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Valentin Loux

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rrwick.bsky.social
Happy to share that the paper describing Autocycler is now 100% up:
doi.org/10.1093/bioi...
(1/3)
Autocycler: long-read consensus assembly for bacterial genomes
AbstractMotivation. Long-read sequencing enables complete bacterial genome assemblies, but individual assemblers are imperfect and often produce sequence-l
doi.org
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Reposted by: Valentin Loux, Simon Roux

New blog post – A quick look at Roche's SBX
lh3.github.io/2025/09/11/a...
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stephenturner.us
New blog post: In Google's new paper, "An AI system to help scientists write expert-level empirical software" an AI supposedly "invents" new methods in bioinformatics and infectious disease modeling & forecasting. doi.org/10.59350/ymj... 🧬🖥️🧪
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so-upsaclay.bsky.social
✨ Résolument engagée dans la #scienceouverte, l' @univparissaclay.bsky.social lance, en 2026, ses presses universitaires en accès libre et gratuit.

📢L' #appel à candidature est ouvert pour son comité d'expertise scientifique.

🗓️ Date limite : 01/10/2025

En savoir plus : tinyurl.com/ms568zkn
Appel à candidature pour le Comité d'expertise scientifique des presses de l'Université
La diffusion des connaissances est au cœur des missions de notre université pour le développement de la recherche. Résolument engagée dans la science ouverte, l'Université Paris-Saclay a fait du libre...
www.universite-paris-saclay.fr
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fr-genomics.bsky.social
🚨PLEASE SHARE!
France Génomique and the National network GREEN-omics are pleased to inform you of their upcoming Symposium on Environmental and Agronomical Genomics!
📍Paris, France, Feb 18 to 20, 2026.
➡️ eags2026.sciencesconf.org
➡️ Registration and call for abstracts are now open!
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rayanchikhi.bsky.social
One year after our initial preprint, we're excited to post a major update to Logan.

At its heart, Logan is the assembly of 27 million samples (50 Pbp) using a 6-day cloud-compute peaking at 2.2M vCPUs. This compresses the SRA 140x compared to raw FASTQs.

github.com/IndexThePlan...
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by Valentin Loux

vloux.bsky.social
magnifique ! Ça donne envie
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by Valentin Loux

vloux.bsky.social
c’est pas mal. bien équilibré. je vais essayer d’en rapporter une bouteille
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by Valentin Loux

vloux.bsky.social
Dégustation de boissons fermentées en Pologne. Classique Komboucha et plus local buza (boulgour, raisin). Les deux produits localement. #fermentsdufutur
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by Valentin Loux

vloux.bsky.social
Bravo à @auschwitzmemorial.bsky.social de faire vivre ce lieu de mémoire, si iomportant à visiter pour lutter contre la répétition des horreurs de l’histoire.
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by Valentin Loux

vloux.bsky.social
Visite du mémorial d’Auschwitz-Birkenau. Un moment d’émotions et de recueillement mémoriel vécu en famille, accompagné par une guide d’une exceptionnelle justesse.
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auschwitzmemorial.bsky.social
3 August 1911 | A Frenchman, Jean Berthout, was born in Limoges.

In #Auschwitz from 8 July 1942.
No. 45230
He perished in the camp on 13 August 1942.
11 89 500

Reposted by: Valentin Loux, Philippe Meirieu, Constance Bantman , and 1 more

liberation.fr
Reportage dans le massif du Mont-Blanc : ceci était la Mer de Glace

C'est la une de Libération ce vendredi
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pasteur.fr
Congratulations to Rayan Chiki, (Institut Pasteur) head of the “Sequence Bioinformatics” unit, for securing the ERC Proof of Concept 2025 for his project ENZYMINER! 👏

‪@rayan.chiki.bsky.social

#Bioinformatics
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sophieschbath.bsky.social
www.lemonde.fr/economie/art...
Mistral AI parie sur la transparence en rendant public son impact environnemental
La start-up française d’intelligence artificielle publie avec l’Ademe et Carbone 4 une étude sur l’impact, notamment sur les émissions de CO₂, de l’entraînement et l’usage de ses modèles. Et appelle s...
www.lemonde.fr
2 1

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subfossilguy.bsky.social
Mer de Glace depuis le Signal Forbes 😰
1890 | 2013 | 2021

Et c'est bien pire maintenant (2025), car depuis 2021 on a connu les deux pires années de fonte de l'histoire (2022 et 2023) qui a elles seules ont fait fondre 10% de l'ensemble de la glace alpine... en 2 ans! 🔥🥵
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jcamthrash.bsky.social
Distribution Patterns of rRNA Copy Number Repeats in Prokaryotic Genomes www.biorxiv.org/content/10.1... #jcampubs
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lapellecrew.bsky.social
On a accueilli @ketrus.bsky.social et Marid du Chimérarium pour parler de leur projet de Jdr Papier Néo-Lutèce. Mais surtout on y a joué !

Un super moment pour un super projet, n'hésitez pas à regarder la vidéo mais aussi sur leur Gamefound (lien dans le message suivant)

youtu.be/OKXWvg7Oono
On découvre Néo-Lutèce, le JDR hybride du Chimérarium avec Ketrus et Marid !
YouTube video by La Pelle Crew
youtu.be
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jobim2025.bsky.social
👏 Ca y est, #JOBIM2025 est officiellement fini !

Au nom de toute l'équipe, merci pour votre participation, et pour toutes ces discussions scientifiques intenses et stimulantes.
Merci aussi pour votre enthousiasme, votre bienveillance et tous ces rires échangés pendant la conférence.

1/2 ⤵️
Photo de groupe prise avec les participants et participantes à JOBIM 2025.
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marienewan.bsky.social
Venez découvrir #REPET, un outil de détection, de classification et d'annotation d'éléments transposables en live avec Etienne Bardet en amphi E @jobim2025.bsky.social

@urgi-inrae.bsky.social

#JOBIM2025 #URGI #INRAE
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marienewan.bsky.social
Venez me voir au poster 2, pour découvrir l'URGI, une plateforme bio-informatique @urgi-inrae.bsky.social
@jobim2025.bsky.social
#JOBIM2025 #URGI #INRAE
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inrae-maiage.bsky.social
Meet Erwan Le Floch on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about Data stewardship strategy of the Ferments du Futur grand challenge
#fermentsdufutur
@vloux.bsky.social @sophieschbath.bsky.social
@inrae-migale.bsky.social
4 3

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inrae-maiage.bsky.social
Meet Agnès Barnabé on July 9th at #JOBIM2025 at the poster session to talk about SIDURI: from an integrative information system to a user-friendly portal for data analysis
#fermentsdufutur
@vloux.bsky.social @sophieschbath.bsky.social
@inrae-migale.bsky.social
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sfbi.fr
‼️ La #SFBI et @jebif.bsky.social organisent les 1ers #JobFair durant la conférence @jobim2025.bsky.social

Venez #rencontrer et #discuter avec des #professionnelles❗

📍 #inscriptions via forms.gle/rFPD8aGKRSrW... pour les #etudiants et forms.gle/fzVZAy6AN8VE... pour les #professionnels
Affiche des JobFair
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inrae-maiage.bsky.social
🎉 Vendredi dernier, l'unité #maiage était en #fete‼️
#barbecue, #tournoi de #tennisdetable, #cupcakechallenge, #animations en tous genres pour fêter les #10ans de notre unité🎂
Un beau moment de #partage‼️
Photos de la fête des 10 ans de MaIAGE
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ifb-elixir-fr.bsky.social
📣J-1✨ Rendez-vous à @jobim2025.bsky.social du 8 au 11 juillet à @univbordeaux.bsky.social ‬ pour retrouver les équipes de l’IFB ! 🎉
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ifb-elixir-fr.bsky.social
@jobim2025.bsky.social - Épisode 12/13
🚀 Venez découvrir notre présentation « The Microbiology Galaxy Lab: A community-driven hub for reproducible and FAIR microbial data analysis », par Engy Nasr, MicroGalaxy Community, Paul Zierep et @bebatut.bsky.social
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sfbi.fr
‼️ Le programme détaillé des #JOBIM2025 est en ligne ‼️

📍Rendez-vous sur jobim2025.labri.fr/detailed_pro...
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ifb-elixir-fr.bsky.social
@jobim2025.bsky.social - Épisode 7/13
🚀 Venez découvrir notre poster « Data modeling in agroecology, a first schema to characterize plant holobiont and environmental data », qui sera présenté par Alice Montaigne, Marie Lahaye, Fabrice Legeai , Olivier Dameron , Olivier Rué et @vloux.bsky.social !
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Reposted by: Valentin Loux, Jean-Paul Delahaye, Dominique Meurs , and 2 more

cassouman40.bsky.social
Qques mots forts que j'ai prononcés avec émotion @franceinfo.fr
C'est un mensonge de laisser croire que l'on s'adaptera sans casse irréversible dans une France à 4°C. On ne s'adapte pas a un effondrement de la biodiversité; on meurt avec!
Les régressions actuelles sont irresponsables & suicidaires.
math-lehot.bsky.social
Mathieu Lehot-Couette @math-lehot.bsky.social · Jun 20
"Ce qu’on est en train de vivre aujourd’hui, c’est les trajectoires qu’on avait imaginées il y a 20 ans. La communauté des climatologues n’est pas du tout surprise par la vague de chaleur qui arrive. Elle est effrayée." @cassouman40.bsky.social ce matin sur @franceinfo.fr #VagueDeChaleur #DontLookUp
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References

Fields & subjects

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