藤本真悟 Shingo Fujimoto
@shifujimoto.bsky.social
魚類の行動生態や進化を研究してます。特に、メダカの野生集団における繁殖形質の地域間変異とその適応進化を明らかにするため、飼育実験と集団ゲノム解析のアプローチを組み合わせて取り組んでます。
I study behavioral ecology and evolution in fishes. Population genomics and rearing experiment was applied to study wild medaka populations.
I study behavioral ecology and evolution in fishes. Population genomics and rearing experiment was applied to study wild medaka populations.
論文原稿を書いてまとめて投稿しているまでの間に出た新規文献、査読のリビジョンとかにどこまで盛り込むか悩ましい
December 28, 2025 at 6:18 AM
論文原稿を書いてまとめて投稿しているまでの間に出た新規文献、査読のリビジョンとかにどこまで盛り込むか悩ましい
メダカ野生集団の繁殖生態について、おもに沖縄と青森の南北で比較して、個体群の季節変動と繁殖力の違いを調べた論文が、Population Ecology誌から出版されました。オープンアクセスなので、興味あるかたはぜひPDFダウンロードしてみてください。
doi.org/10.1002/1438...
doi.org/10.1002/1438...
Shorter Recruitment Periods and Higher Fecundity in High‐Latitude Populations of the Oryzias latipes Species Complex
We report seasonal changes in gonad weight and juvenile proportion in the wild medaka populations from different latitudes. Additionally, the relationship between body size and egg number indicates a....
doi.org
December 18, 2025 at 7:08 AM
メダカ野生集団の繁殖生態について、おもに沖縄と青森の南北で比較して、個体群の季節変動と繁殖力の違いを調べた論文が、Population Ecology誌から出版されました。オープンアクセスなので、興味あるかたはぜひPDFダウンロードしてみてください。
doi.org/10.1002/1438...
doi.org/10.1002/1438...
論文情報で流れてきたGenome Biologyの論文、ショウジョウバエの進化実験で100世代くらい異なる温度処理区の環境条件で継代飼育すると、生殖隔離形質が進化したかも、という内容のようで気になる
December 11, 2025 at 6:34 AM
論文情報で流れてきたGenome Biologyの論文、ショウジョウバエの進化実験で100世代くらい異なる温度処理区の環境条件で継代飼育すると、生殖隔離形質が進化したかも、という内容のようで気になる
査読の返信レター作成マラソン、ようやくゴール見えてきたけど、共著者への回覧を考えるとこれは締切を延ばしてもらわないと間に合わないのでは...
December 7, 2025 at 12:56 PM
査読の返信レター作成マラソン、ようやくゴール見えてきたけど、共著者への回覧を考えるとこれは締切を延ばしてもらわないと間に合わないのでは...
口頭発表用のパワポ資料を見直していたけど、１２分でおさまりそうにないのでスライドの一部を削るか...
November 21, 2025 at 4:14 AM
口頭発表用のパワポ資料を見直していたけど、１２分でおさまりそうにないのでスライドの一部を削るか...
2~3年くらい前やった計算を再度やろうとしたら、その間で一部にOSアップデートされてたらしく、ライブラリ不整合で過去のスクリプトがそのままだと動作しない・・・
November 20, 2025 at 3:42 AM
2~3年くらい前やった計算を再度やろうとしたら、その間で一部にOSアップデートされてたらしく、ライブラリ不整合で過去のスクリプトがそのままだと動作しない・・・
最近の論文の統計解析関連について、ぼんやり思うけど、pseudoreplicate が統計的に問題ということが広く展開された結果として、pseudoreplicateが発生する、repeated measurementの実験デザインを避けるような風潮になってる気がする。
repeated measurement は適切にサンプルデザインを設計して統計モデルを立てれば、pseudoreplicationは解析で除外できるし、計測誤差などを定量化できるので、要因の分析で理解が深まると思うのだが・・・
repeated measurement は適切にサンプルデザインを設計して統計モデルを立てれば、pseudoreplicationは解析で除外できるし、計測誤差などを定量化できるので、要因の分析で理解が深まると思うのだが・・・
November 14, 2025 at 6:22 AM
最近の論文の統計解析関連について、ぼんやり思うけど、pseudoreplicate が統計的に問題ということが広く展開された結果として、pseudoreplicateが発生する、repeated measurementの実験デザインを避けるような風潮になってる気がする。
repeated measurement は適切にサンプルデザインを設計して統計モデルを立てれば、pseudoreplicationは解析で除外できるし、計測誤差などを定量化できるので、要因の分析で理解が深まると思うのだが・・・
repeated measurement は適切にサンプルデザインを設計して統計モデルを立てれば、pseudoreplicationは解析で除外できるし、計測誤差などを定量化できるので、要因の分析で理解が深まると思うのだが・・・
うーん。Population Ecologyに採択された論文、オープンアクセスにする費用をがんばれば、何とか捻出できそうな気がするけど、その代わり年度末までの学会出張はすべて自腹になる？
November 10, 2025 at 7:01 AM
うーん。Population Ecologyに採択された論文、オープンアクセスにする費用をがんばれば、何とか捻出できそうな気がするけど、その代わり年度末までの学会出張はすべて自腹になる？
投稿中だったメダカの繁殖生態論文のアクセプト通知きたー
November 10, 2025 at 12:16 AM
投稿中だったメダカの繁殖生態論文のアクセプト通知きたー
インフルAに感染して発熱がひどい。39度台まで体温あがって頭痛がする
November 8, 2025 at 10:38 AM
インフルAに感染して発熱がひどい。39度台まで体温あがって頭痛がする
投稿した論文の査読結果が返ってきたから進めないといけないが、今回もなぜか初回の査読から査読者３名でコメントが来ているので、1つずつていねいに対応していくしかなさそう
November 1, 2025 at 4:27 AM
投稿した論文の査読結果が返ってきたから進めないといけないが、今回もなぜか初回の査読から査読者３名でコメントが来ているので、1つずつていねいに対応していくしかなさそう
論文の再投稿するための原稿確認と作業をすませたので、今日はもう休む
October 31, 2025 at 2:28 AM
論文の再投稿するための原稿確認と作業をすませたので、今日はもう休む
昨年度あまり学会発表しなかった関係で、ほぼ３年ぶり？に口頭発表するためのパワーポイントを作っているけど、資料作成に時間とられるのう・・・
パワポのスライドを切り替えながら、全体の表示の整合性を整えていく作業が地味に目の疲労になる
パワポのスライドを切り替えながら、全体の表示の整合性を整えていく作業が地味に目の疲労になる
October 28, 2025 at 3:50 AM
昨年度あまり学会発表しなかった関係で、ほぼ３年ぶり？に口頭発表するためのパワーポイントを作っているけど、資料作成に時間とられるのう・・・
パワポのスライドを切り替えながら、全体の表示の整合性を整えていく作業が地味に目の疲労になる
パワポのスライドを切り替えながら、全体の表示の整合性を整えていく作業が地味に目の疲労になる
参考までにと少し触っている配列データ解析、生データが20GBで、中間生成ファイルをまるごと残したら、200GBくらいにまで膨らんでしまった・・・
作業用の一時的バックアップとして、USB外付けのハードディスクにコピーしないといけないから時間かかるなあ。
作業用の一時的バックアップとして、USB外付けのハードディスクにコピーしないといけないから時間かかるなあ。
October 27, 2025 at 4:00 AM
参考までにと少し触っている配列データ解析、生データが20GBで、中間生成ファイルをまるごと残したら、200GBくらいにまで膨らんでしまった・・・
作業用の一時的バックアップとして、USB外付けのハードディスクにコピーしないといけないから時間かかるなあ。
作業用の一時的バックアップとして、USB外付けのハードディスクにコピーしないといけないから時間かかるなあ。
Mifish pipeline をちょっと触ってみようかと思ったのだけど、東大のMitoFishデータベース、webサイトが落ちてるかも？
October 24, 2025 at 3:39 AM
Mifish pipeline をちょっと触ってみようかと思ったのだけど、東大のMitoFishデータベース、webサイトが落ちてるかも？
査読案件1にゴールが見えてきたが、次の査読案件2がすでに着弾しているので、そっちから手を付けて先に片付けるか、自分の発表資料の作成にとりあえず手を付けるかなやましい
October 23, 2025 at 9:17 AM
査読案件1にゴールが見えてきたが、次の査読案件2がすでに着弾しているので、そっちから手を付けて先に片付けるか、自分の発表資料の作成にとりあえず手を付けるかなやましい
動物行動学会、大会参加費そのものは安くてよいが、飛行機を乗り継ぐ形になるので旅費の飛行機代の値段が・・・
October 23, 2025 at 1:04 AM
動物行動学会、大会参加費そのものは安くてよいが、飛行機を乗り継ぐ形になるので旅費の飛行機代の値段が・・・
北海道とか青森でそろそろ夜は氷点下に近くなってるみたいたけど、沖縄はまだ昼の気温29℃とかなんよな
October 21, 2025 at 11:31 AM
北海道とか青森でそろそろ夜は氷点下に近くなってるみたいたけど、沖縄はまだ昼の気温29℃とかなんよな
解析に出していた外注のシーケンスデータがもう戻って来てしまった。
その前の月にシーケンスした結果もまだ解析を処理しきれてないので、生データがHDD内に積み上がり始めている・・・
その前の月にシーケンスした結果もまだ解析を処理しきれてないので、生データがHDD内に積み上がり始めている・・・
October 21, 2025 at 1:14 AM
解析に出していた外注のシーケンスデータがもう戻って来てしまった。
その前の月にシーケンスした結果もまだ解析を処理しきれてないので、生データがHDD内に積み上がり始めている・・・
その前の月にシーケンスした結果もまだ解析を処理しきれてないので、生データがHDD内に積み上がり始めている・・・
解析作図系のスクリプト、アドホックな建て増しを繰り返していく結果としてスパゲッティーコードになりがちなので、メンテナンスしてると絶望しか感じなくなるときが多い・・・
October 16, 2025 at 8:45 AM
解析作図系のスクリプト、アドホックな建て増しを繰り返していく結果としてスパゲッティーコードになりがちなので、メンテナンスしてると絶望しか感じなくなるときが多い・・・
共同研究案件で、海水サンプルにMiFish解析を試しているけど、環境DNA学会のプロトコルに即しつつ、ユニークデュアルインデックスを使って2nd PCRをしたけど、これ増幅がいまいちな気が・・・
October 3, 2025 at 4:51 AM
共同研究案件で、海水サンプルにMiFish解析を試しているけど、環境DNA学会のプロトコルに即しつつ、ユニークデュアルインデックスを使って2nd PCRをしたけど、これ増幅がいまいちな気が・・・
アウトプットをまとめず、継ぎ足しながら仕事するのは研究データでもプログラムでも何でもスパゲッティコードの温床になってよくない
September 29, 2025 at 2:56 AM
アウトプットをまとめず、継ぎ足しながら仕事するのは研究データでもプログラムでも何でもスパゲッティコードの温床になってよくない
統計量の作図したら信頼区間が広くて、誤解をまねきやすい見た目になってしまったので、そのままの状態で論文に入れるべきか悩ましい
September 25, 2025 at 10:21 AM
統計量の作図したら信頼区間が広くて、誤解をまねきやすい見た目になってしまったので、そのままの状態で論文に入れるべきか悩ましい
メダカ野生集団の全ゲノム解析論文をサブミットした
September 3, 2025 at 4:40 PM
メダカ野生集団の全ゲノム解析論文をサブミットした
明日は英文校正に出してた原稿が戻ってくるはずなので、なるはやで投稿まで持っていきたいところ
August 27, 2025 at 12:35 PM
明日は英文校正に出してた原稿が戻ってくるはずなので、なるはやで投稿まで持っていきたいところ