpais/Handy
👉 En savoir plus : https://handy.computer/
October 30, 2025 at 7:33 PM
Handy : application Open Source de reconnaissance vocale entièrement hors‑ligne
👉 Le projet : github.com/cjpais/Handy
👉 En savoir plus : https://handy.computer/
👉 Le projet : github.com/cjpais/Handy
👉 En savoir plus : https://handy.computer/
Reposted by Pierre Poulain
The @openrxiv.bsky.social community is charting the future of preprints — not just as papers, but as connected nodes in the open research web.
Our reflections + @row1.ca's lightning talk on building continuous, connected publishing.
curvenote.com/blog/czi-ope...
Our reflections + @row1.ca's lightning talk on building continuous, connected publishing.
curvenote.com/blog/czi-ope...
October 29, 2025 at 9:13 PM
The @openrxiv.bsky.social community is charting the future of preprints — not just as papers, but as connected nodes in the open research web.
Our reflections + @row1.ca's lightning talk on building continuous, connected publishing.
curvenote.com/blog/czi-ope...
Our reflections + @row1.ca's lightning talk on building continuous, connected publishing.
curvenote.com/blog/czi-ope...