Francois Sabot
@francoissabot.bsky.social
Scientist, biologist, #evolution and #pangenomics, #bioinformatics, #AI and #OpenScience @ird_fr - and a little bit a #geek too
mastodon: @[email protected]
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"La condition pour qu’une technologie soit un outil d’émancipation est qu’elle demeure sous contrôle démocratique, à défaut de quoi, immanquablement, elle sera une arme de domination"🗣️
Ma réponse à l'annonce de l'omnibus numérique par la Commission européenne : www.liberation.fr/idees-et-deb...
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November 25, 2025 at 12:53 PM
"La condition pour qu’une technologie soit un outil d’émancipation est qu’elle demeure sous contrôle démocratique, à défaut de quoi, immanquablement, elle sera une arme de domination"🗣️
Ma réponse à l'annonce de l'omnibus numérique par la Commission européenne : www.liberation.fr/idees-et-deb...
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🗓️ Framadate fait peau neuve !
Notre service, sorti en 2011, avait bien besoin de se rafraîchir.
Cette nouvelle version, basée sur un tout nouveau logiciel, propose un nouveau design accessible et adapté aux mobiles ! 📱
Faites un tour des nouveautés sur le Framablog : framablog.org/2025/11/25/f...
Notre service, sorti en 2011, avait bien besoin de se rafraîchir.
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November 25, 2025 at 12:43 PM
🗓️ Framadate fait peau neuve !
Notre service, sorti en 2011, avait bien besoin de se rafraîchir.
Cette nouvelle version, basée sur un tout nouveau logiciel, propose un nouveau design accessible et adapté aux mobiles ! 📱
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Notre service, sorti en 2011, avait bien besoin de se rafraîchir.
Cette nouvelle version, basée sur un tout nouveau logiciel, propose un nouveau design accessible et adapté aux mobiles ! 📱
Faites un tour des nouveautés sur le Framablog : framablog.org/2025/11/25/f...
With many colleagues, we tried to gather the future prospects and challenges for #Pangenomics and #Pangenome research in agronomy, that can however be adopted more largely
hal.science/hal-05357866/
@ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social #FAIR #OpenScience #vizu
hal.science/hal-05357866/
@ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social #FAIR #OpenScience #vizu
November 25, 2025 at 9:19 AM
With many colleagues, we tried to gather the future prospects and challenges for #Pangenomics and #Pangenome research in agronomy, that can however be adopted more largely
hal.science/hal-05357866/
@ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social #FAIR #OpenScience #vizu
hal.science/hal-05357866/
@ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social #FAIR #OpenScience #vizu
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Analysis of read mapping accuracy and efficiency, missing data, heterozygosity, and inferred phylogenies to evaluate the impact of reference #genome and read-mapping method onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...
Variant Calling in the Goldilocks Zone: How Reference Genome Choice and Read Mapping Stringency Impact Heterozygosity Estimates and Phylogenetic Analyses
The increasing numbers of published reference genomes and affordability of whole genome resequencing have enabled multispecies population genomic and phylogenomic studies on non-model organisms, but ....
onlinelibrary.wiley.com
November 25, 2025 at 7:14 AM
Analysis of read mapping accuracy and efficiency, missing data, heterozygosity, and inferred phylogenies to evaluate the impact of reference #genome and read-mapping method onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...
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Real conservation action, guided by genomes!
@ergabiodiv.bsky.social @biogeneurope.bsky.social
Why go beyond the reference genome?
Because population genomics reveals hidden risks — low diversity, genetic drift, and declining gene flow. 🌍
Wetlands are disappearing… and so is genetic diversity.
@ergabiodiv.bsky.social @biogeneurope.bsky.social
Why go beyond the reference genome?
Because population genomics reveals hidden risks — low diversity, genetic drift, and declining gene flow. 🌍
Wetlands are disappearing… and so is genetic diversity.
November 24, 2025 at 7:09 PM
Real conservation action, guided by genomes!
@ergabiodiv.bsky.social @biogeneurope.bsky.social
Why go beyond the reference genome?
Because population genomics reveals hidden risks — low diversity, genetic drift, and declining gene flow. 🌍
Wetlands are disappearing… and so is genetic diversity.
@ergabiodiv.bsky.social @biogeneurope.bsky.social
Why go beyond the reference genome?
Because population genomics reveals hidden risks — low diversity, genetic drift, and declining gene flow. 🌍
Wetlands are disappearing… and so is genetic diversity.
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Good Friday Evening news: we updated back_to_sequences
(find the origin of kmers)
- Faster
- Can consider multiline fasta files
- Much easier installation: see github.com/pierrepeterl...
(find the origin of kmers)
- Faster
- Can consider multiline fasta files
- Much easier installation: see github.com/pierrepeterl...
November 21, 2025 at 5:03 PM
Good Friday Evening news: we updated back_to_sequences
(find the origin of kmers)
- Faster
- Can consider multiline fasta files
- Much easier installation: see github.com/pierrepeterl...
(find the origin of kmers)
- Faster
- Can consider multiline fasta files
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Ce matin, à Port Louis discours du PR & inauguration du site de l'ambassade FR.
Un partenariat entre la France et Maurice, bâti sur la confiance, l'amitié & une coopération nourrie des recherches menées par l’@ird-fr.bsky.social sur la préservation de l'Océan, sur la santé One Health & en botanique
Un partenariat entre la France et Maurice, bâti sur la confiance, l'amitié & une coopération nourrie des recherches menées par l’@ird-fr.bsky.social sur la préservation de l'Océan, sur la santé One Health & en botanique
November 21, 2025 at 3:46 PM
Ce matin, à Port Louis discours du PR & inauguration du site de l'ambassade FR.
Un partenariat entre la France et Maurice, bâti sur la confiance, l'amitié & une coopération nourrie des recherches menées par l’@ird-fr.bsky.social sur la préservation de l'Océan, sur la santé One Health & en botanique
Un partenariat entre la France et Maurice, bâti sur la confiance, l'amitié & une coopération nourrie des recherches menées par l’@ird-fr.bsky.social sur la préservation de l'Océan, sur la santé One Health & en botanique
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L'effet Matilda ou l'invisibilisation des femmes dans les découvertes scientifiques
www.radiofrance.fr/franceinter/...
www.radiofrance.fr/franceinter/...
L'effet Matilda ou l'invisibilisation des femmes dans les découvertes scientifiques
Ces femmes qui ont créé, qui ont inventé, qui ont découvert, mais qui ont été effacés de l’Histoire par leurs collègues homme, c'est ça l'effet Matilda. L’astrophysicienne Isabelle Vauglin a dirigé la...
www.radiofrance.fr
November 19, 2025 at 2:17 PM
L'effet Matilda ou l'invisibilisation des femmes dans les découvertes scientifiques
www.radiofrance.fr/franceinter/...
www.radiofrance.fr/franceinter/...
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📌 Appel à propositions pour les mini-#symposia à #JOBIM2026
📅 #JOBIM aura lieu à Strasbourg du 30/06 au 3/07/26
ℹ️ Sessions thématiques afin de favoriser les échanges autour de sujets émergents, interdisciplinaires ou particulièrement dynamiques en #bioinformatique et #biologie #computationnelle
📅 #JOBIM aura lieu à Strasbourg du 30/06 au 3/07/26
ℹ️ Sessions thématiques afin de favoriser les échanges autour de sujets émergents, interdisciplinaires ou particulièrement dynamiques en #bioinformatique et #biologie #computationnelle
November 19, 2025 at 7:38 PM
📌 Appel à propositions pour les mini-#symposia à #JOBIM2026
📅 #JOBIM aura lieu à Strasbourg du 30/06 au 3/07/26
ℹ️ Sessions thématiques afin de favoriser les échanges autour de sujets émergents, interdisciplinaires ou particulièrement dynamiques en #bioinformatique et #biologie #computationnelle
📅 #JOBIM aura lieu à Strasbourg du 30/06 au 3/07/26
ℹ️ Sessions thématiques afin de favoriser les échanges autour de sujets émergents, interdisciplinaires ou particulièrement dynamiques en #bioinformatique et #biologie #computationnelle
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Un poste d’IE en bioinformatique est actuellement ouvert au CEFE à Montpellier pour travailler dans le cadre de l'ERC RegEvol.
Détails ici:
emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable.
candidature jusqu'au 29/11
N’hésitez pas à diffuser largement
Détails ici:
emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable.
candidature jusqu'au 29/11
N’hésitez pas à diffuser largement
Portail Emploi CNRS - Offre d'emploi - Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)
emploi.cnrs.fr
November 18, 2025 at 3:09 PM
Un poste d’IE en bioinformatique est actuellement ouvert au CEFE à Montpellier pour travailler dans le cadre de l'ERC RegEvol.
Détails ici:
emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable.
candidature jusqu'au 29/11
N’hésitez pas à diffuser largement
Détails ici:
emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable.
candidature jusqu'au 29/11
N’hésitez pas à diffuser largement
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I have been elected as member of the Scientific Council of INRAE! @inrae-france.bsky.social
I am looking forward contributing to the success of agricultural research in France 🇫🇷 🇪🇺 🌾🚜🧬🔬
www.inrae.fr/nous-connait...
I am looking forward contributing to the success of agricultural research in France 🇫🇷 🇪🇺 🌾🚜🧬🔬
www.inrae.fr/nous-connait...
Conseil scientifique
Le conseil scientifique d'INRAE est constitué le 9 novembre 2025 pour un mandat de 5 ans.
www.inrae.fr
November 16, 2025 at 8:48 AM
I have been elected as member of the Scientific Council of INRAE! @inrae-france.bsky.social
I am looking forward contributing to the success of agricultural research in France 🇫🇷 🇪🇺 🌾🚜🧬🔬
www.inrae.fr/nous-connait...
I am looking forward contributing to the success of agricultural research in France 🇫🇷 🇪🇺 🌾🚜🧬🔬
www.inrae.fr/nous-connait...
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Je déclare ouverte ma liste personnelle de one-panel-comics préférés.
Pour marquer sa subjectivité elle commencera par la Joconde des one-panel, à savoir "Cow Tools", par Gary Larson.
Pour marquer sa subjectivité elle commencera par la Joconde des one-panel, à savoir "Cow Tools", par Gary Larson.
November 15, 2025 at 5:27 PM
Je déclare ouverte ma liste personnelle de one-panel-comics préférés.
Pour marquer sa subjectivité elle commencera par la Joconde des one-panel, à savoir "Cow Tools", par Gary Larson.
Pour marquer sa subjectivité elle commencera par la Joconde des one-panel, à savoir "Cow Tools", par Gary Larson.
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#IARACU ⛴️
Interviewée par M6 à bord de la caravane fluviale scientifique
Avec @IARACU, nous avons réuni +100 scientifiques de différentes nationalités pour relier science, société & décideurs.
À revoir ici :: www.m6.fr/le-1245-p_10...
Interviewée par M6 à bord de la caravane fluviale scientifique
Avec @IARACU, nous avons réuni +100 scientifiques de différentes nationalités pour relier science, société & décideurs.
À revoir ici :: www.m6.fr/le-1245-p_10...
Le 1245 - Le 1245 du 11/11/2025 - M6+
Voir votre programme Le 1245 sur M6+
www.m6.fr
November 13, 2025 at 8:37 AM
#IARACU ⛴️
Interviewée par M6 à bord de la caravane fluviale scientifique
Avec @IARACU, nous avons réuni +100 scientifiques de différentes nationalités pour relier science, société & décideurs.
À revoir ici :: www.m6.fr/le-1245-p_10...
Interviewée par M6 à bord de la caravane fluviale scientifique
Avec @IARACU, nous avons réuni +100 scientifiques de différentes nationalités pour relier science, société & décideurs.
À revoir ici :: www.m6.fr/le-1245-p_10...
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Renforcer la confiance dans la science : participez à la conférence internationale organisée par l’ANR et Science Europe | 11 décembre 2025
Renforcer la confiance dans la science : participez à la conférence internationale organisée par l’ANR et Science Europe | 11 décembre 2025
« Le 11 décembre, l’Agence nationale de la recherche (ANR) et Science Europe vous invitent à assister à la conférence internationale « Strengthening Public Trust in Science – Analysing the ch…
lalist.inist.fr
November 12, 2025 at 8:48 AM
Renforcer la confiance dans la science : participez à la conférence internationale organisée par l’ANR et Science Europe | 11 décembre 2025
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Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...
Portable Genetic Sequencer Security Vulnerabilities Could Endanger Personal
Portable genetic sequencers, particularly those manufactured by Oxford Nanopore Technologies, have revolutionized the field of genomics, making DNA sequencing more accessible and practical across the
bioengineer.org
November 12, 2025 at 7:44 AM
Bioinformatics x cybersecurity: Christina Boucher and her colleague Sara Rampazzi uncovered a basic yet critical vulnerability in MinIONs through the MinKNOW software bioengineer.org/portable-gen...
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Les collègues avaient trouvé une super idée pour un prix à une conférence : avoir son travail illustré par quelqu'un dont c'est le métier. Je mets ça là au cas où :D
Academia.edu propose de faire générer des BD par IA à partir des papiers (ou de leurs abstracts).
Je ne sais pas si ce sera pire que ce que produisent les services com’
Je ne sais pas si ce sera pire que ce que produisent les services com’
Academia.edu - Find Research Papers, Topics, Researchers
Academia.edu is the platform to share, find, and explore 50 Million research papers. Join us to accelerate your research needs & academic interests.
Academia.edu
November 8, 2025 at 11:15 AM
Les collègues avaient trouvé une super idée pour un prix à une conférence : avoir son travail illustré par quelqu'un dont c'est le métier. Je mets ça là au cas où :D
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Voici une image du soleil obtenue en 2014 par la sonde Solar Dynamics Observatory. Et oui, le soleil aussi aime se préparer pour Halloween !
October 31, 2025 at 8:26 AM
Voici une image du soleil obtenue en 2014 par la sonde Solar Dynamics Observatory. Et oui, le soleil aussi aime se préparer pour Halloween !
Yesterday, Nina Marthe, our wonderful PhD student with Matthias Zytnicky, resubmit our tool GrAnnoT, for pangenome variation graph annotation!
@ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social @peercommunityin.bsky.social #pangenomics 💻
www.biorxiv.org/content/10.1...
@ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social @peercommunityin.bsky.social #pangenomics 💻
www.biorxiv.org/content/10.1...
GrAnnoT, a tool for efficient and reliable annotation transfer through pangenome graph
The increasing availability of genome sequences has highlighted the limitations of using a single reference genome to represent the diversity within a species. Pangenomes, encompassing the genomic inf...
www.biorxiv.org
October 30, 2025 at 3:46 PM
Yesterday, Nina Marthe, our wonderful PhD student with Matthias Zytnicky, resubmit our tool GrAnnoT, for pangenome variation graph annotation!
@ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social @peercommunityin.bsky.social #pangenomics 💻
www.biorxiv.org/content/10.1...
@ird-fr.bsky.social @inrae-france.bsky.social @peercommunityin.bsky.social #pangenomics 💻
www.biorxiv.org/content/10.1...
A few days ago, we updated our analysis on the cosmopolitan green algae Bathycoccus prasinos and its genomic resources. My former PhD student, Dr Louis Dennu, performed a huge work to reframe the paper! @ird-fr.bsky.social @cnrs.fr
www.biorxiv.org/content/10.1...
www.biorxiv.org/content/10.1...
Biological and genomic resources for the cosmopolitan phytoplankton Bathycoccus: Insights into genetic diversity and function of outlier chromosomes
Population-scale genome sequencing has become essential for exploring genetic diversity and adaptation, particularly in land plants. In contrast, eukaryotic phytoplankton resources remain limited to m...
www.biorxiv.org
October 30, 2025 at 3:39 PM
A few days ago, we updated our analysis on the cosmopolitan green algae Bathycoccus prasinos and its genomic resources. My former PhD student, Dr Louis Dennu, performed a huge work to reframe the paper! @ird-fr.bsky.social @cnrs.fr
www.biorxiv.org/content/10.1...
www.biorxiv.org/content/10.1...
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1/2 Want to become up to date with pangenomes and genome graphs and their history? Check out this fantastic review by @zbao.bsky.social!
Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...
Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...
October 27, 2025 at 5:53 PM
1/2 Want to become up to date with pangenomes and genome graphs and their history? Check out this fantastic review by @zbao.bsky.social!
Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...
Complexity welcome: Pangenome graphs for comprehensive population genomics
#pangenomes #plantscience #genomegraphs
www.cambridge.org/core/journal...
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LLMs4All: A Review of Large Language Models Across Academic Disciplines www.preprints.org/frontend/man...
www.preprints.org
October 25, 2025 at 8:17 AM
LLMs4All: A Review of Large Language Models Across Academic Disciplines www.preprints.org/frontend/man...
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🖥️ There is still time to register and join this year's BioHackathon Europe! Learn more about participating ERGA members and the projects they will develop: www.erga-biodiversity.eu/post/erga-at... #BioHackEU25 #biohackathon #bioinformartics #community @elixir-europe.org @biogeneurope.bsky.social
October 21, 2025 at 9:12 AM
🖥️ There is still time to register and join this year's BioHackathon Europe! Learn more about participating ERGA members and the projects they will develop: www.erga-biodiversity.eu/post/erga-at... #BioHackEU25 #biohackathon #bioinformartics #community @elixir-europe.org @biogeneurope.bsky.social
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Ca n'est pas si souvent, un article publié dans Nature met ma communauté à l'honneur (la bioinformatique des séquences). Je vous raconte ?
www.nature.com/articles/d41...
www.nature.com/articles/d41...
‘Google for DNA’ brings order to biology’s big data
MetaGraph compresses vast data archives into a search engine for scientists, opening up new frontiers of biological discovery.
www.nature.com
October 9, 2025 at 3:00 PM
Ca n'est pas si souvent, un article publié dans Nature met ma communauté à l'honneur (la bioinformatique des séquences). Je vous raconte ?
www.nature.com/articles/d41...
www.nature.com/articles/d41...
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Hier journée interCoSav 💡
Retour sur la mobilisation des #CoSav lors des grands moments internationaux
Riches échanges sur les perspectives de renforcement, le besoin d’appui, le dialogue sciences-politiques-société, pour nourrir les réflexions sur leur évolution & sur les sciences de la durabilité
Retour sur la mobilisation des #CoSav lors des grands moments internationaux
Riches échanges sur les perspectives de renforcement, le besoin d’appui, le dialogue sciences-politiques-société, pour nourrir les réflexions sur leur évolution & sur les sciences de la durabilité
October 2, 2025 at 7:56 AM
Hier journée interCoSav 💡
Retour sur la mobilisation des #CoSav lors des grands moments internationaux
Riches échanges sur les perspectives de renforcement, le besoin d’appui, le dialogue sciences-politiques-société, pour nourrir les réflexions sur leur évolution & sur les sciences de la durabilité
Retour sur la mobilisation des #CoSav lors des grands moments internationaux
Riches échanges sur les perspectives de renforcement, le besoin d’appui, le dialogue sciences-politiques-société, pour nourrir les réflexions sur leur évolution & sur les sciences de la durabilité