Sophie Schbath
@sophieschbath.bsky.social
Researcher at INRAE MaIAGE lab #statistics #bioinformatics, scientific head of MIGALE bioinformatics facility, more and more concerned about environmental impacts of our activites
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🎉 Announcing surveydown v1.0.0!
surveydown is an #opensource #rstats package for building surveys with #Quarto & #Shiny. This release improves the survey design experience, including:
- Simplified YAML settings
- Auto page navigation
- Previous buttons!
More at surveydown.org/blog/2025-11...
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Announcing surveydown v1.0.0! – surveydown.org
We are thrilled to announce the v1.0.0 release of surveydown, a stable release with improvements to YAML settings, page navigation, question creation, and a smoother overall developer experience.
surveydown.org
November 25, 2025 at 9:53 PM
🎉 Announcing surveydown v1.0.0!
surveydown is an #opensource #rstats package for building surveys with #Quarto & #Shiny. This release improves the survey design experience, including:
- Simplified YAML settings
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Great talk from Michael Payne at #ABACBS2025 on DAMPA - tool for designing probe panels for targeted metagenomics using pangenome graphs! Captures all diversity efficiently, uses fewer probes than competitors. Critical for syndromic surveillance! 🧬🔬 #Metagenomics
November 25, 2025 at 4:29 AM
Great talk from Michael Payne at #ABACBS2025 on DAMPA - tool for designing probe panels for targeted metagenomics using pangenome graphs! Captures all diversity efficiently, uses fewer probes than competitors. Critical for syndromic surveillance! 🧬🔬 #Metagenomics
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8/ 212 sénateurs ont refusé de forcer la main aux industriels qui s'opposent à afficher Nutri-Score sur leurs produits vs 117 pour. Et cela bien qu’ils aient préalablement exempté les AOP/IGP du périmètre de l'obligation du Nutri-Score, ce qui était le principal argument pour refuser l'obligation...
November 22, 2025 at 7:10 AM
8/ 212 sénateurs ont refusé de forcer la main aux industriels qui s'opposent à afficher Nutri-Score sur leurs produits vs 117 pour. Et cela bien qu’ils aient préalablement exempté les AOP/IGP du périmètre de l'obligation du Nutri-Score, ce qui était le principal argument pour refuser l'obligation...
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Depuis 30 ans de COP, les émissions de gaz à effet de serre augmentent de plus en plus vite. Et encore une fois, la COP 30, à laquelle participaient des pays pétroliers et lobbyistes des compagnies fossiles, n'a pas acté la sortie des énergies fossiles. C'est pourtant le cœur du problème !
November 23, 2025 at 7:01 PM
Depuis 30 ans de COP, les émissions de gaz à effet de serre augmentent de plus en plus vite. Et encore une fois, la COP 30, à laquelle participaient des pays pétroliers et lobbyistes des compagnies fossiles, n'a pas acté la sortie des énergies fossiles. C'est pourtant le cœur du problème !
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The entrance to the 3-storey bike parking garage at Utrecht Central holding 12,500 bicycles. It’s free for the first 24 hours, linked to the station, and used by tens of thousands every day. This is what happens when a country treats bikes as real transport infrastructure, not an afterthought.
November 22, 2025 at 7:08 PM
The entrance to the 3-storey bike parking garage at Utrecht Central holding 12,500 bicycles. It’s free for the first 24 hours, linked to the station, and used by tens of thousands every day. This is what happens when a country treats bikes as real transport infrastructure, not an afterthought.
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Sans parler de la beauté du flocon de neige : "Il est conçu sur une symétrie hexagonale, liée à la façon dont s’assemblent les molécules d’eau, avec une infinité de formes. Ce qu’on aime aussi, c’est sa fragilité. Il se pose dans le gant, fond, et on attend celui d’après."
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November 21, 2025 at 12:08 PM
Sans parler de la beauté du flocon de neige : "Il est conçu sur une symétrie hexagonale, liée à la façon dont s’assemblent les molécules d’eau, avec une infinité de formes. Ce qu’on aime aussi, c’est sa fragilité. Il se pose dans le gant, fond, et on attend celui d’après."
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Merci Christophe pour ton interview lucide, courageux, sincère, sérieux, inspirant. Pour tous et toutes.
www.ens.psl.eu/actualites/d...
www.ens.psl.eu/actualites/d...
[#Décryptage] Changement climatique : « La parole du scientifique est essentielle pour contrer les discours lénifiants nourrissant l’illusion d’adaptation sans casse »
Alors que la compréhension des enjeux climatiques progresse dans la société et que les événements extrêmes se multiplient, la transition écologique peine encore à se concrétiser. Il ne s’agit plus seu...
www.ens.psl.eu
November 21, 2025 at 6:24 AM
Merci Christophe pour ton interview lucide, courageux, sincère, sérieux, inspirant. Pour tous et toutes.
www.ens.psl.eu/actualites/d...
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Participez à une œuvre collective autour des automates cellulaires en réalisant un carré en crochet selon un des modèles proposés. Elle fera partie de l’exposition "Création, entre arts et mathématiques" à la Maison Poincaré à partir d'avril 2026
www.grannylifecrochet.com
www.grannylifecrochet.com
Granny Life Community Build Project
Granny Life
www.grannylifecrochet.com
November 19, 2025 at 9:48 PM
Participez à une œuvre collective autour des automates cellulaires en réalisant un carré en crochet selon un des modèles proposés. Elle fera partie de l’exposition "Création, entre arts et mathématiques" à la Maison Poincaré à partir d'avril 2026
www.grannylifecrochet.com
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Hier, le monde s’est arrêté. Pas à cause d’une météorite ou d’une guerre nucléaire, mais d’un bug. Comment notre civilisation ultra-moderne est-elle devenue dépendante d’un système où tout ou rien ne fonctionne ? Récit d’une fragilité invisible.
lel.media/quand-le-web...
lel.media/quand-le-web...
Quand le web ne tient qu’à un fil
Hier, le monde s'est arrêté. Pas à cause d'une météorite ou d'une guerre nucléaire, mais d'un bug. Comment notre civilisation ultra-moderne est-elle devenue dépendante d’un système où tout ou rien ne ...
lel.media
November 19, 2025 at 5:33 AM
Hier, le monde s’est arrêté. Pas à cause d’une météorite ou d’une guerre nucléaire, mais d’un bug. Comment notre civilisation ultra-moderne est-elle devenue dépendante d’un système où tout ou rien ne fonctionne ? Récit d’une fragilité invisible.
lel.media/quand-le-web...
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💡 En 1905, Nettie Stevens prouve que les chromosomes X et Y déterminent le sexe…
Mais son nom disparaît de l’histoire !
👉 C’est l’effet Matilda : quand les découvertes des femmes sont attribuées aux hommes
💜 Rendons-leur la place qu’elles méritent...
#NettieStevens #EffetMatilda #FemmesEnScience
Mais son nom disparaît de l’histoire !
👉 C’est l’effet Matilda : quand les découvertes des femmes sont attribuées aux hommes
💜 Rendons-leur la place qu’elles méritent...
#NettieStevens #EffetMatilda #FemmesEnScience
November 18, 2025 at 1:33 PM
💡 En 1905, Nettie Stevens prouve que les chromosomes X et Y déterminent le sexe…
Mais son nom disparaît de l’histoire !
👉 C’est l’effet Matilda : quand les découvertes des femmes sont attribuées aux hommes
💜 Rendons-leur la place qu’elles méritent...
#NettieStevens #EffetMatilda #FemmesEnScience
Mais son nom disparaît de l’histoire !
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#NettieStevens #EffetMatilda #FemmesEnScience
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Un poste d’IE en bioinformatique est actuellement ouvert au CEFE à Montpellier pour travailler dans le cadre de l'ERC RegEvol.
Détails ici:
emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable.
candidature jusqu'au 29/11
N’hésitez pas à diffuser largement
Détails ici:
emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable.
candidature jusqu'au 29/11
N’hésitez pas à diffuser largement
Portail Emploi CNRS - Offre d'emploi - Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)
emploi.cnrs.fr
November 18, 2025 at 3:09 PM
Un poste d’IE en bioinformatique est actuellement ouvert au CEFE à Montpellier pour travailler dans le cadre de l'ERC RegEvol.
Détails ici:
emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable.
candidature jusqu'au 29/11
N’hésitez pas à diffuser largement
Détails ici:
emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
Début 01/01/2026 pour 18 mois potentiellement renouvelable.
candidature jusqu'au 29/11
N’hésitez pas à diffuser largement
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#CNRSnews 🗞️ The CNRS mathematician and computer scientist Stéphane Mallat receives the CNRS 2025 Gold Medal for his achievements in applied maths and signal processing, including the JPEG 2000 image compression standard and mathematical foundations of AI.
Stéphane Mallat, a pioneer bridging mathematics and computer science
news.cnrs.fr
November 17, 2025 at 11:23 PM
#CNRSnews 🗞️ The CNRS mathematician and computer scientist Stéphane Mallat receives the CNRS 2025 Gold Medal for his achievements in applied maths and signal processing, including the JPEG 2000 image compression standard and mathematical foundations of AI.
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📣 New preprint from us at phagefoundry.org 📣
A solid machine learning framework & to predict strain-level phage-host interactions across diverse bacterial genera from genome sequences alone. Avery Noonan from the Arkin Lab led this massive effort
www.biorxiv.org/content/10.1...
A solid machine learning framework & to predict strain-level phage-host interactions across diverse bacterial genera from genome sequences alone. Avery Noonan from the Arkin Lab led this massive effort
www.biorxiv.org/content/10.1...
Phage Foundry
phagefoundry.org
November 16, 2025 at 5:58 PM
📣 New preprint from us at phagefoundry.org 📣
A solid machine learning framework & to predict strain-level phage-host interactions across diverse bacterial genera from genome sequences alone. Avery Noonan from the Arkin Lab led this massive effort
www.biorxiv.org/content/10.1...
A solid machine learning framework & to predict strain-level phage-host interactions across diverse bacterial genera from genome sequences alone. Avery Noonan from the Arkin Lab led this massive effort
www.biorxiv.org/content/10.1...
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Les #applis_maths débarquent sur la Forge des Communs Numériques ! C'est toujours gratuit, mais maintenant, en plus, c'est libre :-)
forge.apps.education.fr/multimaths
forge.apps.education.fr/multimaths
November 14, 2025 at 1:02 PM
Les #applis_maths débarquent sur la Forge des Communs Numériques ! C'est toujours gratuit, mais maintenant, en plus, c'est libre :-)
forge.apps.education.fr/multimaths
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[Agenda 2026] La 27e édition du Salon Culture et Jeux Mathématiques aura lieu du 21 au 24 mai 2026 sur la place Saint-Sulpice à Paris ! Le thème cette année sera "Égalités". Quatre jours de découvertes, jeux, ateliers et rencontres...
Accès libre et gratuit, dès 3 ans
👉 smf.emath.fr/node/3680982
Accès libre et gratuit, dès 3 ans
👉 smf.emath.fr/node/3680982
November 7, 2025 at 8:51 AM
[Agenda 2026] La 27e édition du Salon Culture et Jeux Mathématiques aura lieu du 21 au 24 mai 2026 sur la place Saint-Sulpice à Paris ! Le thème cette année sera "Égalités". Quatre jours de découvertes, jeux, ateliers et rencontres...
Accès libre et gratuit, dès 3 ans
👉 smf.emath.fr/node/3680982
Accès libre et gratuit, dès 3 ans
👉 smf.emath.fr/node/3680982
Toujours un plaisir de participer à la construction collective de la stratégie scientifique de notre département "Mathématique et sciences du numérique" d' @inrae-france.bsky.social pour 2026-2030 !
🔷 Séminaire Schéma Stratégique du Département MathNum à Montpellier — une belle dynamique collective !
Plus d'info : www.linkedin.com/feed/update/...
Plus d'info : www.linkedin.com/feed/update/...
November 7, 2025 at 4:12 PM
Toujours un plaisir de participer à la construction collective de la stratégie scientifique de notre département "Mathématique et sciences du numérique" d' @inrae-france.bsky.social pour 2026-2030 !
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📢🚨Recrutement d’un·e ngénieur-e d'études en conception et diffusion de ressources pédagogiques pour la gestion et l'analyse des données de microbiomes et de santé !
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
November 6, 2025 at 10:01 AM
📢🚨Recrutement d’un·e ngénieur-e d'études en conception et diffusion de ressources pédagogiques pour la gestion et l'analyse des données de microbiomes et de santé !
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
📍 Jouy-en-Josas (78) / 💼 CDD de 20mois
🔎 emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/U...
#Recrutement #Ingénieur #FAIR #Bioinformatique #Data
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🚨New preprint out!
We present a foundational genomic resource of human gut microbiome viruses. It delivers high-quality, deeply curated data spanning taxonomy, predicted hosts, structures, and functions, providing a reference for gut virome research. (1/8)
www.biorxiv.org/content/10.1...
We present a foundational genomic resource of human gut microbiome viruses. It delivers high-quality, deeply curated data spanning taxonomy, predicted hosts, structures, and functions, providing a reference for gut virome research. (1/8)
www.biorxiv.org/content/10.1...
November 6, 2025 at 5:26 PM
🚨New preprint out!
We present a foundational genomic resource of human gut microbiome viruses. It delivers high-quality, deeply curated data spanning taxonomy, predicted hosts, structures, and functions, providing a reference for gut virome research. (1/8)
www.biorxiv.org/content/10.1...
We present a foundational genomic resource of human gut microbiome viruses. It delivers high-quality, deeply curated data spanning taxonomy, predicted hosts, structures, and functions, providing a reference for gut virome research. (1/8)
www.biorxiv.org/content/10.1...
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How do GWAS and rare variant burden tests rank gene signals?
In new work @nature.com with @hakha.bsky.social, @jkpritch.bsky.social, and our wonderful coauthors we find that the key factors are what we call Specificity, Length, and Luck!
🧬🧪🧵
www.nature.com/articles/s41...
In new work @nature.com with @hakha.bsky.social, @jkpritch.bsky.social, and our wonderful coauthors we find that the key factors are what we call Specificity, Length, and Luck!
🧬🧪🧵
www.nature.com/articles/s41...
Specificity, length and luck drive gene rankings in association studies - Nature
Genetic association tests prioritize candidate genes based on different criteria.
www.nature.com
November 7, 2025 at 12:05 AM
How do GWAS and rare variant burden tests rank gene signals?
In new work @nature.com with @hakha.bsky.social, @jkpritch.bsky.social, and our wonderful coauthors we find that the key factors are what we call Specificity, Length, and Luck!
🧬🧪🧵
www.nature.com/articles/s41...
In new work @nature.com with @hakha.bsky.social, @jkpritch.bsky.social, and our wonderful coauthors we find that the key factors are what we call Specificity, Length, and Luck!
🧬🧪🧵
www.nature.com/articles/s41...
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Fantastic talk by @vikramshivakumar.bsky.social Mumemto—Scalable multi-MUM finding for pangenomes
Papers biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654611 & doi.org/10.1186/s13059-025-03644-0
Code: github.com/vikshiv/mume...
Very efficient pangenome visualization tool, revealing synteny and variations!
Papers biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654611 & doi.org/10.1186/s13059-025-03644-0
Code: github.com/vikshiv/mume...
Very efficient pangenome visualization tool, revealing synteny and variations!
November 6, 2025 at 1:13 AM
Fantastic talk by @vikramshivakumar.bsky.social Mumemto—Scalable multi-MUM finding for pangenomes
Papers biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654611 & doi.org/10.1186/s13059-025-03644-0
Code: github.com/vikshiv/mume...
Very efficient pangenome visualization tool, revealing synteny and variations!
Papers biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.20.654611 & doi.org/10.1186/s13059-025-03644-0
Code: github.com/vikshiv/mume...
Very efficient pangenome visualization tool, revealing synteny and variations!
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Jacqueline Toussaint gave the talk on "Constructing pan-genome gene graphs with hundreds of thousands of bacterial genomes"
The pipeline reveals bacterial variations using PopPUNK to cluster isolates, followed by finding genes and graphing with ggCaller/Panaroo, on the great AlltheBacteria! #GI2025
The pipeline reveals bacterial variations using PopPUNK to cluster isolates, followed by finding genes and graphing with ggCaller/Panaroo, on the great AlltheBacteria! #GI2025
November 6, 2025 at 1:37 AM
Jacqueline Toussaint gave the talk on "Constructing pan-genome gene graphs with hundreds of thousands of bacterial genomes"
The pipeline reveals bacterial variations using PopPUNK to cluster isolates, followed by finding genes and graphing with ggCaller/Panaroo, on the great AlltheBacteria! #GI2025
The pipeline reveals bacterial variations using PopPUNK to cluster isolates, followed by finding genes and graphing with ggCaller/Panaroo, on the great AlltheBacteria! #GI2025
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Nicole Brown gave a fantastic talk on Identifying introgressions across pangenomes with Panagram
It uses k-mer conservation to annotate genomic variation across hundreds of genomes, followed by normalization of k-mer profiles to identify introgression events
github.com/kjenike/pana... #GI2025
It uses k-mer conservation to annotate genomic variation across hundreds of genomes, followed by normalization of k-mer profiles to identify introgression events
github.com/kjenike/pana... #GI2025
November 6, 2025 at 2:52 AM
Nicole Brown gave a fantastic talk on Identifying introgressions across pangenomes with Panagram
It uses k-mer conservation to annotate genomic variation across hundreds of genomes, followed by normalization of k-mer profiles to identify introgression events
github.com/kjenike/pana... #GI2025
It uses k-mer conservation to annotate genomic variation across hundreds of genomes, followed by normalization of k-mer profiles to identify introgression events
github.com/kjenike/pana... #GI2025
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#podcast
🎙️Comment donner le goût de la / des mathématique(s) ?
C’était un thème de la Grande matinale de @franceinter.fr ce jour, avec les excellents @cedricvillani.bsky.social et @pyviv.bsky.social !
Ne pas opposer science, littérature et travail manuel notamment.
www.radiofrance.fr/franceinter/...
🎙️Comment donner le goût de la / des mathématique(s) ?
C’était un thème de la Grande matinale de @franceinter.fr ce jour, avec les excellents @cedricvillani.bsky.social et @pyviv.bsky.social !
Ne pas opposer science, littérature et travail manuel notamment.
www.radiofrance.fr/franceinter/...
Comment donner le goût des mathématiques ?
Avec Viviane Pons, maîtresse de conférences en informatique à l'université de Paris-Saclay et Cédric Villani, mathématicien, ex-député, enseignant-chercheur à l’université Claude Bernard Lyon 1 et à l...
www.radiofrance.fr
November 5, 2025 at 8:34 PM
#podcast
🎙️Comment donner le goût de la / des mathématique(s) ?
C’était un thème de la Grande matinale de @franceinter.fr ce jour, avec les excellents @cedricvillani.bsky.social et @pyviv.bsky.social !
Ne pas opposer science, littérature et travail manuel notamment.
www.radiofrance.fr/franceinter/...
🎙️Comment donner le goût de la / des mathématique(s) ?
C’était un thème de la Grande matinale de @franceinter.fr ce jour, avec les excellents @cedricvillani.bsky.social et @pyviv.bsky.social !
Ne pas opposer science, littérature et travail manuel notamment.
www.radiofrance.fr/franceinter/...