YouTube video by ERGA - European Reference Genome Atlas

The European Reference Genome Atlas (ERGA) is a pan-European initiative that aims to facilitate the generation of high-quality reference genomes for the continent’s biodiversity as part of the g...

How animals repeatedly adapted to life on land is a central question in evolutionary biology. While terrestrialisation occurred independently across animal phyla, it remains unclear whether shared gen...

29–31 October 2025Summary🗓️ Dates:  29 - 31 October 2025 (click to add to your agenda!)🔗 Online venue: ERGA YouTube ChannelWe are excited to announce the Genomics for Biodiversity Conference organised...

In June 2024, a dedicated team of seven researchers from various European institutions led by Rosalía Piñeiro, interim associate professor at the University of A Coruña (Spain), launched a conservatio...

Case study Culex mosquitoes Full genome sequencing can be crucial to understand how mosquitos spread diseases and how resistant they are to insecticides.  Learn more Analysing the genomic basis of vec...

In April 2024, the project “A new reference genome for the conservation of coastal species in the face of anthropogenic change” was selected in the ERGA-BGE call "Enhancing Biodiversity Genomics Appli...

The OrthoXML file is a standard file format for orthology data. It provides a standardized structure for describing orthologous and paralogous relationships while allowing the user to store custom and database-specific data in the same format. Although many orthology databases use it as a way to export data, there is no comprehensive toolkit for working with this format. Here, we introduce the OrthoXML-tools ( https://github.com/DessimozLab/orthoxml-tools ), a comprehensive toolkit for loading, manipulating, and exporting the OrthoXML files to other formats. We show its capabilities and performance on our benchmarks.

Orthologs are fundamental for enabling comparative genomics analyses that further our understanding of eukaryotic biology. The unprecedented increase in the availability of high-quality eukaryotic genomes necessitates scalable and accurate methods for orthology inference. The National Center for Biotechnology Information (NCBI) developed “NCBI Orthologs”, a resource and a computational pipeline designed to meet this challenge within the NCBI RefSeq framework. This system integrates protein similarity, nucleotide alignment, and microsynteny to achieve high-precision ortholog assignments across diverse eukaryotes. The pipeline leverages high-quality RefSeq annotations and processes genomes individually, ensuring scalability. Resulting ortholog data, organized into gene-level anchored sets, enables propagation of functional annotation information and facilitates comparative genomics. Critically, these data are integrated into the NCBI Gene resource, providing users with access from various entry points. The NCBI Datasets resource provides an intuitive interface to explore orthologous relationships on the web and allows bulk data download via the web, command-line tools, and an API. We detail the methodology, including anchor species selection and the decision tree used to arrive at high-confidence one-to-one orthology relationships. NCBI Orthologs is a valuable resource for facilitating functional annotation efforts and enhancing our understanding of eukaryotic gene evolution.

Scientists have confirmed that the Atlas blue butterfly carries the most chromosomes of any animal, with 229 pairs. Unlike duplication, its chromosomes split apart, reshaping its genome in surprising ways. This discovery sheds light on evolution, conservation, and even cancer research.   Image : Photograph of the Atlas blue butterfly, taken by Roger Vila, senior author on this paper. Credit: Dr Roger Vila / The Institute of Evolutionary Biology   ------ ndé traducdtion   Ce minuscule papillon possède le plus grand nombre de chromosomes de tous les animaux sur Terre Bien que remarquable sur le plan génétique, cette espèce est de plus en plus menacée par le changement climatique et l'impact humain.   Date : 29 septembre 2025   Source : Wellcome Trust Sanger Institute   Résumé : Les scientifiques ont confirmé que le papillon bleu Atlas possède le plus grand nombre de chromosomes de tous les animaux, avec 229 paires. Au lieu de se dupliquer, ses chromosomes se divisent, remodelant son génome de manière surprenante. Cette découverte apporte un éclairage sur l'évolution, la conservation et même la recherche sur le cancer.   ------ L'étude   Constraints on chromosome evolution revealed by the 229 chromosome pairs of the Atlas blue butterfly: Current Biology, 10.09.2025 https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(25)01098-X  

Polyommatus atlantica vient de s'adjuger le record du nombre de chromosomes dans le règne animal. Cette particularité pourrait un jour nous offrir de nouvelles stratégies de lutte contre le cancer.   Ce petit papillon cache un énorme secret génétique - Science Par Antoine Gautherie le 11 septembre 2025 à 17h02   "... Certes, ce n’est pas un record absolu pour tous les êtres vivants; certains organismes, notamment des plantes, boxent encore dans une catégorie différente. La petite fougère Ophioglossum reticulatum, par exemple, en compte pas moins de 720 paires. Mais cette dernière est un organisme décaploïde, c’est-à-dire que chaque cellule contient 10 copies de son patrimoine génétique.   Les chromosomes de l’Azuré de l’Atlas, en revanche, existent sous forme de paires, ce qui en fait une espèce diploïde comme la majorité des autres animaux connus. Dans cette catégorie, ce papillon n’a absolument aucun concurrent. Pour référence, les humains disposent de 23 paires de chromosomes. Les plus proches concurrents de l’Azuré, à savoir le papillon Agrodiaetus et le crabe royal du Kamtchatka, sont loin derrière avec 134 et 104 paires de chromosomes, respectivement. Un étrange mécanisme évolutif Selon les auteurs, affiliés à l’institut Wellcome Sanger au Royaume-Uni et à l’Institut de biologie de l’évolution à Barcelone, ce nombre record résulte d’un mécanisme évolutif extrême et encore relativement mystérieux.   Ils suspectent que les chromosomes non-sexuels de Polyommatus atlantica auraient traversé plusieurs centaines d’épisodes de fragmentation. En l’espace de trois millions d’années seulement — un délai relativement court à l’échelle de l’évolution — leur nombre serait passé de 24 à 229 paires." (...)   Image : Graphical abstract Wright et al., Current Biology, 2025  

En septembre 2025, le programme de recherche ATLASea a franchi la barre des 100 génomes marins séquencés.

En septembre 2025, le programme de recherche ATLASea a franchi la barre des 100 génomes marins séquencés.

Biodiversity Genomics Europe: Conservation genomics of the Mediterranean red coral, Corallium rubrum Corallium rubrum is an octocoral (Cnidaria, Anthozoa) distributed in the Mediterranean Sea and in t...