Lightnews — Scholar-powered news

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · 12d

I just want to thank everybody involved! Big, big thanks to @lalouxlab.bsky.social. The last year was overfull, setting up a new lab and starting a family at the same time, that this work is at this level nonetheless is all thanks to Geraldine. 7/7

2

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · 12d

Finally, this work gives the most time-resolved overview of transcription during the life cycle of Bdello. There is much data to delve into, but we already show that there are a lot of specific patterns going on between attack and exit. 6/n

1

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · 12d

The attack phase remains elusive. We tried disturbing the nucleoid with transcription and translation-inhibiting antibiotics, but even adding more than 100x MIC didn't change the shape. It didn't even stop them swimming around happily. 5/n

1 1

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · 12d

Attack phase chromosome? Highly compacted. But when replication starts, the Bdello chromosome adapts an arm/arm interconnected conformation, starting at the origin of replication. You can basically see SMC/ParB at work! 4/n

1 2

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · 12d

This made us wonder: What happens with the chromosome during the bdello life cycle? Together with Fares Osam, postdoc @rkoszul.bsky.social we set out to map the chromosome conformation during the full cell cycle using Hi-C combined with RNA-seq. This are the key take outs: 3/n

1 3

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · 12d

Jovana Kaljevic (now postdoc @tunglejic.bsky.social ) saw how extremely compact Bdello chromosomes are packed during the non-proliferative attack phase (see pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC... ). GFP is excluded from the nucleoid area! 2/n

Chromosome choreography during the non-binary cell cycle of a predatory bacterium

In bacteria, the dynamics of chromosome replication and segregation are tightly coordinated with cell-cycle progression and largely rely on specific spatiotemporal arrangement of the chromosome. Where...

pmc.ncbi.nlm.nih.gov

1 1 3

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · 12d

Happy to finally show our story of the connection between nucleoid conformation, transcription & predation in our favorite predator Bdellovibrio bacteriovorus. 🧵 1/n

Géraldine Laloux @lalouxlab.bsky.social · 13d

📝New preprint! #MicroSky

🕰️We chart the full, synchronized lifecycle of a predatory bacterium using Hi-C, RNA-seq, ChIP-seq & microscopy.

🧬We uncover dramatic shifts in nucleoid architecture & transcription, tightly coordinated with predation.

www.biorxiv.org/content/10.1...

Dynamics and interplay of gene expression and chromosome organization across a predatory lifecycle

The obligate predatory bacterium Bdellovibrio bacteriovorus alternates between a motile attack phase and a growth phase inside another bacterium, during which it undergoes multiple rounds of DNA repli...

www.biorxiv.org

1 10 29

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Géraldine Laloux @lalouxlab.bsky.social · 13d

📝New preprint! #MicroSky

🕰️We chart the full, synchronized lifecycle of a predatory bacterium using Hi-C, RNA-seq, ChIP-seq & microscopy.

🧬We uncover dramatic shifts in nucleoid architecture & transcription, tightly coordinated with predation.

www.biorxiv.org/content/10.1...

Dynamics and interplay of gene expression and chromosome organization across a predatory lifecycle

The obligate predatory bacterium Bdellovibrio bacteriovorus alternates between a motile attack phase and a growth phase inside another bacterium, during which it undergoes multiple rounds of DNA repli...

www.biorxiv.org

1 38 61

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Lisa Westerveld 🌱 @lisawesterveld.bsky.social · Jun 17

Bezuinigingen op onderwijs zijn geen natuurwet, maar een politieke keuze. Een domme keuze vinden wij.

Daarom dienden we vandaag dit amendement in met een financiële dekking. Dus géén gratis bier.

Laten we hopen dat partijen die zeggen niet te willen bezuinigen, ook daad bij woord voegen!

Tekst “Amendement van het lid Stultiens cd over middelen voor het terugdraaien van bezuinigingen.” Met de lijst ondertekenaars zie link in tweet.

Een deel uit de toelichting van het amendement. Met deze tekst geel gearceerd. Link in tweet.

Het kabinet is voornemens om € 1,6 miljard per jaar te gaan bezuinigen op de begroting van het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap (zie hieronder de volledige tabel uit de feitelijke vragen & antwoorden vanuit het Ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap). Hierdoor komen vele banen op de tocht te staan, neemt de kansenongelijkheid toe en dreigt een generatie aan wetenschappelijk talent weg te vallen. Dit amendement maakt deze bezuinigingen daarom volledig ongedaan. Indieners zijn van mening, net als vele experts, planbureaus en bedrijven dat bezuinigen op onderwijs, onderzoek en innovatie zeer onverstandig is en op de lange termijn meer geld kost dan het oplevert. Het gaat in 2025 om een bedrag van € 708 miljoen en het loopt op tot € 1,6 miljard structureel.

5 32 150

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Jan-Willem Veening @veeninglab.com · Jun 15

Some positive news in troubled times: New preprint by Vincent de Bakker, Xue Liu @jonbakerlab.bsky.social Infection-mimicking conditions+transcriptomics/proteomics/'essentialomics'/lipidomics shows many cool things!
www.biorxiv.org/content/10.1...

Multi-omics profiling reveals atypical sugar utilization and identifies a key membrane composition regulator in Streptococcus pneumoniae

The human body comprises many different microenvironments, each with their own challenges for microorganisms to overcome in order to survive, and possibly cause infection. The human pathogen Streptoco...

www.biorxiv.org

10 32

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Jan-Willem Veening @veeninglab.com · Jun 10

New tenure track assistant professor position in molecular microbiology in our department @dmf-unil.bsky.social @unil.bsky.social! We are casting a wide net for an experimental molecular microbiologist. Apply here: wwwfbm.unil.ch/releve/appli...

DMF: Tenure Track Assistant Professor towards Associate Professor in Molecular Microbiology - Site des postulations FBM

wwwfbm.unil.ch

160 110

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · Jun 3

het enige dat ik ga onthouden is dat iemand met de achternaam de Tukkers in Enschede is

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · May 19

nice! congrats also to @ljmihajlovic.bsky.social!

2

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

bioRxiv Microbiology @biorxiv-microbiol.bsky.social · May 18

Modulating gene expression and protein secretion in the bacterial predator Bdellovibrio bacteriovorus https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.17.654431v1

3 7

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Rafeeque Mavoor @rafeeque.com · May 13

🧵5 Top Free Alternatives to BioRender for Scientific Illustrations!

These five websites offer free scientific illustrations for biologists. Great for presentations, research papers and other research communication needs.

Save and share the post!

33 350 680

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Liselot Dewachter @liselotdewachter.bsky.social · May 5

Job alert 🦠🧪: We are looking for a postdoc (and PhD candidate!) to join our team at UCLouvain/de Duve institute in Brussels, Belgium. You will work on our ERC Starting Grant project aimed at characterizing cell cycle regulation in S. pneumoniae. More information here: dewachterlab.com/join-us/.

18 7

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Séamus Holden 🔬🦠🧫 @seamusholden.bsky.social · May 9

I forgot to post about this recent paper - exciting work led by @michriscopy.bsky.social showing clearest evidence yet for transertion strongly tethering the bacterial nucleoid to the membrane during fast growth. It was a pleasure to contribute a little 🔬🦠🧫 www.nature.com/articles/s41...

The nucleoid of rapidly growing Escherichia coli localizes close to the inner membrane and is organized by transcription, translation, and cell geometry - Nature Communications

The mechanisms underlying bacterial chromosome configuration are not fully understood. Here, Spahn et al. show that the Escherichia coli nucleoid adopts a condensed, membrane-proximal configuration du...

www.nature.com

2 20 49

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Vikram Alva @vikramalva.bsky.social · May 12

Excited to share our new preprint on HLp—a bacterial histone from Leptospira perolatii that forms stable tetramers and wraps ~60 bp of DNA: "DNA Wrapping by a Tetrameric Bacterial Histone" www.biorxiv.org/content/10.1...

@mpi-bio-fml.bsky.social

A snapshot of the HLp tetramer (purple) wrapping ~60 bp of DNA (green).

4 37 87

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Caroline 🟥 @carolineberkhof.bsky.social · Apr 15

Gisteren in #Wageningen.

2000 Wageningse studenten, docenten, psychologen, promovendi studieadviseurs, alumni, receptionisten en anderen op de been tegen bezuinigingen op het hoger onderwijs.

Dit beleid raakt ons allemaal. @woinactie.bsky.social #stopdesloop

1 21 78

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · Apr 14

✋ (Dutch, I think we call continental 'the German method')

1

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Dirk-Jan Scheffers 🟥 @dirkscheffers.bsky.social · Apr 14

Zelfregulering? Misschien is het tijd voor een beetje zelfreflectie.
Is het werkelijk zo vreemd dat internationale studenten niet meer kiezen voor een land dat wordt geregeerd door een racistische regeringscoalitie?

Frans van Heest @fransvanheest.bsky.social · Apr 14

Het gaat de goede kant op met de daling van het aantal internationale studenten, stelt NSC-leider Pieter Omtzigt tevreden vast. Hij is van mening dat zelfregulering werkt, maar dat daarbij wel de Wet Internationalisering in Balans nodig is om druk te zetten op universiteiten en hogescholen.

Omtzigt: Zelfregie bij internationalisering werkt een stuk beter met de WIB - ScienceGuide

De minister is door universiteiten beloofd dat zij deze maand een zelfregieplan rondom internationalisering presenteren. Universiteiten willen daarmee de verplichte Toets Anderstalig Onderwijs voor he...

www.scienceguide.nl

1 9 22

Renske van Raaphorst 🟥 @vrrenske.bsky.social · Apr 8

ah no, you can put us on the list! often we use valap instead (it's just a lot cheaper) but I like having the gene frames around for critical experiments and the valap method doesn't work for making acrylamide pads

2

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

Séamus Holden 🔬🦠🧫 @seamusholden.bsky.social · Apr 8

Fellow bacterial cell biologists, message me if you use @thermofishersci.bsky.social Gene Frames for microscopy!
Thermo are planning to discontinue these in September but have indicated they will look into this further.
If I make list of labs using them Thermo might not kill the product
Please RT🔬🦠

Live Cell Imaging of Bacillus subtilis and Streptococcus pneumoniae using Automated Time-lapse Microscopy

42.1K Views. University of Groningen. This protocol provides a step-by-step procedure to monitor single cell behavior of different bacteria in time using automated fluorescence time-lapse microscopy....

www.jove.com

24 42 28

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

WOinActie.bsky.social @woinactie.bsky.social · Apr 8

😢😢😢. Ze deden het dus tóch.
Woinactie hoopt dat universiteiten nu inderdaad, zoals aangekondigd, deze bezuinigingen aanvechten bij de rechter.
#KabinetSlooptHogerOnderwijs

Frans van Heest @fransvanheest.bsky.social · Apr 8

De Eerste Kamer heeft zojuist ingestemd met de bezuinigingen op het hoger onderwijs.

3 35 63

Reposted by Renske van Raaphorst 🟥

WOinActie.bsky.social @woinactie.bsky.social · Apr 8

Vandaag in de estafette staking: Rotterdam!
Zet hem op, Erasmus en co!
#DoeHetNiet
#KabinetSlooptHogerOnderwijs

www.erasmusmagazine.nl/2025/04/08/l...

Liveblog: Medewerkers staken vandaag tegen onderwijsbezuinigingen - Erasmus Magazine

Medewerkers en studenten van de Erasmus Universiteit staken vandaag tegen de bezuinigingen op hoger onderwijs en wetenschap. EM houdt de hele dag een liveblog bij.

www.erasmusmagazine.nl

1 13 25